此真道在迩而求诸远者也。父兮生我，母兮鞠我，孝惟爱我亲已矣。“惟辟作福，惟辟作威。”忠惟敬吾君已矣。“爱亲仁也，敬长义也。”天性所自现也，岂索之悠远哉？今玛窦独尊天主为世人大父，宇宙公君，必朝夕慕恋之，钦崇之，是以亲为小而不足爱也，以君为私而不足敬也。率天下而为不忠不孝者，必此之言夫。（《西学辩》二，《破邪集》卷五，第3页）
这里指出了两个问题，一个是，尊崇天主为大父，将它置于最高的位置，必消弭对君亲的爱敬，这与中国人的伦理生活的最高原则三纲是矛盾的。另一个是，儒家性善论的爱亲敬长、能近取譬是最切近的修养功夫。而基督教所说的敬大父所敬的对象是无形无象、渺茫难寻的。这一修养路径与儒家不离日用常行而成就理想人格是完全背离的。
与此相关的是“仁”与“爱”的对象和形式问题。传教士以仁为诸德之首，但仁的首要内容是爱天主，为天主；爱他人是因为他人是上帝之所爱。利玛窦说：
夫仁之说可约而以二言穷之，曰：爱天主，为天主，无以尚。而为天主者爱人如己也。行斯二者，百行全备矣。然二亦一而已，笃爱一人则并爱其所爱者矣。（《天主实义》下卷，《利玛窦中文著译集》第79页）
在利玛窦这里，爱是人的本能，人必有爱。但人之爱多为爱财爱色爱爵爱禄爱功名。应该移爱此之心爱天主。而爱天主亦不过爱世人而已。不爱人就是不爱天主。所以，仁是在爱天主的前提下爱一切人。而中士则认为，爱只爱善人，恶人则不爱。五伦中之人（如君臣父子夫妇朋友等）虽可恶而爱之，犹无大损，而爱一般人之恶者，则为大错。利玛窦则认为，爱是无条件无目的的，爱之可贵就在于爱本身是一种美德，而非被爱者对我有用。中士所谓只爱善人，五伦中人虽恶犹爱，这仍是有蓬心（蔽塞、局限之心）的表现。
中士这里的诘责只是出于世俗的看法，其实在正统的儒家学说中，天地万物一体之爱是仁的基本内涵。理学的主流观念是，心中本有之仁理发为爱，由爱己亲之心推之爱一切人，乃至天地万物。在爱中自然有差等，这种差等来自心中本有的道德情感，丝毫不能矫饰。基督教的仁是一种博爱，这种爱的根据来自爱上帝，因为上帝平等地爱一切人，所以博爱是没有差等的。
与此相关的是关于杀牲的辩论。中士认为，戒杀生近于仁，而天主教以仁慈为宗，又不戒杀生，这是矛盾的。利玛窦的答复是，天主生天地万物，是为人用的，如生日月星辰是为了照物给人看，生五色五音五味是为了满足人的感官欲求，生药材是为了疗治人的疾病。所以，正确的态度是利用万物而感天主之恩。人不取用万物是辜负天主的好意。中士的诘难是，天主生物非皆有益于人，如毒虫猛兽之类，即于人为害。利玛窦对此答辩道，天主生物以为人用，所以宰杀牲畜、摧残草木皆完成上帝助人的本愿，恰是全天之仁。天主生伤害人身体的毒虫猛兽是警醒人畏天主之意。况且，被天生之物所伤者皆是“犯命者”，其被伤可使人戒惧，求助于天主。利玛窦更有一种理论：禁杀牲反有害于牲。因为禽兽为人所用，所以人饲养之，繁殖之，则禽兽多。反之则禽兽将灭绝。“朝捐不急之官，家黜无能之仆”，何况禽兽？所以爱之反所以害之，杀之反所以生之，所以禁杀牲有损于畜牧之道。
佛教学者对戒杀生有一些辩护，这些辩护多从各自的宗教立场出发。居士虞淳熙的说法有一些哲学意味。他认为，如果容许杀生合理这一思想流行，将导致弱肉强食，而这与天主仁慈公正的性质是不相容的：
若曰天生肉食海物以养人，将曰天生人以养毒虫猛兽乎？彼非人不饱，犹人非物不饱也。又将曰天生弱之肉，以恣强之食，而使相吞噬乎？纵强暴而欺怯弱，天主之心，应不如是也。（《天主实义杀生辩》，《破邪集》卷五，第13页）
关于杀生辩论涉及生命伦理学，本应是一个饶有兴趣的问题，但辩论的双方都从各自的宗教立场出发，问题被限制在非常狭小的范围。此外，双方都未对杀牲作出明确的定义，所以争论是在混乱不清的问题领域中进行的，因而少有富于启发的结论。但可以说，今日关于野生动物保护的一些问题在传教士与中国士人关于杀生的辩论中已涉及了。他们的一些说法，或可对今日我们思考这些问题有少许助益。
3.生死生死是人的大事，宗教的产生很大程度是出于人安顿生死的需要。传教士向中国人宣讲的教义中，也涉及生死问题。梁漱溟曾将中国、西方、印度人的生活态度做了对比，提出著名的三路向说：中国人注重现世，西方人注重未来，印度人注重过去。但传教士的教义却对现世持悲观态度：
呜呼！子以是为平世乎？误矣！智者以为今时之灾比尧时之灾愈洪也。群世人盲瞽，不之能视焉，则其残不亦深乎！古之所谓不祥从外而来，人犹易见而速防。其所伤不逾财货，或伤肤皮。今之祸自内突发，哲者觉之而难避也，况于恒（常）人。故其害莫甚焉。（《天主实义》下卷，《利玛窦中文著译集》第92页）
他们认为，现世人之苦，在于迷恋世俗的欲望，“满世皆欺诈诳诞，而无复真心”。世人如舟船溺于大海间，人皆各急己难，不肯相顾。断板碎蓬，随其所遇，紧抓不舍，哀哀待救。利玛窦甚至虚构一国之风俗：“凡有产子者，亲友共至其门哭而吊之，为其人之生于劳苦世也。凡有丧者，至其门作乐贺之，为其人之去劳苦世也。则又以生为凶，以死为吉焉。”他对他所处的世界的评价是：“现世者非人世也，禽兽之本处所也。”（以上见《天主实义》上卷
，《利玛窦中文著译集》第25页）人生在世，不过暂时寄居在这个世界上，不寻到安宁的住所不停。所以人的室家不在今世，而在后世；不在人间，而在天上。
利玛窦作出这样一个判断的目的是要人弃现世而向后世，弃罪苦而觅天堂。这样，天主拯救人类的作用就是必需的，天堂地狱、灵魂不灭诸说也是必需的。在《天主实义》开篇，与利玛窦对谈的中国人首先要利玛窦回答的，就是关于死的问题：
世之人，路有所至而止。所以缮其路，非为其路，乃为其路所至而止也。吾所修己之道，将奚所至欤？本世所及，虽以略明，死后之事，未知何如。闻先生周流天下，传授天主经旨，迪人为善，愿领大教。（《天主实义》上卷，《利玛窦中文著译集》第8页）
这里中国人是把天主教看成首先是为解决生死大事而创设的。在谈到传教士何以不娶时，利玛窦曾经直率地表达了他对死亡的看法：
吾今世奉事上帝，而望万世以后，犹悠久常奉事之，何患无后乎？吾死而神明全在，当益鲜润。所遗虚躯壳，子葬之亦腐，朋友葬之亦腐，则何择乎？（《天主实义》下卷，《利玛窦中文著译集》第92页）
这一看法的核心是，人死后灵魂不灭，肉体朽腐，灵魂是高贵的，肉体是灵魂所寄居的躯壳。对于奉事上帝的人来说，灵魂转移至另一肉体，将以更纯洁、更活泼的形式出现。在利玛窦的札记中，凡是写到传教士死的地方，他总是把他们描述得从容而安详，好像真要到他们久已向往的另一个地方去。
中士对于生死的看法则与此大异。以儒家为主干的中国传统思想以“未知生，焉知死”，尽人事而听天命为主流。虽在下层民众中佛道关于生死的思想浸润极为深广，但在士大夫中，儒家以上看法仍是居支配地位的力量。与利玛窦对谈的中士就不同意利玛窦“不以眼前今日之事为急”的立场，他们以考虑死后之事为迂。利玛窦则认为，虑死后之事非迂，因为人生无常，“死后之事或即诘朝之事”。中国人之婚娶、得子孙的目的是为了有人为死者治丧守丧祭祀，这都是为了死后着想。人死后仍留者二，一为精神，二为躯壳。精神不朽，躯壳速腐。人生世间，如俳优做戏，所演的角色皆虚幻不真。人的真实生命在后世。他说：
吾曹在于兹世，虽百岁之久，较之后世万祀之无穷，乌足以当冬之一日乎？所得财物，借贷为用，非我为之真主。何徒以增而悦、以减而愁？不论君子小人，咸赤身空出，赤身空返。临终而去，虽遗金千笈，积在库内，不带一毫，何必以是为留意哉！今世伪事已终，即后世之真情起矣，而后乃各取其所宜之贵贱也。（《天主实义》下卷，《利玛窦中文著译集》第64页）
利玛窦的这一说法，认为人是“赤条条来去无牵挂的”，所用财富是“生不带来，死不带去”的，应当破除对生死、财富的迷恋，这一点与佛教对人生的看法一致。利玛窦对现实人生的轻贱以灵魂不灭、后世无穷为根据。这一点也与佛教对生死的看法一致。
但利玛窦的以上看法却受到教会中人的批评。与利玛窦同时的耶稣会士中有人指责利玛窦的《天主实义》宣讲的内容过于世俗化，其中没有讲到三位一体，耶稣受难替世人赎罪等教义。的确，利玛窦的宣讲注意适应本土需要，对过于信仰化的东西略去不讲，比起某些传教士的同类著作，如庞迪我的《天主实义续篇》，孟儒望的《天学略义》等，其中“启示真理”的分量要小得多。而且利玛窦一开始与中士对谈就要求：“今子欲闻天主教原，则吾直陈此理以对，但仗理剖析，或有异论，当悉折辩，勿以诞我。”（《天主实义》上卷，《利玛窦中文著译集》第9页）强调双方的辩论应以理性和逻辑为根据。但对中国这样有着强烈的无神论倾向和对超越的东西特别是像基督教的天主这样的看不见的神物完全没有兴趣、没有传统的国度来说，利玛窦的宣讲仍然充满了启示的内容，他的折辩表面上的胜利很大程度上得益于传教士所受的逻辑学、修辞学的训练，但口头上的胜利留给人的是似是而非的感觉。
利玛窦的晚年著作《畸人十篇》对生死问题更加重视，比如，他对人为什么要常常念及死亡做了解释：
余问于徐太史（徐光启）曰：中国士庶皆忌死候，则谈而讳嫌之，何意？答曰：罔己也，昧己也，智者独否焉。子之邦何如？余曰：夫死候也，诸严之至严者。生之末画，人之终界，自可畏矣。但鄙邑之志于学者，恒惧死至吾所，吾不设备，故常思念其候，常讲习讨论之，先其未至，豫为处置，迨至而安受之矣。（《畸人十篇》，《利玛窦中文著译集》第449页）
这里透露的中国人对死亡的态度很有普遍性。确实，中国人对于死亡问题较少讨论，他们一般认为，讨论死亡问题只会害自己，因为它妨害人对于现世的追求。讨论死亡的问题只会使自己迷惑，因为死亡问题是纠缠不清的。明智的人认为死只是生的终结。生之以礼，死之以礼，仅此而已。孔子的遗训是“未知生，焉知死”。让人们只注重现世，不要考虑死的问题。宋明理学多讲“知吾所以生，即知吾所以死”、“存吾顺事，殁吾宁也”，以相当达观的态度对待死亡。当然中国人也谈到死亡，但他们认为，谈论死亡只是为了增加对生的意义的理解。
在一般中国人看来，天主教对死亡的态度是不可思议的：人生有许大事在，为什么要耿耿于死亡。讨论死亡，为死的到来做好准备，这是不必要的。即使标榜“生死事大”的佛教，也不至如此热衷于对死亡的系念。佛教的轮回转世，是由人生前所做善恶之业决定转生何处，不必惧怕死亡来临时没有准备。曾子之临终易箦，是为了保持生时守礼的完整性，也非对死亡的准备。庄子的“生为附赘悬疣，死为破溃决痈”，是对生死皆不介怀。而对生死不介怀正是为了使生命更为超脱，不因系念死而妨碍生的欢愉。只有像基督教这样把来生看得重于今生的人才会时时准备面对死神。
利玛窦的《畸人十篇》中就说到人经常系念死亡会得到的“五大益处”：其一，“敛心检身，而脱身后大凶也”，即为摆脱死后下地狱而在生时检束身心，不至陷于罪恶。其二，“以治淫欲之害德行也”，即为避免后世的灾殃而不做种种淫秽之行以伤德。其三，“以轻财货功名富贵”，即念死时一切财货功名等皆不能带入来世而打消种种贪欲。其四，“以攻伐我倨傲心也”，念死时种种骄人之物如美德聪明权势等一时皆空从而消弭倨傲之心。
其五，“以不妄畏而安受死也”（《利玛窦中文著译集》第455~460页），念生死乃天主之命故不畏死。说到底，这五者仍然是为生者着想，死是生的一面镜子，照出生者的种种污缺，系念死是为了使生更加完美，更加纯洁。这里宗教的语言中包含的仍是世俗的内容。
对天主教的批评多来自佛教信徒，这是利玛窦为首的耶稣会士所采取的“补儒却佛”策略招致的直接后果。他们的批评，多据人们熟知的儒家学说。如居士黄贞对天主教的生死观曾有激烈的批评：
自十六字传心以来，中国之儒门无异学，惟有仁义而已。故生死皆不失其正。妖夷不知真体所在，心唯天主是逐，不嫌尽此生而媚之，则生也为抱妄想，是虚生；志唯天堂是惑，不难舍生而求之，则死也为抱妄想，死是虚死。生死皆欲也。……如是则可以见圣人生未尝生也，死未尝死也，所谓生死不相干也，所谓齐生死也、超生死也，所谓毋意必固我者也，圣贤生之受用诚乐哉。如是则与狡夷之所谓灵魂者生时如拘缧绁中，既死则如出暗狱，教人苦生乐死也，毫不相干矣。（《尊儒亟镜》，《破邪集》卷三，第15~16页）
这里仍是儒家的以理欲分是非邪正的旧套：天主教生死皆欲，儒家则“惟有仁义，生死皆不失其正”。天主教教人苦生乐死，儒家则以“尊德性”为务，以生时的精神享受为乐趣，超出生死之想。居士许大受对儒家生死观的概括更为直接：
吾儒手眼，只使人体认目前，绝不许人想前想后。所以，前世后世总不拈起，以绝人徼福免祸之私萌，而多精伦物。若精研儒理，自信得及，不言佛道亦可也。（《圣朝佐辟》，《破邪集》卷四，第8页）
这里佛教信徒用以反对天主教的，仍是儒家生死观特别是经过宋明理学陶熔、强化和规范了的儒家生死观。站在佛教立场批评天主教生死观的学者是想借儒家思想的权威反击天主教，以破坏利玛窦“补儒却佛”的联合阵线。
这里要注意的是，中国人当时面对的仅是传教士们宣讲的基督教的伦理观。基督教虽然是当时西方占统治力量的思想，但世俗的伦理观念要求冲破基督教的束缚的呼声日益高涨，特别是经过文艺复兴、宗教改革的洗礼后，人文主义思潮已经撕裂了基督教伦理观念的漫漫天幕，透出一片光亮。因此，中国人与传教士的辩论很大程度上是旧有宗教和世俗的辩论，这种不对等性减弱了辩论的实际意义和学术价值。天主教护教学者和佛教信徒的辩论更是在极为有限的范围内进行，因而总的说影响不大。更具实质的中西文化的撞击要在19世纪后半期西学东渐的汹涌浪潮及其引发的辩论中才能够看到。
四科学与思维方法
