七月，法国公使谢满禄下旗出京。鲍超以兵少不愿出关，命招集旧部赴前敌。法兵攻破基隆炮台，总兵曹志忠、提督章高元等战却之。朝廷思倚刘团击法军，乃赏刘永福记名提督；以连络刘团为唐景崧功，赏景崧五品卿衔。以总署乏才，命李鸿章令道员马建忠入见。谕旨宣告法人罪状，言『越南为我封贡之国二百余年，载在典册，中外咸知。法人狡焉思逞，先据南圻各省、旋又进据河内，戮其人民、利其土地、夺其赋税；越南闇懦苟安，私与立约，并未奏闻，挽回无及，越亦有罪也。是以姑与包涵，不加诘问。光绪八年冬间，法使宝海在天津与李鸿章议约三条，当饬总理各国事务衙门会商妥筹，法人又撤使翻覆；我存宽大，彼益骄贪！越之山西、北宁等省为我军驻扎之地，清查越匪、保护属藩，与法国绝不相涉。本年三月间，法兵竟来扑犯。当经降旨宣示，正拟派员进攻，力为镇抚；忽据该国总兵福禄诺先向中国议和。其时该国埃及之事汲汲可危，中国明知其势处迫逼，本可峻词拒绝，而仍示以大度，许其行成；特命李鸿章与议「简明条约」五款，互相画押。谅山、保胜等军，应照议于定约三月后调回。迭经谕饬各防军扼扎原处，不准轻动开衅；带兵各官，奉令维谨。乃该国不遵定约，忽于闰五月初一、初二等日以「巡边」为名，在谅山地方直扑防营，先行开炮轰击；我军始与接仗，互有杀伤。法人违背条约，无端开衅，伤我官兵，本应以干戈从事；因念订约通好二十余年，亦不必因此尽弃前盟，仍准总理各国事务衙门与在京法使往返照会，情喻理晓，至再至三。闰五月二十四日复明降谕旨，照约撤兵，昭示大信。所以保全和局者，实属仁至义尽。如果法人稍知礼义，自当翻然改图。乃竟始终怙过，饰词抵赖，横索无名兵费，恣意要挟；辄于六月十五日占据台北基隆山炮台，经刘铭传迎剿获胜。本月初三日，何覆等甫接法领事照会开战，而法兵已自马尾先期攻击，伤坏兵、商各船，轰坏船厂；虽经官军焚毁法船二只、击坏雷艇一只并阵毙法国官兵，尚未大加惩创。该国专行诡计，反复无常，先启兵端；若再曲予含容，何以申公论而顺人心！用特揭其无理情节，布告天下』。时总署大臣至十余人——弈劻、福锟、昆冈、阎敬铭、徐用仪、锡珍、许庚身、周德润、陈兰彬、周家楣、吴廷芬、张荫桓，独陈兰彬曾使美国而才识庸闇；余皆不达外事者也。张荫桓以道员入为太常寺卿，精敏号知外务，以最后辈务揽权，为同列所忌；又非出身科举，士论恒卑之。御史孔宪瑴乃摭其致上海道私函为泄漏秘密，劾之；谕退出总署。太后亦以总署大臣多不胜任，乃并罢周家楣、吴廷芬、昆冈、周德润、陈兰彬；皆缘荫桓被劾而起，朝列乃益恨荫桓矣。漕督杨昌浚，赴闽督师。潘鼎新以越南瘴重，方暑，艰于进攻；请俟秋后出师。谕言：「刘永福一军久居越南，能耐瘴；令先进」。御史吴峋以法国交涉事劾总署诸臣，尤痛诋阎敬铭；时敬铭以精刻得太后欢，屡降旨辨敬铭、斥吴峋。左宗棠在枢府怙功偏执，同列苦之；以闽省军务，出为钦差大臣。以将军穆国善、漕督杨昌浚充帮办，学士张佩纶充会办兼船政大臣。召詹事何如璋还京，命宗棠驻兵于闽、浙之处主调度。法舰攻毁江苏之长门炮台，将攻吴淞口；曾国荃严备之。张佩纶奏：『法提督孤拔以兵轮入马尾，窥伺船厂。闰五月二十八日，臣亲率黄超群两营驻防马尾，其时法船仅五艘，我船「扬武」及两蟁船共三艘；寻何如璋将「振威」、「伏波」调回，张之洞亦以「飞云」、「济安」来援，我军势略壮。法乃增大兵轮二号、鱼雷二号，入口相逼。臣屡请先发，请互援，不得；勉以「艺新」、「福星」两小船及艇船、商船杂而牵制。及至六月二十以前，船略相等，而我小彼大、我脆彼坚；六月二十以后，彼合口内外常有十二、三艘，出入便活，而我军则止于兵船、炮船两号。臣以为忧，密调诸将，以兵不厌诈，水战尤争呼吸，欲仍行先发之计。而诸将枕戈待旦，多者四十余日、少亦二三十日，均面目枯槁，憔悴可怜；加以英、美来船与法衔尾，奇谋秘策不可复施。臣知不敌，顾求援无门、退后无路，惟与诸将以忠义相激劝而已。前月二十八日及本月初一日之电报，可覆按也。当六月下旬美提督晤何如璋，以调处告；税务司贾雅格函告督臣，又有莫提督、英领事欲调处之说。其辞甚甘，其事则严；臣亦知其意，而无如与国牵制何！初一、二日，大雨如注，风势猛烈。初二日子夜、初三日黎明，臣以手书饬诸管驾相机合力；有「初三日风定，法必妄动」之语。未刻，而法人炮声作矣。臣一面饬陆军整队并以小炮登山，为水师相应；一面与何如璋各升山巅观战。缘是日法以潮大风顺，于口外骤入一大船，发炮为号，猛攻我军。我船本约以各轮萃攻其上游各船，而以艇船、商船夹攻其下游各船；法大船入，则以六艘截「振威」、「飞云」、「济安」于下，而以五大轮、一鱼雷船合攻「扬武」。比臣至山，则「扬武」已为敌鱼雷所碎。法船方围攻「福星」，该管驾陈英转捩甚灵、放炮亦捷，酣战不退；两蟁船用炮助击，相持至一时之久，一大船中炮退驶，他船亦皆桅斜枝洞。奈大小过悬，众寡不敌；未几而该船及两蟁船相继沈毁，「伏波」、「艺新」亦各中炮驶上中岐，则我上流之船已没。其下流之船，法以双桅三筒「鸟波」铁船为最大，「振威」为其所挤，立断为两；「飞」、「济」二轮还炮之声犹相应答，法驶一鱼雷船近之，则骤为我台上一炮所中，立没于水；而「鸟波」为亦我炮攒击，火药舱立时焚没；「飞」、「济」两艘即带火流下，则高腾云已为炮击中而死。我所余之艇哨各船及所制雷船与木牌引火之具，以潮力抵牾，逆激不能上；皆为法乘胜轰击都尽，并泊近厂河之商船亦焚。计法焚一轮、坏一轮、沈一雷船，我则七兵轮、两商船及艇哨各船均烬；惟余「伏波」、「艺新」两轮少受损伤，即行驶回。此次法人谲计百出，和战无常，彼可横行、我多顾虑，彼能约从、我少近援；一月之久，彼稔知我邻疆畛域、士卒孤疲，辄乘雨后潮急，彼船得势，违例猝发。天实为之，谓之何哉！各船军士用命致死，犹能鏖战两时；死者灰烬，存者焦伤。臣目击情形，实为酸痛！臣甫到闽，孤拔踵至，明不足以料敌、材不足以治军，妄意以少胜多，露厂小船图当大敌；卒至寇增援断，久顿兵疲，军情瞬息万变。臣既制于洋例，不能先发以践言；复狃于陆居，不能登舟以共命：实属咎无可辞！惟有仰恳将臣革职交刑部治罪，以明微臣惶悚之忱，以谢士卒死绥之惨。至连日洋商及我军传说，或云法毁六船、或云孤拔受伤已死、或曰「鸟波」管驾已死、或云法焚溺三百人。要之，我军既已大折，彼亦应稍有死伤；传闻异辞，即确亦不足信。惟此奏就臣所目见，参以各军禀报；不敢有一字捏饰、一语含糊，再蹈「奏报不实」之罪』。何如璋亦奏「内海各师船被法舰格林炮扫尽，轮船被毁九艘」；与佩纶奏略同。谕言：『此次因议和之际，未便阻击，致法人得遂狡谋。各营将士仓猝抵御，犹能殄敌，并伤其统帅；其同心效命之忱，实堪嘉悯』！提督黄超群等，赏赍有差。闽督何璟、闽抚张兆栋，下吏严议；以学士张佩纶措置无方、意气用事，夺三品卿衔，下吏议。将军穆图善，功过相抵，免议。命许庚身入枢府、鸿胪卿邓承修入总署。
八月，李鸿章拜大学士。谕言：『闻广东督、抚出示晓谕沿海居民忠义报效，令在海面将法船带水浅搁，食置毒物等语；并新嘉坡、槟榔屿等处华人，一并备及。此等告示在内地张贴，措词转失正大；新嘉坡等处既非属地，恐辗转讹传，反生事端。彭玉麟、张之洞等，均传旨申饬』。谕关外军逼西贡，以缓攻台之兵。命刘永福迅攻太原、北宁，永福意不欲行，谕岑毓英促之。马江之战，张佩纶漫无布置，仓卒败衅；闽人恨之深。李鸿章力持和议，屡戒佩纶勿轻启衅。闽督何璟，自以书生不谙兵事，屡请解职，朝令杨昌浚代之；旋命大学士左宗棠督闽师：皆未至，军事皆主于佩纶。佩纶实不知兵，而意气极盛；总督何璟、巡抚张兆栋皆曲意事之。佩纶狃于鸿章之议，谓和约旦夕成，戒军士勿妄战，听法船入闽口；及法舰大集，船政大臣何如璋仍严谕各舰，不得妄动。及法人遽发炮，各舰熸焉。闽人切齿于佩纶、如璋，并诋如璋通款于敌。及佩纶饰词入告，皆大愤；编修潘炳年等呈都察院代奏，言『臣等于马江败后，迭接闽信，皆言张佩纶、何如璋闻警逃窜；窃以挫败情形，众目昭著，朝廷明见万里，谅诸臣不敢再有捏饰，是以未敢率行上闻。读八月初一日谕旨，方审该大臣前后奏报种种虚捏，功罪颠倒；乖谬支离，与臣等所接闽信判若歧异；不得不披沥上陈。初一日，法人递战书于「扬武」管驾张成；张成达之何如璋，秘不发。初二日，各国领事、商人均下船，众知必战，入请亟备；张佩纶斥之出，军火靳不发。嗣洋教习法人迈达告学生魏瀚：明日开仗；魏瀚畏张佩纶之暴，不敢白。初三早，见法船升火起椗，始驰告，而法已照会未刻开战。张佩纶怖，遣魏瀚向孤拔乞缓，以诘朝为请。比登敌舟，而炮声已发，战船犹未启椗装药。敌发巨炮七，「福星」、「振威」、「福胜」、「建胜」殊死战，船相继碎；余船放火自焚。是役也，毁轮船九、龙糟船十余、小船无数，「伏波」、「艺新」二艘均逃回自凿沈，林浦陆勇自溃；而法船仅沈鱼雷一艘：此初三日大败之情形也。张佩纶、何如璋甫闻炮声，即从船局后山潜逃。是日大雷雨，张佩纶跣而奔，中途有亲兵曳之行；抵鼓山麓，乡人拒不纳，匿禅寺下院，距船厂二十余里。次日，抵鼓山之彭田乡。适有廷寄到，督、抚觅张佩纶不得，遣弁四探，报者赏钱一千；遂得之。何如璋奔快安施氏祠，乡人焚祠逐之，夤夜投洋行宿焉。晨入城，栖两广会馆，市人又逐之；后踉跄出就张佩纶于彭田乡。张佩纶恐敌踪迹及之，绐何如璋出厂，自驻彭田乡。累日侦知敌出攻长门，将谋窜出；始回。此张佩纶、何如璋狼狈出奔之情形也。何璟、张兆栋平日狃于和议，于海防毫无布置。藩司沈葆靖尤以战事为非，凡属防饷，辄拒不发款。兵无主帅、饷无专责，议者固知闽事之必败也。所恃为长城者，以张佩纶平日侈谈兵事，中外战局伊始，身膺特简，临时必有把握。及阅闽信陈其种种谬戾情形，则丧师辱国之罪，张佩纶实为魁首；何如璋次之。何以言之？朝廷以督、抚不知兵，简张佩纶偕刘铭传往。刘铭传渡台，即封煤厂，逐法人。张佩纶出都，即闻其意颇怏怏；到闽后，一味骄倨。督、抚畏其气焰，事之维谨；排日上谒，直如衙参，竟未筹及防务。至法船驶入马尾，仓卒乃以入告；张得胜缉得引港奸民请办，张佩纶竟置不理，众益骇然。而张佩纶尚侈然自大，漫不经心；水陆各军，纷纭号召。迨各将请战，又以奉旨「禁勿先发」为词。臣等不知「各口各击」之谕，何日电发？不应初三日以前，尚未到闽。即使未到，而谕旨禁其先发，非并轮船起椗、管驾请军火而悉禁之也；一概不允，众有以知张佩纶之心矣。身为将帅，足未登于轮船；聚十一艘于马江，环以自卫。各轮船管驾迭陈连舰之非，张佩纶斥之；入白开战之信，张佩纶又斥之。事急而乞缓师于敌，如国体何！开炮而先狂窜，如军令何！中岐即马尾、田彭即鼓山后麓，张佩纶自讳其走，欲混为一；如地势迥隔何！敌攻马尾，张佩纶于是日始窜彭田，而冒称力守船厂；如不能掩闽人耳目何！且何如璋实匿战书，张佩纶与之同处，知耶？不知耶？臣等不能为张佩纶解也。臣闻张佩纶败匿彭田，以请旨逮问为词，实则置身事外。证于外间风闻，张佩纶所恃为奥援之人私电函致，有「闽船可烬、闽厂可毁，丰润学士必不可死」之语（按此语暗指李鸿章）；是则张佩纶早存不死之心，无怪乎调度乖谬、闻战脱逃，肆无忌惮如此也！何如璋实督船政，旦夕谋遁，弃厂擅走，已有罪矣；而谋匿战书，意尤叵测！复于六月一日将船政局存银二十六万，藉名采办，私行兑粤；群议其盗国帑，言非无因。张佩纶素以抟击为名，何如璋荒谬如此，并无一疏之劾；谓非「狼狈相依，朋谋罔上」，所不敢信。若不严予惩办，何以谢死事二千余人，何以儆沿海七省之将帅，何以服唐炯、徐延旭之心，何以塞泰西揶揄之口！请密派公正大臣如彭玉麟等驰往查办，澈底根究，自可得其罪状』。得旨：派左宗棠、杨昌浚查办。滇督岑毓英自请赴前敌。已革滇抚唐炯槛送至京，下刑部狱严讯。吏议：张兆栋、何如璋皆褫职。谕：『此次法人肆意要挟，先开兵衅；中国屡予优容，已属仁至义尽。现在战局已成，倘再有以赔偿等词进者，即交刑部治罪』。
法人攻苏元春关外之军，元春击沈法舰一艘、毙法酋一人，连战屡捷。奏入，奖元春孤军当劲敌，赏赍有差。王德榜久无功，朝旨切责。提督方友升、总兵周寿昌与法军战于郎甲，教民导法军袭入，友升等大败。刘永福命黄守忠、吴凤典进规宣光。
