明崇祯十六年（公元1643年），皇太极病逝，多尔衮拥立皇太极年仅6岁的幼子福临继位。他就是顺治帝。多尔衮以摄政王的身份总揽朝政。
李自成领导的农民起义军进入北京后，斗争形势十分复杂。当时，明朝的残余势力——从北京南逃的明朝大臣、江南的官僚地主以及地方的实力派人物，在南京拥立神宗的孙子、福王朱由崧为帝，改元弘光，建立了第一个南明小朝廷。
山海关是北京的门户，宁远、锦州失陷后，它成了清兵进入关内的唯一障碍。守卫山海关的吴三桂部，是明军中有名的劲旅。吴拥有四万精兵、七八万辽民，皆耐搏战，向有“铁骑”之称。当时，他处在大顺政权和满洲贵族之间，他的向背，对大顺政权有巨大影响。对于这样一个关键性的人物，刘宗敏根本没把他放在眼里，认为山海关不过是“弹丸之地”，只要用脚一踢就倒。李自成虽然采取了措施，却重视不够，只派降将唐通和一名副将率军2万，带银4万两前往招抚，接替防务。吴三桂迫于形势，正准备领兵南移，忽然听说农民起义军抄没了他的家产，囚禁了他的父亲，掳掠了他的爱姬陈圆圆，于是冲冠一怒，撕毁了招降的文书，回兵击败了前来接替防务的农民起义军，重新占领了山海关。接着，他遣使奉书出关，来到多尔衮帐下，请兵“雪耻”。
那时，清军早已觊觎中原大地，正愁没有理由进关。吴三桂把好事送上门来，自然受到多尔衮的热烈欢迎。他立即挥毫作书，许以厚报。书中说：“您若能率众来归，大清将封以故土，位在藩王之列。”吴三桂欣喜若狂，立即赶赴清营，与多尔衮拜天誓盟，剃发归顺，并商定了共同对付农民起义军的计划。
满洲贵族与汉族地主阶级中投降派的正式勾结，使农民起义军处于不利地位。对这种新的形势，起义军并未给予足够的重视。明崇祯十七年三月，李自成得到“边报紧急”的消息，才亲率20万大军东征，与吴三桂激战于山海关。这时清军从右翼杀出，农民起义军猝不及防，战斗失利。李自成退回北京，于四月二十九日在武英殿匆忙即皇帝位，次日即撤离北京向西转移。
清朝移都北京后，一面打起“为尔等复君父之仇”的旗号，一面宣布对剃发归顺者实行优待政策。北方的亡明官员，争先恐后向清人屈膝投降。多尔衮一面派兵追击李自成的部队，一面围剿拒不归顺的明朝残余势力。
清顺治元年（公元1644年）五月十五日，福王朱由崧在南京即皇帝。位这个南明小朝廷当时还拥有淮河和长江以南的广大地区，有50万可用之兵。如果万众一心，结成抗清的统一战线，还是可以打击清军势力，徐图光复大明江山的。可是，福王却打着“报父君之仇”的旗号，把斗争的主要矛头继续对准农民起义军。对于清朝统治者，则准备随时与之妥协。同年六月，福王派兵部侍郎左懋第向清朝致谢，“相约杀贼”。左等带去黄金1万两，白银10万两，绸缎1万匹，作为酬谢清军入关破“贼”的礼品；还海运大米10万石、白银5万两，犒谢吴三桂。福王还提出，消灭农民军后，清军退出山海关，由福王重建明王朝，每年向清统治者进贡白银10万两。清朝收下礼品，拒绝了与之平分胜利果实的建议。
李自成牺牲后，满洲贵族便把进攻的主要目标转向了偏安江南的南明政权。
福王朱由崧是个有名的昏君。他整天纵酒行乐，与伶人鬼混，大权落到了拥立有功的佞臣马士英和阉党爪牙阮大铖等人手里。他们排除异己，卖官鬻爵，搜刮民财，人民恨之入骨。许多正直的官吏，都不愿同他们合作。当时，流行着这样一首民谣：“中书随地有，都督满街走。
监纪多如羊，职方贱如狗。相公只爱钱，皇帝但吃酒；扫尽江南钱，填塞马家口。”福王兴建的兴宁宫竟挂着这样一副楹联：“万事不如杯在手，一生几见月当头。”他哪里还想得到大明的江山！
顺治二年，镇守武昌的明将总兵官左良玉打起“清君侧”的旗号，率兵直攻南京。史可法受命回京护卫，中间因左良玉死在进军途中，这场内战才没有发生。
同年四月，清军进逼扬州。史可法听到消息，连卫队都来不及通知，只带了几个随侍连夜赶回扬州，部署守城事宜。
史可法是河南人，任兵部尚书兼大学士。他出行不张伞盖，吃饭不备两菜，睡眠不解衣带。他镇压过李自成领导的农民起义军。清兵入关后，他积极主张抗清，拥护朱由崧建立的弘光政权，但受到马士英等一班佞臣的排挤，不能入朝辅政。在扬州督师期间，清摄政王多尔衮多次致书劝降，都遭到了他的断然拒绝。
史可法回扬州后，多方奔走，八面说合，调整了各部将领之间的关系。那时候，各路将领大都拥兵观望，不愿发兵援救，只有总兵刘肇基率领两千人马来到扬州城外。
史可法兵少，不能分兵迎击，便将刘肇基的兵马部署在城内，紧闭四门，准备坚守待援。
不久，清军在明朝降将的带领下进抵扬州城下。面对着强大的敌人，刘肇基提议决开淮河，水淹清军阵地。史可法认为，这虽然可以暂时制服敌军，但将给老百姓带来极大伤亡。他断然说：“我情愿战死疆场，也不忍心见到无辜的百姓遭到洪水吞没！”
清军攻城时，尽管城内的军民同仇敌忾，英勇奋战，多次打退敌军的进攻，却不见援军到来。这时，清军统帅、豫亲王多铎又五次写信给史可法劝降。史可法都不启封。他深知大势已去，无法挽回，遂给母亲和妻子留下遗书。他又召集诸将说：“我抱定了以身殉城的决心，但不愿落到敌人手中屈辱而死！哪个能在紧要关头完成我这桩大事呢？”副将军史德威激动不已，表示愿意承担这一任务。
史可法高兴地说：“我还没有子嗣，你正好姓史，就做我的后代吧！我写信禀明太夫人，把你的名字载入家谱，列在我母亲的孙儿辈中。”二十五日扬州城破。史可法遂拔刀自尽。将领们见状一拥而上，将他紧紧抱住。就在这时，他大声呼唤德威。史德威淌着眼泪举不起刀来。将领们拥着他向前行进。刚到小东门，清军已进城。副使马鸣（lu）、知府任民育和都督刘肇基都战死了。史可法怒目横视，大声说道：“我就是史阁部！你们抓我去领赏吧！”
史可法被押送到南门，多铎连忙迎上前去，以“先生”呼之，很有礼貌地对他说：“久仰大名，今日得睹尊颜，实乃三生有幸。以先生的大智大勇，若能归顺，何愁高官厚禄，荫妻封子？”
史可法瞠目怒视，痛快淋漓地大骂了一顿，然后斩钉截铁地说：“我是大明的重臣，宁肯粉身碎骨，也不做伪朝的高官，你就死了这条心吧！”
三天后，多铎见他没有归顺的意思，残酷地杀害了他。
扬州军民的顽强抵抗，使多铎大为恼怒。为了泄愤，他下令屠城。
十天之内，几十万扬州军民惨遭杀戮。
早在城破之前，史可法就曾对部下说：“我死之后，可将遗骨葬在太祖墓旁。如不可能，也要葬在扬州城外的梅花岭上。”人们根据他的遗言，在梅花岭为他建起了一座衣冠冢，供后人瞻仰凭吊。
扬州失陷后，清军势如破竹，很快攻下了南京城。福王出逃不久，便被清军俘获，马士英也投降了清朝。后来两人都被杀死。维持不到一年的福王政权灭亡了。此后，江浙、福建、云贵等地区，又先后出现鲁王、唐王、桂王等政权，历史上统称南明。它们曾经和农民起义军的余部结成抗清统一战线，坚持斗争很长时间，一度形成较大声势，最终还是被清军打败了。
