在当时荷兰海军的战斗序列里，郝克托号属于重量级战舰，整个战舰载炮七十多门，火力强大，是驻台湾荷兰海军中战力最强者。从它的名字上就可以看出，这是以古代特洛伊神话中的英雄名字来命名的，足见其地位之重。和它一起出战的，还有另一艘战舰弗兰号，外加两艘小型战舰。战斗在外海开打，郑成功以六十搜小型战船迎战，以中国战船轻便灵巧的特点，和“五梅花阵”灵活的阵容配置，与荷兰海军的庞然大物周旋，整个战斗打的非常激烈，按照荷兰人的记述，海面上硝烟弥漫，根本就看不清楚情形，但很快就看清楚了，滚滚硝烟中，郝克托号缓缓下沉，最终葬身台湾海峡之中，而另一艘战舰弗兰号也遭受重创，慌不迭的逃往巴达维亚。而中国海军一方也付出了沉重代价，一千多名战士从此长眠在鹿耳门水港中。
尽管付出了惨重的损失，但郑成功终于获得了台湾海峡的制海权，上千荷兰驻军，此时已是瓮中之鳖。
连续的惨败，让荷兰“鳖”们也老实了，身为台湾总督的揆一主动约郑成功谈判，表示愿意送上一笔钱，只要郑成功能退兵，见郑成功不允，又做出让步，表示愿意把台湾让给郑成功，只要郑成功允许他们继续保留在台湾的城堡，要塞，一切都好商量。在揆一看来，地方都让给你了，应该是很够意思了。
但在郑成功看来，揆一说这些很没意思，因为他根本没搞明白一个事实：台湾自古就是中国领土。所以，面对揆一摇尾乞怜的面孔，郑成功豪气千云，说出了那句流传后世的豪言！
台湾者，中国之土地也！
这是我们中国的领土，现在我们要收复回来，天经地义！
眼看郑成功不允，揆一索性死扛到底了，似乎是嫌自己死的太慢，他居然于谈判破裂的是夜，再次发动了一次进攻，由阿尔多普率领二百人出城偷袭，谁料刚摸进营地，就被中国军队一通猛打，阿尔多普侥幸捡了条命跑回热兰遮，回来清点人数，才发现又少了一百四十个人。
打打不过，谈谈不拢，揆一也就只剩下一个选择：死守待援。
毕竟东印度公司是不可能主动丢弃台湾的，他们一定会派援军过来，只要能够拖得住，守个三五个月，到时候里应外合，胜利还是有可能属于我的。
没想到刚抱定了死硬的念头，揆一就又大跌眼镜了，对面赤坎城守将猫难实丁，显然没有他这样的觉悟，已经挂白旗投降了。
这也不能怪猫难实丁没觉悟，仗打成这惨样，死多少人在其次，关键是郑成功已经找到了赤坎城最大的问题：水。
赤坎这个城，防卫坚固，地势险要，属于易守难攻的地方，当年为了驻守方面，修的时候是沿着台江修的，但却也留下了毛病：整个城池的用水，全靠一条台江供应，水源一断，全城玩完。
郑成功就是这么做的，在围困赤坎城没多久后，赤坎就断水了，直把一群荷兰兵渴的鬼哭狼嚎。嗓子直冒烟，上帝也无奈，二话不说，投降。四月七日，猫难实丁签订投降书，整个台湾岛，也仅剩下了热兰遮城这一处荷兰军，收复荷兰全境，似乎垂手可及。
在郑成功的人生里，发生过许多“垂手可及”的事情，从当年打泉州的“垂手可及”，打潮州的“垂手可及”，打南京的“垂手可及”，到如今的热兰遮，当然，功亏一篑的时候更多，实在是因为他性格中的弱点，关键时刻，总做出错误的判断。
而面对这个荷兰人苦心经营三十八年的坚固堡垒，他会再一次重蹈覆辙吗？
危局之下，揆一的对策，和之前郑成功遇到的大多数对手差不多：坚守待援。虽然巴达维亚离的远，但以荷兰人的坚船利炮，及时赶到是不成问题的，况且揆一召开了台湾本岛的评议会，那些荷兰议员们一致认定，如果就此放弃了台湾，那么荷兰人将永远失去台湾。因此坚守，就成了唯一的选择。
所以只有唯一选择的揆一也豁出去了，他下令撤掉了整个热兰遮城外围的所有荷兰兵，仅存的几百荷兰人，被尽数撤进了热兰遮内城的堡垒中。摆出一幅死猪不怕开水烫的架势：我就是不投降，有本事你来打啊！
打起来才证明，荷兰人不怕开水烫，是有本钱的。
热兰遮这个城市，在当时号称叫“东亚第一要塞”，整个城池是以糯米拌着石灰砌成，坚固异常，普通的炮弹对它根本没有作用，整个城堡四周，环列着三十门火炮。外加密集的火枪防御。所以五月初四开打，整整一天，攻坚毫无进展。
以当时郑成功的兵力，如果几万人前仆后继玩命攻，就是用牙咬也咬下来了，但郑成功很清楚，此战的目的不止要收复台湾，更要尽可能减少伤亡，以台湾为基础，建立抗清的根据地，所以手下的士兵，死一个都非常金贵，最好的选择，就是在尽可能减少伤亡的情况下，逼台湾投降。
所以在攻坚受挫后，郑成功没有强攻，相反却把所有的陆战大炮摆出来，和荷兰人打起了炮战，一番对轰之下，多坐荷兰炮台被轰毁，荷兰人伤亡惨重，却还是咬牙硬挺。硬挺了没几天，荷兰人惊喜的发现，郑成功似乎支撑不下去了：从望远镜里往外看，他的部队竟然断粮了，居然一个个都在吃野果充饥。
因为就在郑成功全军浴血奋战，收复国土的时候，他背后的清王朝却给他捣乱了。就在围攻热兰遮城期间，清政府通过“地下工作”，居然策反了镇守铜山的郑家部将蔡禄，郭义，其实本来镇守厦门的郑成功之子郑经已经得到了消息，但他优柔寡断，除了派人千里迢迢去找郑成功汇报外，自己没敢做任何应对，结果等郑成功知道时，黄花菜都凉了，五月间，这二人杀铜山守将张进，逼忠于明朝的部将吕簇自杀，然后竟准备将铜山献给清王朝，如此一来，郑成功征台大军后路尽断，他一生里几次遭遇的“功亏一篑”的悲剧，很可能会重演，但好在郑成功反应迅速，火速命令陈豹，杜辉，黄元等部将四面围剿，终于五月十九日收复铜山，这俩叛徒在清军的接应下成功逃脱，经此折腾，原本作为囤粮重地的铜山被抢掠一空，征台大军的粮草大受影响。
偏偏一波刚平一波又起，五月二十八日，荷兰人的援军杀来了。
说到这支援军，其实也算是个“误会”。揆一的告急报告送到巴达维亚后，因为时任东印度公司总督的莫斯切尔和揆一早就不睦，看到军报，第一反应居然是揆一谎报军情，外加揆一此人性格飞扬跋扈，仗着朝中有人，从来不拿同僚当盘菜，结果经前荷兰台湾总督维德拉添油加醋，东印度公司评议会认定揆一这是想谎称中国军队进攻，以此向东印度公司骗经费。荒唐的认定后，就是荒唐的行动。荷兰人任命赫尔曼为新任台湾总督，带领两艘战舰前来赴任，顺便把揆一抓回去受审，熟料一进台湾海峡，荷兰人立刻看到了满眼的中国战船，还没反应过来，就被中国海军一通乒乓乱打，两艘战绩都被打的重伤，赫尔曼二话不说拔腿就跑，跑还跑反了方向，没想着去巴达维亚求援，反而先跑到日本去躲风头。结果一来二去，又把救援的时间给耽误了。
趁着荷兰人犯傻的空，郑成功火速平定了内乱，同时干了另一件让荷兰人抓狂的事，他一边打仗，一边在台湾设立政府了，他在荷兰人投降的赤坎城，设立了自己在台湾的首府——承天府，并分为东安，西安，宋南，镇北四坊，以部将杨朝东为承天府尹。这也是中华五千年历史上，中央政府第一次在台湾本岛设立行政机关。同时为了解决断粮问题，他开始主动在台湾开辟屯田，同时严明军纪，禁止士兵有劫掠民财的事情，对这支祖国大军，台湾百姓从一开始就热烈欢迎，郑成功初登陆的时候，就有赤坎周边的汉族农民推着小车前来迎接，值得一提的是，跟随郑成功多年的亲信吴豪，就是因为在台湾纵兵劫掠，被郑成功忍痛杀掉的。部队断粮最困难的时候，部将洪朝曾建议郑成功向台湾百姓征粮，郑成功拒绝说：台湾百姓被荷兰人盘剥的太苦了，怎么还能再加重他们的负担。宁可饿肚子，也绝不向台湾百姓征粮。
经过一番努力，郑成功终于在台湾扎下了根，政府建起来的，民心收过来了，按说事情到这里，荷兰人再赖着不走，就属于不要脸了：本来就不是你的地盘，人家现在衙门都修起来了，你还不滚蛋，赖在这里干嘛？
但荷兰人却似乎不要脸到底了。到了七月份，总算搞明白揆一不是“谎报军情”的东印度公司，火速派来了新一拨援军，比起上一支援军来，这次阵容异常强大，派来了十艘精锐炮船，并制定了一个周密的作战计划：以舰队主力袭击郑成功的海上舰队，另派两艘巨舰登陆，以陆军袭击郑成功大营，水陆夹击把郑成功彻底赶出台湾。七月二十二日，荷兰人的反扑开始，海战方面，荷兰舰队杀气腾腾的扑来，却被郑成功引诱到近海，集中优势兵力打了个伏击，非但没有消灭郑成功，自己反而被击沉两艘战船，被俘三艘，赔的血本无归，海军如此狼狈，更谈不上什么抢滩登陆了。这场荷兰人集结大军发动的最后一次救援，就这样以失败告终。
这场打援之战结束后，对于攻城，郑成功似乎就不怎么热心了，七月二十五日之战后，郑成功在台湾的主要工作，就是走访台湾各地高山族部落，比起荷兰人用枪炮征服来，郑成功却与各族酋长亲切交谈，和平相处。使台湾南北各部高山族部落诚心归附，尤其是以后来许多荷兰人的见闻记录，郑成功到来后，各地高山族部落做的最主要的事，就是捣毁各处的教会学校，焚烧荷兰的课本。当年荷兰人自吹的“百分之八十”受西方教育率，到底还是虚假繁荣。情势对荷兰人越发的不利，因为困于英荷战争，东印度公司已经再也无法组织起一支有效的援军了。到了1661年十二月，热兰遮的荷兰人，因长期围困造成的断水断粮，外加瘟疫横行，累计已经死亡一千六百多人，大批荷兰军纷纷出城向郑成功投降。总攻的时间到了。
从十二月初六开始，郑成功发动了总攻，他这期间修筑在热兰遮四周的高台发挥了作用，把炮弹打进了城市里的每个角落，无处藏身的荷兰人终于受不了了，经过热兰遮城“评议会”紧急磋商，最终做出决议：把这个城市交给中国人，争取最优惠条件才是上策。
然后就是郑成功与荷兰方面的谈判，值得一提的是，他始终坚持自己的“大明延平王”的身份，也就是说，他是以一个中国将军的名义，而非一个独立领袖的名义来谈判，他再次对荷兰人重申，此次出征，是为了收复中国自己的领土。在郑成功的坚持下，双方最终于1662年二月二日达成了议和条款：荷兰人撤出台湾，其在台湾的属于“东印度公司”的财产，要全部留下，属于其个人财产可以带走。也就是说：荷兰人必须留下他们在中国领土台湾抢掠的财富，卷包袱，滚蛋！
是日合约正式签字，十天以后，荷兰人全部撤出热兰遮城，城中的大炮，火枪，弹药，商品，金钱等物资，尽数留给了中国方面。最后从热兰遮城生还的荷兰人，总数不到五百。这场长达近一年的拉锯战，终于以中国军队的完胜，台湾胜利收复而拉下帷幕。但在当时，这场反侵略战争，并非是所有人都可以理解的，比如同时期坚守在内地抗清的许多明朝遗臣们，就纷纷指责郑成功此举是“弃大就小”“明哲保身”，曾与他并肩战斗的老战友张煌言也从此与他绝交。这些眼中只有“反清复明”的孤臣们，又怎能看得清身后事呢？如果没有公元1661年的那次渡海东征，郑成功的抗清力量在清王朝的绞杀下迅速覆灭，盘踞台湾的荷兰人，也势必稳固他们的统治，台湾，将从此真正成为荷兰海洋帝国治下的一块“领土”，几个世纪以后，或许会继续留在荷兰版图里，也或许会如今日菲律宾、印尼一样，成为与中国隔海相望的“邻邦”，却必不再为华夏所有，若那样，才是万千炎黄子孙真正的恨事。
而在台湾辛苦熬了三十八年的百姓们，却很能体会这样的感受，根据当时资料记录：荷兰人撤退那天，台湾当地百姓载歌载舞，城市乡间鞭炮齐鸣，家家户户喜气洋洋。是的，或许只有亲身体会过沦陷痛苦的人，才会切身明白光复的可贵。
无论怎样，台湾，三十八年，终于回来了。
