申时行作为苏州人，跟此地的大多数官僚一样，低调而有涵养。跟明代大多数首辅一样，申时行年少得志，经历了翰林院学士到部院官员，最后入阁拜相的过程。
申时行原名徐时行，曾被过继给舅舅徐尚珍，成年后又返回申家。虽然他跟徐阶一样都是苏州人，虽然他也跟徐阶一样人情练达，但他无疑比徐阶更加圆润。在万历十年张居正死后，内外形势已经发生了变化，申时行能够顺应这种形势加入到倒张的队列中来。
虽然张居正对于申时行有提拔之恩，但这种提拔之恩在申时行看来显得要清淡的多，他跟张居正的关系不似梁梦龙、张学颜跟张居正那般亲密，他一直保持着自己的独立性，他不从属于任何政治团体，这也是他能成为政治不倒翁的原因。
在清算张居正的运动结束后，申时行及时采取了刹车的行动，这对于万历亲政后的局势有稳定作用。
万历十二年随着倒张运动接近尾声，关于这场争论似乎还迟迟不肯落幕，一些人仍旧拿着张居正的事情互相攻击。在神宗对张居正抄家的时候，刑部尚书潘季驯因为替张居正说话被御史李植弹劾而罢官，如今御史蔡系周、孙愈贤因为跟李植有间隙，借着潘季驯有冤弹劾起李植来，而李植的同党江东之、羊可立立刻参加进来，并将蔡系周、孙愈贤两人划成张居正的同党予以攻击，这样一来皇帝自然站在江羊李这边。
本来是一场御史阵营的内斗，江羊李偏偏将张居正牵扯进来作为打倒政敌的砝码，这实际上是万历十二年官场上的普遍现象，也就是跟张居正有交情的官员面临全部被罢黜的危险，而跟张居正有仇的官员显示出了越来越强悍的战斗力。首辅申时行已经预感到这个事情再不解决，将会给国家造成更大的危害。
进入万历年间，大明官场出现了一种奇特现象，那就是为了拱倒政敌，采取匿名贴大字报的方式，这些大字报通常会揭示一些私密的事情，往往会掀起大波，达到普通奏章无法达成的效果。
申时行的担心不无道理，很快京城流传一张大字报，说内阁大学士许国指使蔡系周、孙愈贤弹劾李植，此时斗争的方向发生了变化，情况更加扑朔迷离。首先此时的内阁大学士大多是在张居正主政期间曾经弹劾过张居政的人，所以此案跟张居正已经失去关联，它要么是有人故意将此案跟许国联系起来，要么就是江羊李弹劾蔡孙的最终目标是对着许国来的。
事实证明的确是如此，因为随后江羊李又开始弹劾申时行，原来他们想将首辅申时行、次辅许国拱走，让他们的老师三辅王锡爵担任首辅，很快申时行抓住他们的把柄，迫使皇帝将三人连降三级，贬谪外地。
万历十二年的这场惊心动魄的政治斗争依靠老道的申时行一举打垮了江羊李的嚣张气焰，它直接结束了关于张居正的一切争论，也保护了跟张居正有关联的一大批官僚，安定了人心。
万历第二个十年的形势对于申时行来说依然艰难，严嵩的下场使得他不敢跟皇帝保持一种亲密的合作关系，张居正的下场也使得他不敢有所作为、有所担待，他需要在皇帝与群臣之间保持一种平衡，皇帝也需要他和他的内阁班子充当自己跟低级官僚之间的一种缓冲地，这种平衡点的把握对于申时行来说是艰难的，稍微不慎，就会遭到参劾而丢官。
任何高高在上者和既得利益者都会遭到全体官僚的敌视，而对于低级官僚的利益却是任何人也触碰不的，参政的群体日益扩大，舆论权日益下移，这些都会将我们的帝国带到灾难的深渊。所有人都开始小心翼翼，决策的制定更加复杂，任何一项政策执行起来将更加艰难。皇帝和内阁不再信任低级官僚，低级官僚也不再信任皇帝和内阁，我们的帝国不仅进入文官政治的时代，更是进入低级文官政治的时代。士大夫们表面看起来意志坚决，实际上精神涣散；我们这个庞大的帝国表面看起来强大而威严，实际上步履蹒跚。
士大夫们阵营分明，所有人都将成为君子或小人，一些鸡毛蒜皮的小事情牵连起来也会引起大的政治动荡，首辅的倒台更是家常便饭，文官们的攻击也需要多轮较量后才能够看清他们的真实目的，在这些过程中即便是皇帝也常常被其迷惑，跌入彀中。
当申时行取代张四维成为首辅后，他力图取得一种平衡，他试图在文官中维持一种无可争议的形象，但事实表明这根本就是徒劳的，没人会同情他，正如没人会同情皇帝一样。
有人说朝中有些人在张居正当国期间无所作为，接着就有人弹劾吏部尚书杨巍、礼部尚书沈鲤，说他们不应该事事都听内阁的，随后又因为万历的陵墓问题弹劾主办者徐学谟，最后又弹劾高启愚，所有这些被弹劾的人都跟申时行有着或多或少的联系，他们的目标仍旧是指向这名首辅，一旦皇帝受理了对这些官僚的弹劾，那么下一步弹劾的矛头就会直指这位首辅。皇帝是清醒地，他知道这些文官们想干什么，皇帝及时地一耳光扇趴了这些烦人的伪君子们，他深刻的知道到了这个时候，他必须要维护申先生的清誉，否则在这个帝国无人再敢替自己做事。
万历十四年顾宪成进京述职，王锡爵跟他谈到了当今的官场特点，王锡爵笑着说：“你知道吗？现在官场有一个奇异现象，庙堂认可的，外间必然反对；庙堂否定的，外间必定认可。”
说完，顾宪成立即说道：“我也听说官场有一奇异现象，外间认可的，庙堂必定反对；外间反对的，庙堂必定认可。”
说完两人相视大笑，在这种笑声中，两人互相鄙视对方。万历十四年王顾的这段对话永载史册，它实际上通过大明官场高层与底层对立的一种现象来昭示官僚们对团体利益的看重性，在这里没有是非曲直，只有利益。
万历十年以后的形势就是如此，申时行夹杂在这种沉闷的氛围中动弹不得丝毫，他的任何调和皆被群臣认为是虚伪的举动，所有的人都臆想他跟皇帝有什么勾结。这的确是一件可笑的事情，儒家理论将君臣定义为五伦之中的首位，到如今，忠君爱国却需要遮遮掩掩。事情到了这一步，已经无人可以拯救这个帝国。
从万历十四年开始，申时行感到更加的步履维艰，一方面是皇帝渐渐的对上朝、经筵感到厌烦，另一方面是随着郑贵妃产子，封建王朝最大的危机突显出来。
皇帝经常抱怨头晕、眼花，四肢乏力，有一次皇帝对申时行说道，自己近来肝火旺盛，用了凉药，谁知凉药将火压到了脚底，导致脚底发痒，然后又挠破脚底，导致行走不便。每当这个时候，申时行总是劝慰皇上多注意身体，以国事为重。
万历十八年，甘肃副总兵李联芳亲率队伍冒进出击蒙古火落赤部全军覆没，消息传来朝廷上纷纷扰扰，隆庆年以来形成的边疆和平局面又将摇摇欲坠。人世间点火就冒泡的人多，冷静分析全局的人少，大明王朝三百年来绝大部分的战争都是不冷静造成的，杂七杂八的意见堆积起来，再加上决策者对于形势的不明，从而酿成了帝国总动员。
对于此事申时行有着冷静分析，蒙古人没必要找大明朝的麻烦，俺答时代对于贡市有着铁了心的依赖，但西北有两个部落卜失兔、火落赤，东北有个部落插汉部总是跟明朝摩擦不断，这非黄金家族所能控制的事情，而且卜失兔、火落赤还经常跟回部和藏部相互仇杀，而边疆的明军往往又牵扯其中。
正因为申时行了解到到这些关系，所以他才劝皇帝冷静处理，结果平息了一场可能产生的冲突。在申时行担任首辅的期间内，许多事情就是这样在摇摇晃晃中解决了，但有些事情可以将就着过，有些事情就不能将就着过。
从万历十四年开始的国本之争才算是真正在申时行头上套上一个紧箍圈，随着争论的升级，这个紧箍圈只会越来越紧，而不会越来越松，万历十九年的密揭事件终于终结了这位首辅的政治生涯。对此我们已经无法再说出什么，帝国的命运跟人的命运一样在这个纷纷扰扰的16世纪晚期随波逐流。
56岁的申时行回到了自己的家乡，按理说此时正值壮年，但他却过早的结束了自己的政治生涯。回到家乡苏州后，申时行又度过了23个春秋，这23个春秋是在江南靡靡细雨、丝竹软语中度过，虽然他待在中国最好的地方，享受着16世纪地球人最好的生活方式，但他的内心仍旧纠结于那些过去的往事之中。
从申时行留下的《赐闲堂集》中我们可以看见这位首辅的内心并不平静，我们可以捕捉到这位首辅心中所留有的那种深深遗憾。23年来的几乎每一日，他都在对往事的追索中度过，自己有哪些事情没有做好，自己当时应该怎么做。
我们无法否认的是申时行一生最大的功绩就是在万历十二年及时将帝国从关于张居正的一切争论中拉了出来，避免更多的人事动荡，万历十二年皇帝精神焕发、神采飞扬，但仅仅时隔两年皇帝就发现自己想做的任何事情都做不了的时候，那个鼓满气的皮球立刻泄了气。虽然申时行也不断后悔未能让皇帝成为一个有为的君主，但这是皇帝本身的问题，还有体制的问题，岂非申时行所能掌握。
尽管黄仁宇将申时行的不作为解释成时代的因素，尽管黄仁宇对申时行的尸位素餐一再进行辩护，但我们无法否认的是正是因为申时行的无能，让整个万历朝的第二个十年向更坏的方向滑去。他既不能力劝皇帝早立太子以安人心，也不能压制群臣还帝国一个朗朗乾坤，更不能为皇帝选拔一批能用的人才。
我所说的这一切并非毫无根据，因为在申时行之后，王锡爵的一封措辞激烈的奏疏竟能逼迫皇帝让长子出阁读书，后世的魏忠贤也能够压制群臣，为国家的利益考虑。这些饱学的大儒反而不如一个出身底层，没受过教育的太监有大是大非观念，儒家的桎梏在这里又一次显露无疑。
从这个角度出发，张骢的嚣张或者张居正的跋扈，刘瑾的擅权抑或魏忠贤的独裁，从根本上说不容于文官制度或者儒家宪法，但是却有利于这个帝国。因此，用“失败”一词来对申时行进行总结，我认为是恰当的。
