在古代世界，埃及的医学一直享有盛誉。从目前流传下来的“埃伯斯纸草卷”、“史密斯纸草卷”、“拉洪纸草卷”、“柏林纸草卷”、“伦敦纸草卷”和“赫斯特纸草卷”中，我们发现古埃及的医学涉及到眼病、胃病、心血管疾病、囊肿和疔疮的治疗与研究。
通过制作人体木乃伊和动物木乃伊，古埃及人熟知了人和动物的各种器官的形状、位置，并知道了某些器官的功能。在埃及象形文字中，有100多个解剖学名词。在“埃伯斯纸草卷”里，有专门记述人类心脏运动的内容：“医生秘诀的根本，就是心脏运动的知识，血管从心脏通过人体各部，因为任何医生……在触到头、后脑、手、手掌、脚的时候，到处都会触到心脏。因为血管是从心脏伸向人体每一部分的。”因此，埃及人把心脏看成是人体最重要的器官，是人的生命和智慧之源。因此他们在制作木乃伊时，才把心脏留在体内。
对于常见的外科和内科疾病，古埃及医生已有相应的医疗手段。如用刀切开脓肿、摘除肿瘤，用外敷药物治疗溃疡或者烧伤的病人，用裹缚的方法治疗骨折脱臼；用酒、蜂蜜、鹿茸、龟板、草药根茎和动物的脂肪制成药剂，以治疗内科疾病。
古埃及的医学发展成就，最杰出的表现就是制作木乃伊，它们能历经几千年而保持完整的体形，做到肤发未损。从它们身上，我们甚至能揣测到法老生前安详的姿态和迷人的笑容。
在埃及前王朝时期，木乃伊是自然形成的，未作什么特别处理。那时，人们把尸体埋在挖得很浅的墓穴里，上面用兽皮或编织物覆盖，再用沙土盖好。由于埃及气温较高，灼热的太阳晒在沙土上，使尸体很快变干并保存完整。
进入第4王朝时，古埃及人认识到了内脏是尸体迅速腐烂的重要原因，于是制作木乃伊时就有了掏取内脏的重要环节。但在古王国和中王国期间，保存下来的木乃伊屈指可数，其中最重要的原因就是防腐技术的发展水平仍然很低。
到新王国时期，埃及人制作木乃伊的技术趋于完善，出现了有效的尸体脱水和防腐技术。当时，制作干尸已发展成为一种专门的行当，有专门的防腐师和木乃伊制作工场，不仅法老和大臣们死后制作木乃伊，许多富裕的平民也竞相仿效。具体的制作过程如下：
首先，医学处理尸体。即把最容易腐烂的内脏掏空，一般的做法是在尸体的左侧切开一个口子，把肝、肺、肠子等内脏全部拿出来；还必须把死者的脑髓通过筛骨从鼻孔中抽出。但是必须保留心脏，因为古埃及人相信，心脏是思维和理解的器官，必须留在体内。
其次，对内脏和体腔进行分别的防腐处理。木乃伊制作师把器官从体内取出之后，用食盐把器官里的水分吸干，再用食用油或者液态的松香浸泡，然后，用一种名叫卡皮诺克的罐子将之保存起来，葬入陵墓。对于消毒后的体腔，先填进用布包的泡碱和其他临时填充物，然后把它置于干燥的泡碱粉里约40天，待脱去水分之后，取出里面的填充物，改放碾碎的桂皮、泡碱。最后细心地缝上切口，贴上画有何露斯眼睛的皮，因为古埃及人相信这种皮具有强大的愈合力与保护力。
再次，在处理过的尸体上涂上厚厚的油膏和松香溶液，防止尸体与空气直接接触，就能达到抵制自然发生的化学作用。然后，用白色亚麻布将手指、手掌、脚和躯干依次包裹起来。死者的鼻子有时会因抽取脑髓而遭到破坏，就给他安上一个木质的假鼻子。眼窝里也放置人造眼球。
最后一道程序是把死者的双手交叉在胸前，装入棺材，有时还会在外面再加一个棺材套。到了第二过渡时代（公元前1786～前1567年）的后期（公元前1600年左右），盛装木乃伊的棺木发展成彩绘的人形棺材。一具木乃伊的制作周期大约为70天。
正是由于古埃及有发达的医学技术，使得埃及成为世界上发现木乃伊最多的国家，这为我们研究古埃及人的生活与文明，留下了珍贵的遗产。
现在所知最早得到防腐处理的人物是第4王朝法老胡夫的母亲赫特菲瑞斯的尸体，虽然她的尸体未能保存下来，但保存其内脏的坛子得以幸存。目前保存下来最早的木乃伊是第五王朝后期，约公元前2350年的瓦提，它仍保存在萨卡拉的尼弗尔墓穴里。其次是第6王朝的艾伊布特一世。自1881年在尼罗河西岸的德尔巴赫发现了新王国时期的墓葬群以后，法老们的木乃伊已不再是稀奇之物，包括著名的法老塞蒂一世和拉美西斯二世的木乃伊。现在，除了埃及以外，英国、美国、加拿大和法国等国家的博物馆里也收藏了不少古埃及的木乃伊。
