世界的存在，对于常人来说，是个未可争辩的事实，要把这个人人都看得见、摸得着的真实的世界说成是并不存在，我们前面说了，那是非有过人的才能不可。然而，这里我们要补充，即使有过人的才能，也未必能够自圆其说。《成唯识论》的原本，其作者是护法等印度高僧；编译《成唯识论》的玄奘，更是有过人的才能，然而他们也都无法自圆其说，本意要论证自己的主张，却不料给论敌提供了证据，这只能说明，世界上的实物是实有的，不是唯识为真。2识的转变识的转变有两层意义，一是识转变成诸法，或者说，转变成普通人执著为实有的物；二是识自身的转变和互相影响。因为既然一切唯识，那么，不仅要说明识转变为诸法，而且要说明识如何转变为实物，才能破除人们的执著；破除执著之后，还要研究达到涅槃寂静的途径。不过在法相宗看来，识转变为诸法和识与识之间的转换，是一回事，因为识也是法。依法相宗意见，识能够转变为诸法，首先是因为识中存在着可以转变为诸法的种子。依法相宗说，种子有两种：有义种子，各有二类：一者本有，谓无始来，异熟识中，法尔而有，生藴界处，功能差别。……二者始起，谓无始来，数数现行，熏习而有。（《成唯识论》卷二）（释：有漏无漏，各有二类。）这里的二类，是指种子的来源：一类是本有的，一类是始起的，即后来发生的。若从种子的性质分类，则一类是有漏的，一类是无漏的。而不论是有漏种子和无漏种子，都有本有和始起二类。依法相宗所说，种子有六或七种特性：种子是各各独立的、最小单位的实体。种子不是不生不灭，而是刹那生灭，前者随灭，后者随生，即灭即生，不是前者灭了之后，后者方生。种子是诸识的对立面，种子是能生，诸识（也叫做现行）是所生。一能一所，互相依赖。种子生自己同类的种子，各不相乱（如眼识的种子产生自己的眼识）。种子分本有种子和始起种子。种子分为相分、见分。
一切种子有染、净的分别。他们也叫做有漏种子（染污的、恶的）和无漏种子（至善的。一般的善仍是有漏种子）。任继愈《汉唐佛教思想论集》，人民出版社，1994年，第163页。一种意见说，无漏种子是本有的种子：“由此等证，无漏种子，法尔本有，不从熏生”（《成唯识论》卷二）。有漏种子虽然也是“法尔有种”，但主要由熏染产生：“有漏亦应法尔有种，由熏增长，不别熏生。如是建立，因果不乱”（《成唯识论》卷二）。但是法相宗认为，不论有漏无漏，都有本有、始起二类：若唯始起，有为无漏无因缘故，应不得生。有漏不应为无漏种，勿无漏种生有漏故。……若本全无无漏法种，则诸圣道永不得生……由此应知诸法种子各有本有、始起二类。（《成唯识论》卷二）那么，反过来也可以说，无论是本有还是始起，都有有漏和无漏二类。所谓有漏种子，就是使人陷入烦恼、导致轮回的种子；无漏种子，即使人断绝烦恼、获得涅槃寂静的种子。两种都有本有、始起二类，也就是说，人先天的就具有恶；而经过修习，能够使恶变为善，成就佛果。这是法相宗对人善恶来源以及修行必要、成佛可能的哲学说明。虽然前六识都有自己的种子，但是最基本的种子在阿赖耶识中，所以阿赖耶识又名“种子识”：或名心，由种种法熏习种子所积集故。或名阿陀那……或名所知依……或名种子识……或名异熟识……或名无垢识。最极清净，诸无漏法所依止故。（《成唯识论》卷三）一切法归根到底，也都是由阿赖耶识转生的：是一切法真实种子。缘击便生转识波浪，恒无间断，犹如暴流。……眼等诸识，无如大海恒相续转，起诸识浪，故知别有第八识性。（《成唯识论》卷三）但真如不是诸法种子，因为它是无为法，不造作：旧人云真如是诸法种子者，非也。（《成唯识论述记》卷三）法相宗强调，种子只是一种比喻，并不是真有什么种子：“外谷麦等识所变故，假立种名非实种子”（《成唯识论》卷二）。
也就是说，识变现成相分、见分，人们执为实物、实有的过程，就像由种子变成谷子、麦子并且成熟一样。但并不是真的有种子：“彼非实种”（《成唯识论述记》卷二）。因此，所谓种子说，不过是为解释唯识所生提出的比喻而已；而所谓种子生，也就是识变现诸法。所有的种子都含藏于第八阿赖耶识中，所以第八阿赖耶识又称“藏识”。也只有这第八藏识能够产生其他诸识，也能产生客观的物质世界：阿赖耶识因缘力故，自体生时内变为种及有根身，外变为器。（《成唯识论》卷三）生种，就是产生同类种子，或产生其他识种子。有根身，也就是人的身体。器，就是外在的客观世界。这就是说，世界上的一切，都是阿赖耶识所生。其他识，则只能在本识的范围内活动。如眼识可变眼之相分和见分，耳识变耳之相分和见分等等。因此，阿赖耶识，是世界之总根源。依据种子学说，则佛教传统的缘起说，就是阿赖耶识缘起，即阿赖耶识种子产生一切。在这个缘起论中，阿赖耶识种子永远是第一位的因。所谓有此才有彼，只是有阿赖耶识才有一切。缘起中的因果关系，法相宗也有新的解说。他们首先认为，所谓因果，不是有了前因才有后果，而是因与果同时存在，同时出现：“前因灭位，后果即生。如秤两头，低昂时等”（《成唯识论》卷三）。这样的因与果，就像流水一样，不间断地在进行：“如是因果相续如流”（同上）。然后他们自设疑问道：若是因存在着，果还没有产生，那么，因是谁的因？若是果已经出现，但是因已经消灭，那么，果是谁的果？因果关系岂不是不存在？或者说，有因时，果已经存在。那么，果既然已经存在，何须有因？因既然是无，果自然也就不存在。因果关系仍然是不存在。而法相宗实际上就是认为，因果关系是不存在的：……由斯汝义，因果定无，应信大乘缘起正理。谓此正理，深妙离言，因果等言，皆假施设。观现在法，有引后用，假立当果，对说现因。观现在法，有酬前因，假立曾因，对说现果。假谓现识似彼相现。如是因果，理趣显然，远离二边，契会中道。
诸有智者，应顺修学。（《成唯识论》卷三）也就是说，在法相宗看来，因果关系是个深奥微妙难以言说的关系。这种关系并不存在，只是一种假设而已。窥基对此解释道：……理实能缘及所缘法唯有现在。三依唯识，此义虽通，然前二外别有异体，多分分别妄心所变似去来相，实唯现在。（《成唯识论述记》卷三）从佛教泯灭一切分别的立场来说，不仅时间上只有现在，空间上也是只有当下，没有前后左右的差别。因此，因与果，也只是假设的关系，一种说法的方便而已。而作为一切种识的阿赖耶识产生种、根身和器，在本识中产生“自果功能差别”（《成唯识论》卷七），也是随生随灭，随灭随生，如前所说种子的第二种特性。在因果问题上，依佛教传统见解，色与心，也就是物质与精神，是可以互为因缘的。但是法相宗不同意这种说法。他们否认因果关系的真实存在，重要目的之一，就是否认色蕴即物质现象也是产生事物的原因。《成唯识论》卷三道：“或遮余部执色心等互为因缘”。窥基解释说：萨婆多等以善色望四蕴为因，四望色蕴亦得为因，此即不然。唯引自果，因果随顺功能同，故名为因缘。若增上缘等义则可尔，如何色等与心为因！不相随顺，功能异故。在法相宗这里，物质世界，即色蕴，是个完全被动的角色。只有心识，或者说是种子，才是产生一切、包括产生物质世界的根源。而“色等法不得为种子”（《成唯识论述记》卷三）。此外，第七末那识也不得为种子：第七识不名种子，果不显现故。（《成唯识论述记》卷三）第七识的作用，是转换。第八阿赖耶识通过它产生前六识及其他，前六识产生的种子也通过它储存于第八识中。这样，种子转变的过程，不仅是阿赖耶识转变为客观的物质世界、人身，而且也是阿赖耶识转变为人的各种意识、思维活动，即变现为其他诸识的过程。而其他诸识，也会产生种子，供阿赖耶识含藏。这解决的不仅是识与法的关系，也是识与识的关系。在这识与识的关系中，最重要的是种子的转换，是有漏种子向无漏种子的转换，因为在法相宗看来，只有把有漏种子转变成无漏种子，才有可能成就佛道。而有漏种子转变成无漏种子的机制，是通过熏习。种子本是一种比喻，被用来作比喻的谷种、麦种等，被称为外种，而识中的种子，称为内种。内种要生长或增殖，必须通过熏习：内种必由熏习生长，亲能生果，是因缘性。（《成唯识论》卷三）据窥基解释说，因为“内种是因缘”，即产生诸法之因，所以必须通过熏习才能生果。至于外种，就不一定了：“外种不定，内则定熏”（《成唯识论述记》卷三）。外种的熏习，也必须由内种为因缘：“必以内种为彼因缘，是共相种所生果故”（《成唯识论》卷三）。这就是说，外种的生长，也必须以内种为因，也就是以识为因。这充分体现了法相宗的万法唯识思想。所谓熏习，就是使种子生长：所熏、能熏各具四义，令种生长故名熏习。（《成唯识论》卷三）能熏、所熏，不过都是识的作用，是识在互相熏习。
二者的关系，遵守着法相宗的因果原则，即随生随灭，俱生俱灭：如是能熏与所熏识，俱生俱灭，熏习义成。（《成唯识论》卷三）熏习的重要作用，就是能把有漏种子转变为无漏种子，或者说，无漏种子，也可以由熏习产生：无漏种生，亦由熏习。（《成唯识论》卷二）由熏习产生的种子，和本有种子一样，都储存在阿赖耶识中，作为此后产生诸法、诸识的种子。人之初生，就不断从外界接受刺激，积累着自己的认识成果。这些认识成果积累起来，又成为以后认识的依据和出发点。法相宗的种子熏习说，是用一种扭曲的方式再现了人类认识的这一过程。人们如何熏习识中的种子，就会产生什么样的后果。比如，“遍计所执”的熏习。据《成唯识论》卷三道：“诸种子者，谓诸相名分别习气”。窥基解释道：即是一切有漏善等诸法种子。……彼言遍计所执自性妄执习气有何所以者，此有二说：护法等说，……因执心所执为所遍计熏成于种，此种名妄执习气即见相分而熏种生。遍计所执自性是法相宗所说的“三性”之一。其他二性是依他起性和圆成实性。由玄奘编译的《成唯识论》开首即说：“稽首唯识性，满分清净者……”窥基注道：言唯识性，略有二种：一者虚妄，即遍计所执；二者真实，即圆成实。于前唯识性所遣清净，于后唯识性所证清净。又有二种：一者世俗即依他起，二者胜义即圆成实；于前所断清净，于后所得清净。所谓遍计所执，说的是正常人的认识。遍是普遍，计是比较、盘算。经过普遍地比较、盘算、思量，产生了分别，认为世界万物都是实有的。这在法相宗看来，乃是一种虚妄的分别，是一种执著。第二是依他起性，就是认识到诸法都是依赖于（依）某些因缘（他）而产生的（起），因而虚幻不实。不过，在法相宗看来，这还不是最高的认识。最高的认识是圆成实，即圆满地成就事物的实相。即在认识到依他起的基础上，彻底地抛弃遍计所执，去掉一切虚妄分别，获得最正确的认识。这种最正确的认识，也是诸法实有的本性。圆成实性，唯是实有，不依他缘，而施设故。（《成唯识论》卷八）当然，对于法相宗来说，它没有认识和被认识的分别。我们这样说，也不过是一种方便罢了。而所谓圆成实性，也就是真如，是诸法实相。和其他佛教宗派一样，法相宗也提倡各种修行。他们有所谓“十胜行”说，即十种达到涅槃寂静的途径。这十胜行是：施（有三种，谓财施、无畏施、法施）、戒、忍、精进、静虑、般若、方便善巧、愿、力、智等。这十胜行又可分为两种，即福与智：所修胜行，其相云何？略有二种：谓福及智。诸胜行中，慧为性者，皆名为智；余名为福。（《成唯识论》卷九）法相宗不否认修福的作用，但他们显然更加倾向于修智。因而，达到圆成实性，无疑是将有漏种子熏成无漏、达到涅槃寂静的最佳方式。和当时其他佛教宗派不同，法相宗不认为人人都可以成佛。他们有所谓“五种性说”，即人的本性共有五种。前三种都可以以不同的方式，成就不同的道果。
第四种能否成就道果，在未知领域。而第五种，则被认为是根本不可能成就道果的。也就是说，既不能成佛，也不能成为阿罗汉。自南北朝后期开始，一阐提人也能成佛已经成为中国佛教的主流认识，法相宗这样说，难以受到中国佛教界的普遍欢迎。他们兴盛几十年后就趋于衰落，这样的成佛主张也当是原因之一。3法相宗与因明学因明学是古印度的一种推理、论证方法，或者说是一种逻辑学。它和所谓工巧明（工艺技术、天文历法等）、医方明（医学，包括禁咒）、声明（语言文字学）、内明（教义）等构成印度的五大知识系统，佛教也主张自己的僧侣应该懂得这五种知识。而因明一学，在佛教中，得到了长足的发展。中国各佛教宗派中，法相宗对于因明特别重视，并且对因明的发展作出了重要贡献。窥基论述因明的来源和意义时说：因明论者，源唯佛说。文广义散，备在众经。求因明者，为破邪论，安立正道。（《因明入正理论疏》卷一）说因明是“源于佛说”，不过是僧人僧语，他人自可不必当真。但说僧人从事因明是为了破邪立正，却真实而准确地道出了佛教与因明的关系。破邪立正的一次重大实践，就是在印度戒日王于曲女城设立的一切人均可参加的无遮大会上，玄奘曾立一“唯识比量”，即为“一切唯识”作论证而立的一个论式（比量），该论式道：宗：真故极成色，不离于眼识。因：自许初三摄，眼所不摄故。喻：犹如眼识。戒日王设这个大会的目的，是“命五印度能言之士，对众显之，使邪从正，舍小就大”。参加者有“沙门、婆罗门、一切异道”数万人，其中“能论义者数千人，各擅雄辩咸称克敌”。但玄奘的论式发出以后，“竟十八日无敢问者”，于是会众大声欢呼：“佛法重兴”（道宣《玄奘传》）。这次大会复兴了佛法，也为玄奘赢得了崇高的荣誉，因明学也为佛教发挥了立正破邪的作用。初期的因明论式有五项，称“五分作法”或“五支式”。
公元五至六世纪，印度高僧陈那将五支式改了“三支式”，是因明发展史上的划时代贡献。玄奘的“唯识比量”，就是新因明的三支式。把因明的三支式和古希腊的三段论式相比较，则宗大体上相当于结论，因大体上相当于小前提，喻分喻体和喻依，而喻体大体上相当于大前提，至于喻依，即喻体的依靠，或者说是喻体成立的前提，则是三段论式所没有的。从这里，体现出因明学独具的特点。而它之所以多出一个喻依，就是它认为，要使喻体即大前提成立，必须作出论证。有的学者认为，喻依和喻体的关系，大体相当于从特殊到一般的归纳过程。在这里，即使主张一切唯识的法相宗，也不得不向世俗的认识求助了。任何一种逻辑，其成立的条件都必须有不能自相矛盾一条，因明学也不例外，它称自相矛盾为“自语相违”。如《因明入正理论》举“我母是石女”为例，认为这就是一个自语相违的宗。窥基解释道：宗之所依，谓法、有法，有法是体，法是其义。义依彼体，不相乖角，可相顺立。今言我母，明知有子；复言石女，明委无儿。
