门人问曰：“先生奚学？”曰：“吾学以尽性至命为宗，以存神过化为功。性也者，神也。神不可以意念滞，故常化。程伯子所谓‘明觉自然’，言存神也；所谓‘有为应迹’，言过化也。今之语尽性者失之，则意念累之也。”曰：“请下之。”曰：“以仁为宗，以觉为功，以万物各得其所为量，以通昼夜忘物我为验，以无声无臭为至。”曰：“请复下之。”曰：“以一体为宗，以独知为体，以戒惧不昧为功，以恭忠敬为日履，以无欲达于灵明为至。”（《胡子衡齐·续问》）
他的功夫的最高宗旨为尽性至命，但这是一个理学家共同的修养归趣，胡直的特点在于他把这一宗旨具体为存神过化。他明确说“神即性”，意为，性透显到心的层面时，它的作用和表现是非常神妙的，它随物俯仰，表现出基准的稳定性和境遇的圆通性的统一，存神即心无私欲的干扰，保持性的这种性质时时彰显，时时流行。过化就是使被它主宰、受它支配的具体意念行为，皆为其所化。这种化是自自然然、原原本本的。存神为本体，过化为功用，存神不间断而又无形迹可寻。如不能达到这个境界而求其次，则以求仁为宗旨，以仁时时体验于心中为功夫。所达到的目的，为万物各得其所，即“鸢飞鱼跃”、“活泼泼地”、充满生气和秩序的境界。这种境界的直接结果就是有了物我一体的体验，而又不露痕迹，非强探力索而自然着到。如果这种境界达不到而求其次，便是以万物一体为宗旨，以慎独为功，以孔子“居处恭，执事敬，与人忠”为日常践履，以无欲而心地明彻为最佳感受。
这三种功夫境界有高下，次第有先后。存神过化重在形上形下贯通，本体功夫贯通，性命与身心贯通。求仁重在体认先天，慎独重在后天日常践履。每个立志修习性命之学的人，都应择其性之所长，力之所近，以实有诸己为最终目标。
胡直这套功夫论，以上下与天地同流的境界为归趣，以识仁体仁为宗旨，表现出贯境界功夫为一的特点，具有以学润身、以德化气、以境界带动功夫的倾向。这一点与他的老师罗洪先盛年宗旨主静归寂有很大的不同，但与罗洪先“晚年彻悟于仁体”相近。可以这样说，江右王门从总体上说，偏重于功夫，但其中王时槐、胡直的功夫论有以形上觉解为主、以觉解化形质的特点。这一点在王时槐尤为突出。胡直虽也有此趋向，但形上思辨之广大高明尚逊于王时槐。
二物不外乎心，察之外无物
虽然在物的最终构成上，胡直承认气为万物的本原，承认“二五之气，成质为形”。但他认为，具体的物象，却不是二五之气直接呈现给人的，而是人心的结撰。他说：
天者，吾心为之高而覆也；地者，吾心为之厚而载也；日月，吾心为之明而照也；星辰，吾心为之列而灿也。雨露者吾心之润，雷风者吾心之薄，四时者吾心之行，鬼神者吾心之幽者也。江河山岳、鸟兽草木之流峙繁植也，火炎水润、木文石脉，畴非吾心也；蝼蚁虎狼、鸿雁鸠，畴非吾心也；一身而异窍，百物而殊用，畴非吾心也。是故皎日者，所以造天地万物者也；吾心者，所以造日月与天地万物者也。其惟察乎！匪是，则亦黝墨荒忽，而日月天地万物熄矣。日月天地万物熄，又恶睹夫所谓理哉？予故曰：察之外无理也。（《理问》下，《胡子衡齐》卷一）
这一段话，集中说明了他的“心造天地万物”的观点。承认万物本原为二气五行，又认为万物为心造，则这种“造”必是认识论上的。在胡直看来，高覆、厚载、明照、列灿等属性皆是人将自己的认识赋予天地日月星辰的结果。事物本身是不是本然地具有这些性质，是人的认识能力无法达到的。人心对事物的认识和反应，他称之为察。察就是人心对万物的整理作用，就是人将自己的认识成果赋予物的过程。离开了察，剩下的是“黝墨荒忽”，即绝对的无差别的漆黑一团。满眼灿然的天地万物，都是人的认识活动呈现给人的物象。所以，天地间万物，“其惟察乎！”“察之外无物”。
胡直这个思想，是从认识角度讲心生起万物。这一点，与陆九渊的弟子杨简、与佛教唯识宗，有直接的思想渊源，而与王阳明思想有所背离。
杨简是陆九渊的著名弟子，他把陆九渊的“吾心即是宇宙”往更加主观化的方向发展了。杨简认为，世界本体是混沌，无差别，无分际，通为一体，他自述这种对世界本体的神秘观想说：
先大夫尝有训曰：“时复反观。”某方反观，忽觉空洞无内外、无际畔，三才万物、万化万事、幽明有无，通为一体，略无缝罅。（《慈湖遗书续》卷一）
这种通为一体的状态和胡直所谓“黝墨荒忽”一致，都是指人未赋予事物以形象之前的混沌、漆黑一团的状态。世界的本体如此，而进入人的表象的鸟飞兽走山峙川流的万象都各有状貌，各按其本性的必然性运动不息。在杨简看来，事物的状貌是人的认识赋予的，这种认识即“反观”。人所能把握的，是经过人的反观整理使万物有了状貌之后的形象。所以杨简以为，人心是万物相貌的赋予者，从这个意义上说，宇宙万象是人心所造，宇宙是“己”的创造物。“易”作为宇宙大化流行，是人心的创造。他说：
易者，己也，非有他也。以易为书，不以易为己，不可也。以易为天地之变化，不以易为己之变化，不可也。天地，我之天地；变化，我之变化，非他物也。……清明者，吾之清明；博厚者，吾之博厚，而人不自知也。人不自知，而相与指名曰彼天也，彼地也，如不自知其为我之手足，而曰彼手也，彼足也。……夫所以为我者，毋曰血气形貌而已也。吾性澄然清明而为物，吾性洞然无际而非量。天者，吾性中之象；地者，吾性中之形。故曰：“在天成象，在地成形”，皆我之所为也。（《己易》，《慈湖遗书》卷七，第1~2页）
在杨简这里，宇宙本体是“混融无内外，贯通无异殊的”。但现实的万物，其状貌却千差万别，“我”的认识作用，造成了天地万物的形象。这与胡直的“天地者，吾心为之高厚覆载”是同一思想方式，两者有很大的相似之处。
胡直和杨简都从认识的角度揭示了心学的一个方面：人的认识活动是人所认识到的东西的创造者。人的认识活动，不是照镜子式的直观，而是在其中渗透了人对所要认识的对象的主观意向。认识不是简单的感觉活动，感觉也不简单地直接给予我们外界实在。未经过认识活动陶熔的，是无差别的混沌。中国古代哲学中，专门论述认识活动及其具体机制和过程的著作极少，但无疑地杨简和胡直的著作中关于心造天地万物的论证都是从认识方面着眼的，这在素朴认识论占绝对统治地位的中国古代哲学中是别具一格的。
胡直和杨简着重从认识方面论证心造天地万物，是对于师旨的背离。陆九渊主心即理，他强调的是，宇宙万物之理和人心中的理从伦理角度说是同一的，不必心外寻理，发明本心即是。他说的“至当归一，精义无二，此心此理实不容有二”、“满心而发，充塞宇宙，无非此理”、“宇宙便是吾心，吾心即是宇宙”都是这个意思。而杨简则由伦理意义扩大到认识领域，将陆九渊的“心即理”扩展为“天地，我之天地；变化，我之变化”。这是论证角度上的根本转向，也是中国古代哲学中为数不多的从伦理框架中逸出的例证。虽然杨简的这一转向被现代某些学术观点斥为“赤裸裸的唯我论”，但这种转向和逸出是有意义的。它使中国传统的天人合一、内外合一增加了新的解释维度。
胡直对于王阳明也有这样的转向。王阳明把陆九渊的“心即理”充扩为“心外无理，心外无物”。心外无理是说，离开了人的善良意志，就没有真正意义上的道德行为；离开了善良意志的所谓道德事项只是“装缀”、“扮戏子”。事父之孝，事君之忠，必是“以纯乎天理之心”发为忠君孝父的具体行为。而纯乎天理之心，不过是对天赋良知的扩充，所以“心外无理”。王阳明的“心外无物”是说，人应该在道德意志参与其中的事上用功，所谓“物”即“意之所在”，“意之涉着处”，物是意志的指向，不是纯然与人无干涉的“客观实在”。王阳明的这些著名命题着眼点皆在伦理上。
胡直并非不注意心学的伦理方面，他的心性学说已说明了这一点。但胡直对于心造天地万物的论证，还从认识方面着眼。这对于王阳明专就伦理方面着眼，同样是一种转折。这种转折在胡直思想中是合乎逻辑的，这不仅因为他“直将此学尽头究竟，不敢为先儒顾惜门面”的理论勇气使他不放过新的领域的探索，更重要的是，胡直与杨简有着同样的学禅经历，有着同样的“天地万物皆吾心造”的神秘体验。这种体验可以发展到对于认识活动本身的究问，而究问的结果是推出“天地万物畴非吾心”的结论。
胡直的“心造天地万物”、“天地间万物，其惟察乎”的思想，与禅宗有明显的渊源关系。如前所述，胡直在韶州时，曾随邓钝锋习禅：“每日见予与诸生讲习毕，则要共坐。或踞床，或席地，常坐夜分，少就寝，鸡鸣复坐。其功以休心无杂念为主，其究在见性。……一日，心思忽开悟，自无杂念，洞见天地万物皆吾心体，喟然叹曰：‘予乃知天地万物非外也。’”（《困学记》，《明儒学案》第521页）韶州习禅在胡直三十二岁时，此后，禅学作为一种学养就成了胡直思想的有机组成部分。因有这种禅悟的体验，胡直并不像大多数理学家那样，对禅抱一种深拒固闭的态度，而是认为禅学与儒家心性之学有许多相同之处，他尝说：
某则以为老佛之言或类吾儒，而吾儒之言亦有类老佛者。此则譬之食稻衣锦，虽庄、皆然。（《答唐明府书》，《衡庐精舍藏稿》卷二十）
若夫释所称三界唯心，山河大地为妙明心中物，其言虽少偏，而亦不至大谬。（《六锢》，《衡庐精舍藏稿》卷二十八）
胡直认为，释氏之少偏处，在于其出世路向，在于其弃绝伦理纲常。而在对天地万物的看法上，释氏不必与儒家不同。胡直的“察之外无理”就是佛家的“万法唯识”。他的“天者，吾心为之高而覆也；地者，吾心为之厚而载也”就是佛家的“山河大地为妙明心中物”。禅宗以心为万法的本体，以心为起灭天地的根据，思想路径是认识的而非伦理的，胡直在认识论上有取于佛教，而在伦理上则固守儒家原则。
胡直接受禅宗的另一个重要方面是他主张“觉即性”。他说：舍人心之觉则无性矣，又焉有理哉？故觉即性，非觉之外有性也。性即理，非性之外有理也。又乌有夫觉虚理实、心虚性实
之谓哉！……然则所觉者即能觉之为之也。（《六锢》，《衡庐精舍藏稿》卷二十八）
他的本意是要说，心与性、与情不可分，性情须借觉来表达。三者是同一的东西的不同方面，他反对将心性理三者截然割裂。程朱一派强调心性情三者的不同，胡直则强调三者的不相分离。所以他反对“觉虚理实”、“心虚性实”之类容易导致三者分离的见解，他主张无觉则无性，无觉则无理。胡直的特出之处在于他直接吸收禅宗的心性本觉说，以觉代心，将心性理的同一变为觉是性理的产生者和根据。他所说的性理，其内容仍是儒家的，但他突出了性理与觉的不可分离。这里仍是在突出心的觉知、权度在心性关系中的重要性，他说：
曰定理非觉，畴定之乎？至精之理非觉，畴精之乎？高下之准，轻重之权，非此觉为之天权天度天星天寸，其畴为之乎？近儒必欲外觉以求理，则亦所谓外火求明，外水求清，非特不可，亦必不能也。乃犹以觉理分心性，以心性分儒佛，吾恐心与性、儒与佛皆不得其服矣。（《申言》下，《衡庐精舍藏稿》卷三十）
就是说，心是性理产生的根据，也是性理落实于行为的承担者、操作者。一切皆心之觉的作用，故觉与性理是同一的，不可分割的。胡直一生，有极强的怀疑精神，对当时占学术界统治地位的朱熹、王阳明之学，他都提出怀疑，他自言：“反复而之，平心而求之，不致徇近儒，亦不参己见。”（《困学记》，《明儒学案》第523页）
他对先儒指出三点质疑，对同时代的儒者提出四点质疑。这些疑问集中到一点，就是反对在事事物物上求理而遗却己心。这是他的心学的必然结论。在这些疑问中表现出他尊崇自得、敢于向权威挑战的个性。
