3．思想指导理念比较：这一特定时期两岸相似点为佛教组织之宗旨模糊，纯为应付时局。圆瑛法师等1929年为中国佛教会拟定的宗旨是“联合全国佛教徒，实现大乘救世精神，宏宣佛教，利益群众”。这很能说明问题。从字面上看，各派似都可认同。其实际含义则为，首句是为对付以邰爽秋为代表的庙产兴学运动之所必需。后几句简直就是当时南京政府（负有管理宗教事务之职的）内政部长薛笃弼言论缩本。薛氏语：“吾国之信仰佛教者，上焉者独善其身，其中者不过藉寺庙为生活之资，下焉者甚且以庙宇为藏垢纳污之所；以较美行救世确有精神之宗教（指基督教），则更瞠乎其后矣。”他提出两点希望，其实也是要求：一、整顿佛教，改良佛教，“本归（原）有佛学之精神，察世界进化之潮流，努力改善，发扬光大，以挽中国民族，挽回中国国权，免除远东战祸，促进世界和平为己任。二、不应仅为消极之信仰，并应该进一步努力作积极之工作，即自动的按庙宇原有之房屋田产多寡，兴办各种学校，或平民图书馆，或平民医院，或平民工场等，既不悖我佛教救济众生诞生彼岸之旨，又可上益国计，下益民生，而亦可钳制讥讪僧侣为不劳而食之口。愚以为如是，而佛教始可昌明”。[22]的确，当时佛教组织在会章上也只有载明政府的基本要求，才能换取南京政府与国民党中央批准设立。但所谓“联合”一致，其实质也不过为了增加与政府讨价还价的筹码，以换取一点政府对庙产的保护。
台湾“中佛会”恢复后，其宗旨在白圣法师主持下在某种程度上延续了这一应付性。圆瑛法师1953年8月圆寂前，也谆谆叮嘱：“凡我佛子，宜以广泛促进社会道德为己任，力行十善，勤修六度，行菩萨道，报众生恩，各宗派应明确宣扬其教义，在家出家应和合无诤，互助团结。”这也可认为是其一贯思路的延伸，对中国佛协1953年会章规定的宗旨之一种解释，其核心在强调团结自保，在道德上不能贻人口实。纵然就主观意图而言，这在当时有其必要性。但以自保为宗旨，缺乏自主性的组织，客观上就只能被动地跟着形势走，而难以有效适应社会。尽管政府宗教政策意向也不乏积极因素，但如统得过死，佛教组织即使作为政府工具的职能也难以朝着有利于社会的方向发挥。而一味讲联合团结，也往往熏莸同器，一概捂着，而且执事僧做事多，难免招怨多。直至黄钟废弃，瓦釜雷鸣，僧尼或被批斗，长老执事挨斗也更厉害，或被迫还俗。而“原为寺院雇用的茶房、轿夫”等倒占据了庵、篷……虽然这仅为普陀山之一斑，也不妨借窥全豹。确实，佛教史上空前浩劫来自外力。如1966年“9月17日，定海部分学生‘红卫兵’到山和当地部分‘造反派’一起横扫‘四旧’，数日内，所有寺院庵篷中泥塑、木刻、玉雕佛象砸毁殆尽”。但内在恶因早就种下，“自1958年始，20余年中，全山在‘开山吃饭，靠沙用钱’思想鼓动下，毁林开荒，挖沙损景，紫竹林变成一片番薯地，望海亭当作养猪场，后岙沙被挖一空，飞沙岙被蚕食殆尽，许多名胜古迹被毁和废弃”。[23]这既说明了指导思想理念的重要，也说明了冰冻三尺，非一日之寒。同时期全国大多数地方都有类似现象，但佛教受损的程度有轻重之别。这进一步证明，“红卫兵”等外力作用固不假，但佛教界“自业”也不可忽视，特别是某些僧尼有意无意明里暗中混淆神佛，甚至装仙弄鬼，以此敛财。社会上视佛教为迷信由此而起，而极“左”思潮对正当宗教的压抑，更使人们难以分辨。可以说，红卫兵们的毁佛行为，虽主要受他人鼓动，但与青少年们对佛教即迷信的认知密不可分。在台湾僧尼中也有同样现象，1953年“中佛会”花莲支会“团体会员共十一个，内仅三分之一为纯佛教者，其他多有神佛混淆，或甚更重视仙鬼，而忽视佛陀者”[24]。
虽然两岸佛教组织宗旨模糊相似，但相对而言，台湾寺院具有独立的法人或准法人地位，“中央”组织的宗旨模糊反而有利作为团体会员的寺院自主发展。否则，如很明确的话，更便于以违反宗旨的名义干涉。这也是“中佛会”除了控制传戒外，对寺院内部事务较少干涉的原因之一。在大陆，中国佛协名义上虽为协调机关，但思想方面对各地寺院，特别是汉传佛教寺院可以起相当大的主导作用。各地寺院在50年代初，还与过去一样自行其是，但从另一方面看，又如虚云所说似一盘散沙。在一阵又一阵社会政治运动的冲击下，由于绝大多数农民出身的僧尼知识结构都与当时社会严重脱节，以致根本无法应对，只能眼巴巴地望着上面。如果中央级组织也缺乏有关佛教自身建设的思想指导，那就更使他们心中惶惶无主。由于大陆地域广阔，情况复杂，地方佛协如缺乏中央组织的思想上的明确指导，就更加只能随波逐流。加上生存资源逐步都被国家控制，本来法律地位不确定的大陆寺院也与全国各企事业、村社一样，逐渐成了基层行政或准行政单位。概言之，海峡两岸佛教组织宗旨模糊造成的后果殊异。
4．信仰取向比较：在这一特定时期，两岸佛教相似处为旨在厌世避世的传统念佛参禅仍为普遍现象。释永芸在《跨世纪的悲欣岁月：走过台湾佛教五十年写真》中如此描述：“早年台湾盛行净土法门，故念佛风气较盛。”[25]那时如白圣门下的天乙尼师也曾云：“女子尼姑，纵有天大本领，亦无法弘法于人群，只一句弥陀自修即足矣！何学为？”这与其后来简直判若两人。[26]在大陆，谈起佛教，无非是念佛老太修个死后。参禅也多为自了，老参说：“妄想由三门（眼、耳、口）入，当从三门修。”“眼闻释迦佛，耳见观世音，口进弥陀佛，三门常清净。”政治文化上的压抑更使这一趋向得以加强，连太虚门下一向坚持弘扬人生佛教的茗山法师也萌生了“关起房门一句阿弥陀佛，以了残生”的想法。[27]
然而压抑有轻重之别，因而在50年代，信仰取向相对保守，坚持与复兴中华佛教传统思潮的禅净台贤各宗及南山律、密法在两岸都得以维持，60—70年代在台湾还有所发展。在此不妨就各宗概况作简要对比：
台湾以原大岗山派为核心的寺院宗奉临济。1967年南部34个道场曾联名发起组建“临济宗大岗山大本山法脉组织联谊会”，订立章程，试图仿效日本寺院组织一体化的模式，但由于内部意见分歧未能成功。台北凌云寺也属弘扬临济宗的寺院，基隆月眉山灵泉寺则宗奉曹洞。上述寺院都受到了日本禅宗宗派模式的一定影响。此外，大陆来台僧人住持的寺院大都以承继禅宗为主。如白圣法师嗣临济宗风，住持台北十普寺。星云法师为临济宗第四十八代传人，所著《星云禅话》流通量大。虚云弟子灵源则创立了基隆大觉寺。在居士禅方面，南怀瑾（1918一）曾参禅四川成都袁焕仙门下，又在峨眉山大坪寺寺闭关阅藏参禅三年。1949年至台湾，任辅仁大学等高校教授，创办老古文化事业公司出版佛学图书，刊行《人文世界》、《知见》、《十方》等杂志。他虽广说三教，而其所重在佛学与禅宗。在大陆江浙禅宗重镇，扬州高曼寺来果禅师1950年移住上海崇德会，辟茅篷建净七道场，信众云集。其门下也多弘化一方，如释妙善住持普陀山法雨寺。他如镇江金山寺、常州天宁寺、宁波天童寺等著名大寺都维系了禅宗宗风。在华南，虚云禅师接续兼祧临济、曹洞、云门、法眼、沩仰禅门五宗，重光四大寺（云南鸡足山祝圣寺、福州鼓山涌泉寺，广东韶关南华寺、乳源云门大觉寺）之后，1952年开示苏沪杭，1953—1959年驻锡并恢复了江西云居山真如寺，提倡农禅并重，苦心育僧才，强调戒为根本，俨然禅门中流砥柱。
李炳南及其莲友创建了台湾第一个专修净土团体——台中佛教莲社。他是印光的在家弟子之一，于1949年2月赴台，并立即开始弘扬净土。在他的影响下，台中法华寺于1949年5月改为净土道场，并设图书组、放生组。释星云（1919—1986）也曾在台湾高雄、台东、台中多所寺院任住持、导师，主办或编辑多种佛刊，创办了净土道场与专宗学院。同时在大陆，印光道友妙真住持苏州灵岩山寺，他继承了印老遗风，不幸在“浩劫”中被迫害致死。[28]许多佛教居士林也以修净业为主。
谛闲、恢虚门下的慧峰于1948年赴台湾，他德才与弘法抱负兼备，历经颠沛流离，直至1952年才在台南觅得立足之地。1954年，他获台南著名企业家吴修齐之助，终于创立了湛山精舍，这是台宗在台湾的第一个道场，也使天台宗在台湾落地生根。在浙东天台祖庭，主要由静权（1881—1960）继承了谛闲衣钵。1950年，他往上海法藏寺讲经，并留任该寺主讲。1957年，被选为中国佛教协会副会长。晚年应国清寺僧众要求，回该寺息养。静权与印光一样，发愿不当住持。其佛学主张为教在天台，行归净土。著有《天台宗纲要》等。
智光（1887—1963）曾创办镇江焦山佛学院。1949年赴台湾，驻锡十普寺，讲《遗教三经》。1952年，其弟子南亭创立华严莲社，迎请智光。该社实为华严宗在台湾的主要道场。南亭（1900—1982）除随侍智光外，还曾亲近常惺、应慈，有华严专家之誉。曾任江苏泰县光孝寺住持及光孝佛学研究会会长。1949年赴台弘扬华严，曾在台北、台中讲经，时人尊为华严宗主。50年代两度出任台湾“中佛会”秘书长。1975年再建华严专宗学院，该院为台湾贤学研习弘扬中心。在大陆维系华严宗风的主要是应慈（1873—1965），别号华严座主，晚年居上海慈云寺，从事著述，并以该寺为弘扬华严的道场，开讲杜顺的《法界观门》。每年也有一段时间应邀前往各地弘扬华严，直至1957年在上海玉佛寺最后一次讲《华严经》。同年，他被推选为中国佛教协会副会长。应慈的华严思想见于其倡刻的华严经疏序跋以及《心经浅说》、《正法眼藏》等。其入室弟子有释真禅（前上海佛协会长）等。
50年代中，释白圣联络一批名僧在台湾借助“中国佛教会”的权威，在全岛推行宝华山传戒仪范（但戒期一般缩为14天）获成功。并对授戒作了以下改革：1．戒子头上烫的香疤由12个减为3个。2．禁止在传戒时无理打骂戒子。3．“寄戒”的方式改为钱照收，但传戒者须到缴费者家中去讲戒规，授戒牒。台湾原有的斋教因此而消亡或被正信佛教所同化。
同时期江苏句容宝华山隆昌寺住持分别为释融忍、戒署、大鼎等，宝华山传戒在1955年曾恢复，全国十三省市闻风而来的求戒者达289人，戒期为18天。1957年再次授戒规模更大，受戒四众达996人。[29]
日据时期，东密在台曾一度传播，华人信徒达千人。台湾光复，东密即迅速消退。直到1974年，有悟光法师从日本高野山学密得阿阁黎位归台，台湾才又有了东密。台湾的藏密同样先由大陆传人，如师事过九世班禅、诺那、贡噶等上师的屈映光（？—1972，法名法贤），1949年赴台后任国策顾问，在新店五峰山建“南方宝生佛剁”弘传藏密，由林祥煌、欧阳重光等承其事业。诺那弟子吴润江（1906—1979，法名莲花金刚藏）于1958年赴台湾传法，其弟子在台北、台中成立“诺那精舍”，编行《无尽灯》等杂志。又如贡噶老人（女，俗名申叔文）1960年在台南成立“贡噶精舍”传法，韩同于在苗栗、云林等地传法，受学者颇众。刘锐之于1953年在香港成立“金刚乘学会”，于1959年赴印度求法于宁玛派敦珠上师，后来又得甘珠尔瓦、大宝法王等上师灌顶，1975年成立金刚乘学会台北、台中、台南、高雄学会，创办《金刚乘》季刊，出版《金刚乘文库》。在大陆内地，持松1953年上海静安寺寺内设立真言宗坛场，作为复兴唐密的基地。能海（1886—1967）于1953年来到五台山，在碧山寺设佛学院，研究华严，弘传密法。根造（1922—1995）、密显原为普陀山青年僧人，于1948年经四川入西康学宁玛派法。1950年东归，1953年在上海成立宁玛派道场“常乐精舍”传法灌顶，编印《常乐文库》介绍宁玛教法。另有郭元兴（1920—1989）自学通藏文，曾随贡噶等学密，译出宁玛派中兴者隆钦饶绛巴的《实相宝藏论》，撰《大圆满》、《宁玛九乘次第》等。当然，藏传密法在青藏甘蒙地区也维持着主流地位。
从宗教社会学角度看，即使信仰取向比较保守，但在那个时代能坚持已很不容易了。但有相当一批僧尼、居士不但在文化压抑最严重的关头操守不改，“口念弥陀，心想弥陀，不管去哪，不管生死”，而且还坚信，如此“极不正常”状态不可能再延续多久，“我迟早一天最终还会上五台山”；[30]“三武一宗之厄，没能灭掉佛教，眼前的困难也是迟早会过去的。”[31]必须指出，这些坚定信念发自凭佛法智慧对社会的洞察。在大陆更有一批大德坚持佛法不离世间。如茗山法师这些年“生活虽艰苦，修持却精进。心得体会有三：①过去说有著有，说空著空，今乃知有空不二，空有一体；②禅宗讲明心见性，初不知心性为何物。今乃知有心可明，有性可见；③修持必须针对自己大病，痛下针砭”。并针对“自了”倾向指出，“都摄六根，不是闭目塞耳，要对境不迷，不起贪嗔”。[32]这就是烦恼化菩提。又如正果法师开示释根通说：“修行的结果就是要明心，明心就是要破我（法执）。修行如果离开了明心，磕破了头也成不了佛。”因此，他们不管被驱赶回家、留寺甚至入狱，有的辑编了《虚云和尚法汇续编》，并研读佛典、自学古汉语不懈；有的兢兢业业劳动之余，常常重温显密二宗经卷；有的自己身处逆境中，也不忘以佛法开导周围困顿的人“鼓起生活的勇气，想办法摆脱窘境，而且从经济上力所能及给予关照”[33]。他们的心行，为大陆佛教此后恢复发展植下了深厚根基。
总体上，这一时期如台湾社会学学者瞿海源所说，“党政力量以控制宗教为主要策略”[34]，但也并不是没有变化。
