周恩来代表中共中央在重庆同国民党顽固派进行了针锋相对的斗争。1月17日晚上，周恩来得知国民政府军事委员会发布反动命令和谈话后，立即向何应钦和国民党谈判代表张冲提出严重抗议，在电话里愤怒斥责何应钦：“你们的行动，使亲者痛，仇者快，你们作了日寇想作而做不到的事。你何应钦是中华民族的千古罪人！”当天深夜，周恩来亲笔题词：“为江南死难者致哀！”“千古奇冤，江南一叶，同室操戈，相煎何急？！”《新华日报》社工作人员冲破国民党新闻检察机关的封锁，将题词刊登在18日《新华日报》上，在重庆广为散发，有力地控诉了国民党顽固派的血腥罪行。18日下午，叶剑英主持起草了《新四军皖南部队惨被围歼真相》文章，经周恩来审阅后，19日即用秘密传单散发，文章就“所谓新四军违反命令不受调遣的问题”，“新四军渡江路线问题”，“新四军移动时间问题”，“所谓借端要索问题”，“究竟谁打谁的问题”等痛斥了国民党顽固派对新四军的诬蔑，揭露了皖南事变的真相。
全国人民义愤填膺，愤怒声讨国民党顽固派。《新中华报》发表《抗议无法无天之罪行》的社论，朱德、彭德怀、陈毅、刘少奇等八路军、新四军将领发表通电、文章、演讲，各抗日根据地军民纷纷举行集会，揭露和抗议顽固派制造皖南事变，发动反共内战的罪行。爱国人士、民主党派、海外侨胞以及国际进步舆论也纷起谴责国民党顽固派制造内战分裂的行径，同情和支持中国共产党在皖南事变问题上的正义立场。宋庆龄、柳亚子、何香凝等在香港发起抗议，三次致书蒋介石，要蒋“悬崖勒马”，“撤销剿共部署，解决联共方案，发展各种抗日实力，保障各种抗日党派”。国民党军队中主张抗日的爱国将领也反对蒋介石制造内战。冯玉祥大骂何应钦搞阴谋，说新四军抗战有功，妇孺皆知，此次被政府消灭，政府方面实在没有办法能挽回人民的反对。英、美两国为了自身利益，对国民党顽固派制造皖南事变也不表赞赏。只有汉奸汪精卫兴高采烈，称赞蒋介石这件事做得很不错。
在中国共产党针锋相对的坚决斗争和全国人民愤怒声讨及国际舆论压力下，国民党顽固派陷入空前孤立的境地。
重建军部坚持抗战
1月20日，针对国民党顽固派1月17日的反动命令，中共中央革命军事委员会发布命令，任命陈毅为新四军代理军长，刘少奇为政治委员，张云逸为副军长，赖传殊为参谋长，邓子恢为政治部主任。同日，中共中央革命军事委员会发言人发表谈话，提出关于解决时局的十二条办法：“第一、悬崖勒马，停止挑衅；第二、取消一月十七日的反动命令，并宣布自己是完全错了；第三、惩办皖南事变的祸首何应钦、顾祝同、上官云相三人；第四、恢复叶挺自由，继续充当新四军军长；第五、交还皖南新四军全部人枪；第六、抚恤皖南新四军全部伤亡将士；第七、撤退华中的剿共军；第八、平毁西北的封锁线；第九、释放全国一切被捕的爱国政治犯；第十、废止一党专政，实行民主政治；第十一、实行三民主义，服从《总理遗嘱》第十二、逮捕各亲日派首领，交付国法审判”，表明了共产党坚持抗日民族统一战线的严正立场。
根据中共中央革命军事委员会命令，新四军新的军部于1941年1月25日在苏北盐城宣告成立。
华南游击战琼崖抗日根据地开辟
抗日战争爆发后，中共中央派张文彬到广东，改组并加强中共中央临时南方工作委员会，恢复和重建广东党的组织。1937年底，中央派廖承志在香港建立八路军办事处，从事统战工作，并组织港澳同胞和海外华侨支持抗战。1938年4月，成立了由张丈彬任书记的中共广东省委。从此，广东人民的抗日运动得到了进一步的发展。
1938年10月，日军大举进犯华南。在中共东莞中心县委的领导下，先后成立了东莞常备壮丁队和东莞模范壮丁队。在增城，阮海天组织了广东民众自卫团增城县第三区常备队。与此同时，中共广东省委决定成立东南特委，以加强对广州至香港间地区开展抗日游击战争的领导。廖承志根据中央关于在东江敌后开辟抗日游击区的指示和省委的决定，派曾生等率领一批共产党员和积极分子，由香港回到惠阳坪山，成立中共惠（阳）宝（安）工作委员会和由曾生任总队长的惠宝人民抗日游击总队。在游击总队的不断打击下，日军先后撤出惠阳和淡水。通过民众选举，成立了东江地区第一个抗日民主政权——惠阳县第二区行政委员会，并相继成立了各乡抗日民主政权，揭开了广东敌后抗战的序幕。1959年初，东莞模范壮丁队、常备壮丁队和宝安县政治大队等，经过整顿改编，成立东（莞）宝（安）惠（阳）边人民抗日游击大队，由王作尧任大队长。以上两支队伍共200余人，在广九铁路中段和宝（安）太（平）公路沿线开展敌后游击战争。
在海南岛，1938年10月广州沦陷后，中共琼崖特委和琼崖工农游击队与国民党琼崖当局达成合作协议，琼崖工农游击队改编为广东民众抗日自卫团第14区独立队，队长冯白驹，下辖3个中队，约300余人。1939年2月10日，日军由海南岛北部登陆，第二天，独立队即派出第一中队奔赴海口以南南渡江之潭口渡，打响了琼崖人民抗战的第一枪。尔后，独立队开赴琼（山）文（昌）革命老区，开辟抗日根据地。14日，日军在三亚湾登陆，问全岛推进。独立队坚持开展游击战争，不断袭击敌人，于3月底扩编为独立总队，发展到1000余人。独立总队坚持深入农村，组织农民协会、妇救会、青抗会等各种团体，建立军械厂、医务所，创办《抗日新闻》，建立了琼文抗日根据地。
随着华南敌后游击战争的不断发展，1939年2月，成立了由林平任书记的中共东江特委，以加强领导。4月，为适应国共合作团结抗日，东宝惠边游击大队（增城阮海天部加入）改称为第四战区游击纵队指挥所第四游击挺进纵队直辖第二大队；5月，惠宝游击总队改称为第四战区游击纵队指挥所第三游击挺进纵队新编大队。同时，中共中央派延安警备区参谋长梁鸿钧等赴东江，成立东江军事委员会，以加强领导。至年底，东江两支抗日武装迅速发展到700余人，初步打开了东江敌后游击战争的局面。
正当华南敌后游击战争和抗日根据地发展之际，国民党扔起了第一次反共高潮。1939年6月，国民党派吴道南入琼任广东省第九区行政督察专员兼守备副司令，吴道南大幅度削减琼崖独立总队的军饷，并要琼崖独立总队缩减至3、4百人。至12月，完全断绝琼崖独立总队的军饷和有限的弹药供给，并不断制造摩擦，企图挑起军事冲突消灭琼崖独立总队。为坚持独立自主开展游击战争，中共琼崖特委决定在继续坚持琼文抗日根据地斗争的同时，到接近五指山区的儋县纱帽岭一带建立新的抗月根据地。1940年2月，中共琼崖特委和独立总队领导机关率西路主力抵达澄迈、临高、琼山交界处的美合地区，发动群众、清国除霸，组织各乡“农民抗日救国会”，成立中共美合特区区委，开创了美合抗日根据地。9月，中共中央派庄田、覃威等军事：于部入琼。整编部队，建立总队指挥机构和政治委员制度，全总队下设两个支队另两个大队，琼文地区部队为第一支队，美合地区部队为第二支队，共3000人，冯白驹任总队长兼政治委员，庄田任副总队长。12月15日，国民党顽军分五路向美合奔袭合围，经两天激烈战斗，中共琼崖特委决定撤出美合村。特委机关、总队部和特务大队撤回琼文根据地，第二支队和第四大队转移至儋临和昌感地区活动，并组成一留守处在美合地区坚持斗争01941年2月，中共琼崖特委认真总结了“美合事变”的经验教训，调整和充实了特委领导班子，冯白驹复任特委书记，李明任副书记，并决定成立中共琼崖特委军事委员会，冯白驹任主席，李明、庄田为委员。琼崖的抗let游击战争进入了一个新的阶段。
在第一次反共高潮中，广东国民党顽固派于1940年3月就对东江地区新编大队和第二大队发动了进攻。新编大队和第二大队突围后向海陆丰地区转移，沿途不断受到围攻，部队损失惨重，由700多人骤减至100余人。5月8日，中共中央指示曾生等部，必须大胆坚持敌后抗战，指出向国民党后方行动的政策，在政治上是错误的，在军事上必归失败。根据中央指示，部队返回东宝惠敌后，并决定将新编大队和第二大队合编为广东人民抗日游击队第三大队和第五大队，曾生和王作尧分任大队长，林平兼任两个大队的政委，梁鸿钧负责军事指挥。从此摆脱国民党的约束，独立自主地开展游击战争，各自进入东莞县之大岭山区和宝安县之阳台山区，建立抗日根据地。东江人民的抗日武装斗争展开了新的一页。
