虽然刘少奇在北戴河中央工作会议上作了自我批评，但在毛泽东看来，刘少奇主持一线工作，不完全是顶不住的问题，而是刘少奇对社会主义失去了信心，要走资本主义的道路。1965年8月11日，毛泽东在一次中央小范围会议上说：1962年刮歪风，在国际上、外交上主张“三和一少”，在国内主张“三自一包”，如果当时我们几个常委不顶住，不用好久，只要薰上半年，就会变颜色。许多事情都是这样，领导人一变，就都变了。
主张“三和一少”的是王稼祥，主张“三自一包”的是刘少奇。毛泽东认为这两个主张是使中国社会主义改变颜色的“歪风”，那就不是工作上的不同认识问题，而是思想路线上的问题了。
毛泽东非常担心“领导人变”，这个“领导人变”的“领导人”，指的应该就是刘少奇、王稼祥。王稼祥不过是中共中央对外联络部部长、中共中央委员，即使变，影响面也不会很大。刘少奇就不同了，国家主席、党的副主席，这样高的位置，负这样大的责任的人一变，整个中国就要变颜色了。
所以，从七千人大会及其之后主要是包产到户问题中毛刘分歧的种种现象来看，两个人的分歧，有一定程度的个人上的恩怨情结，主要的还是思想路线上的分歧。
六、“四清”运动，毛泽东刘少奇走向分裂
到1962年，在毛泽东看来，苏联已经变修，中国也出现了“黑暗风”、“单干风”、“翻案风”，面临变修的危险，而农村中小资产阶级思想泛滥，农民主张单干，都是修正主义的危险因素。所以，在1962年9月24日至27日召开的中共八届十中全会上，毛泽东在9月26日做的《关于阶级、形势和矛盾问题》讲话中，对社会主义时期阶级斗争的形势作了错误的理论概括，提出在整个社会主义阶段，始终存在着无产阶级和资产阶级的阶级斗争，存在着社会主义和资本主义两条道路的斗争。一些没有受到社会主义改造的人，一有机会，就企图离开社会主义，走资本主义道路。这种斗争，不可避免地要反映到党内来。在毛泽东的主持下，八届十中全会错误地批判了所谓的“黑暗风”、“单干风”和“翻案风”，把党内不同意见的分歧，看成是阶级斗争在党内的反映。其中“黑暗风”、“单干风”，矛头直指刘少奇、邓子恢、陈云、邓小平等主持一线工作的党内领导人。刘少奇在会上做了自我批评。同时，在毛泽东提议下，以“反修防修”为目的，全会作出了在全国城乡开展社会主义教育运动的决定。
但是，由于国内经济形势日益严峻，处于一线的刘少奇、周恩来、陈云、邓小平等部分党内领导人仍将主要精力放在国民经济调整上。1962年冬到1963年初，毛泽东外出视察工作，跑了11个省，只有湖南和河北两省的省委书记向毛泽东汇报了社会主义教育的情况，其他各省都不讲。毛泽东对这种情况很不满意，认为社会主义教育并未引起党内同志的重视。
为此，1963年2月11日至28日，中共中央在北京召开工作会议，重点讨论在城市开展“五反”运动和在农村开展社会主义教育运动的问题。在毛泽东推动下，与会者就“四清”、“五反”、“反修防修”等问题展开讨论，普遍认为毛泽东提出我们现在究竟“怀的什么孕”的问题，是一个极其重要的根本问题，抓阶级斗争，抓党的建设，抓阶级队伍，搞社会主义教育，都是“反修防修”的伟大的基本建设工作。刘少奇主持了12日、13日的会议，并指出：“八届十中全会讲阶级、阶级斗争，现在就要正式部署一个行动，搞一个阶级斗争。对象是投机倒把、贪污盗窃，还有一些严重的铺张浪费，严重的蜕化变质、违法乱纪，严重的分散主义。总是口里讲阶级斗争，不办事情，不好。”刘少奇讲话时，毛泽东插话说：“我国出不出修正主义，两种可能。一种可能，一种不可能。现在有的人三斤猪肉，几包纸烟，就被收买。只有开展社会主义教育，才可以防止修正主义。”会议的最后一天，毛泽东强调：要把社会主义教育好好抓一下，社会主义教育，干部教育，群众教育，一抓就灵。同时，他认为一定要把贫下中农组织好，在农村要有一套制度防止修正主义。会议决定在全国范围内抓紧开展社会主义教育运动，内容包括在城市开展的“反对贪污盗窃、反对投机倒把、反对铺张浪费、反对分散主义、反对官僚主义”的增产节约运动和在农村开展的“清账目、清仓库、清工分、清财物”的社会主义教育运动。会后，城市的“五反”运动和农村的社会主义教育运动陆续展开。
1963年5月2日至12日。毛泽东在杭州召开由部分中央政治局委员和各中央局书记参加的小型会议，主持制定了《关于目前农村工作中若干问题的决定（草案）》，简称“《前十条》”。这个文件对国内政治形势作了十分夸大的估计，认为资本主义和封建势力正在向我们猖狂进攻。他们向我们进攻的一个重要特点，就是千方百计地腐蚀干部，篡夺领导权。有些社队的领导权，实际上已经落在地主富农手中，其他机关的有关环节，也有他们的代理人。如果不抓阶级斗争，少则几年十几年，多则几十年，就要出现全国性的反革命复辟，中国就要改变颜色。因此，必须重新组织革命阶级队伍，粉碎资本主义和封建势力的猖狂进攻。根据《前十条》精神，各地调整部署，训练干部，进行试点，为全面开展农村社会主义教育运动作准备。
刘少奇以国家主席身份，在陈毅副总理的陪同下，携夫人王光美，于4月12日至5月16日访问印度尼西亚、缅甸、柬埔寨和越南４国，没有参加杭州小型会议。
1963年9月6日至27日，中共中央在北京举行工作会议，针对前一段社会主义教育运动中出现的急躁情绪、过火斗争、乱打人、乱抓人等现象，通过了由邓小平、谭震林主持起草的《关于农村社会主义教育运动一些具体政策的规定（草案）》，简称“《后十条》”。《后十条》虽然明确了一些政策界线，对限制阶级斗争扩大化、维持正常生产工作起了一些作用，但继续强调阶级斗争和防止修正主义，并明确提出运动要“以阶级斗争为纲”的口号，其指导思想仍然是“左”的。
为了能够了解“四清”运动的实际，刘少奇要求王光美下乡搞“四清”。于是，1963年11月，王光美化名董朴，以河北省公安厅秘书的名义参加了河北省委工作队，下到唐山专区抚宁县卢王庄公社桃园大队，担任大队工作组副组长。王光美下乡参加农村“四清”运动，也受到毛泽东的赞同和支持。她每一次回来，毛泽东都向她询问情况，并多次说过，“根子在上面”。王光美并不理解“根子在上面”的含义，也不知道如何挖上边的根子。她在桃园搞四清，虽然对桃园党支部批评很严厉，但不打人不抓人，最后只是撤了党支部书记的职，其他犯错误的干部退赔后都恢复了职务，显然是按人民内部矛盾处理的。
这一时期，刘少奇也多次提出“挖根子”。刘少奇认为：犯严重“四不清”错误的干部，根子是封建势力和资本主义势力的腐蚀和影响。群众还提出有上面的根子。很多事实说明，犯严重“四不清”错误的干部，如果没有上面干部的保护，就不敢犯那么严重的错误，不敢犯大错误。科员不拉科长下水，就不敢乱搞、大搞；科长不拉处长下水，就不敢乱搞、大搞；处长不拉部长下水，也不敢乱搞、大搞。生产队干部没有大队干部撑腰，不敢胡搞；大队干部没有公社干部撑腰，不敢胡搞；公社干部没有上面干部撑腰，也不敢胡搞。上面的根子要追，是公社的追到公社，是县委的追到县委，是地委的追到地委，是省委的追到省委，是中央的追到中央。这里，虽然刘少奇说是可以追到中央，主要的还是认为基层干部问题。
1964年5月15日至6月17日，中共中央在北京召开工作会议。会上，毛泽东在谈防止修正主义问题时说：在农村和城市，大约有三分之一的政权不在我们手里，而是掌握在敌人手里。他还提出“中国出了赫鲁晓夫怎么办”的问题。刘少奇同意毛泽东的判断。会议强调放手发动群众，彻底革命，对烂掉的单位要夺权，追查“四不清”干部在上面的根子，把运动搞深搞透，并认为这是铲除修正主义的社会基础，防止资本主义复辟的根本大计。根据这次会议精神，在刘少奇的主持下，中共中央对《后十条》作了重大修改，强调阶级敌人“对干部拉拢腐蚀，实行和平演变，建立反革命两面政权”，是当前阶级斗争的主要特点，要把放手发动群众放在第一位，首先取得对敌斗争的胜利，然后进行政权建设。修改后的《后十条》，加剧了运动的左的错误。此后，乱打人、乱捕人、罚站、罚跪、经济退赔面过大过重等过火斗争，愈演愈烈。
此次中央工作会议还决定成立“四清”、“五反”指挥部，由刘少奇挂帅。此后，刘少奇便把大量的时间和精力用于领导“四清”运动上来，实际上处于“四清运动”领导工作的第一线。8月16日，就如何进行“四清”运动，刘少奇向毛泽东及中央写出了《关于集中力量打歼灭战的建议信》，建议把各县工作队集中到地委，省委工作队也分到各地委，在省委、地委领导下集中搞一个县，即进行大兵团作战。最初得到毛泽东的赞同，后因一些地方反对，尤其是山西方面提出按刘少奇的做法有十大缺点，开始批评这个大兵团作战办法。
毛泽东提倡蹲点，刘少奇率先行动，但响应者寥寥。刘少奇对那些借故推托不肯下去的同志十分不满。1964年夏，他指名道姓批评了许多省部级高级干部，并要中央组织部部长安子文下文：“不下去不能当中央委员，不能当省、地委书记，不能当部长、司局长。”很快，180多位正副部长、1000多位司局长都下去蹲点了。毛泽东知道后，在几个省讲：“我多次叫你们下去蹲点，你们不听。少奇一句话，你们都下去了，还是少奇厉害。”
6月至8月，刘少奇南下视察。在视察座谈时，刘少奇指出：现在调查研究，按毛主席的办法不行了，现在的办法，只有放手发动群众，在改造客观世界的过程中认识客观世界。目前，我们这种工作方法，层层听汇报，或者看报表，不行了。这种靠会议、报表的领导方法，一定要亡国。
开调查会是毛泽东一直偏爱并在党内大力推广的调查研究方法，而刘少奇突然宣布毛泽东的调查研究办法不行了，这使毛泽东十分不满。1964年9月12日，当计委领导小组汇报计划工作，并要求毛泽东对财经工作挂帅时，毛泽东说：“我看还是少奇同志挂帅。我年纪大了，有时我妥协，他厉害……比如这一次他下命令，一定要下去，一定要蹲点，说过去蹲点是假的，都得下去。我有时妥协，我有我的弱点。他有他强的地方。”毛泽东在12月26日过生日时还说：“我没有蹲点，没有发言权也要说，错了，大家批评。”
在对过去一年工作的估计上，刘少奇认为是做得不够的，甚至认为打了败仗。8月1日下午，刘少奇在中央召集的党内报告会上讲：“过去一年多的‘四清’、‘五反’是起了一些好作用的，是有它的成绩的，我看主要是起了刹住歪风的作用，也起了推动生产的好的影响。但是，不论农村也好，城市也好，据我的估计，‘四清’、‘五反’，多数单位是搞得不深不透，甚至没有搞开，没有入门。这就是说，过去一年多，我们在这个革命斗争中间打了败仗，不是打了胜仗。”
过去一年的“四清”运动，主要是毛泽东抓的。刘少奇挂帅不久，就作这种否定性的结论，毛泽东是很难接受的。1965年1月14日下午，毛泽东在政治局会议上指出：“我这个工作可能还达不到三七开。讲整个历史，经常犯错误的，比如打仗，有些打败仗。”
1964年12月15日，中共中央召开工作会议，刘少奇作主要发言，传达了会议的预定开法，提出了前一阶段运动中出现的一些问题。当天，周恩来作了“反修”报告。刘少奇讲话之后，会议从16日至19日接连召开全体会议和分组会议，对前段运动中的问题进行讨论。19日下午，宣布从次日起，工作会议停开几天，开时再通知。
据陶铸夫人曾志回忆，工作会议期间，刘少奇让陶铸跟李雪峰讲一下，由李雪峰出面召开一个会议，听王光美介绍“四清”运动中的“桃园经验”。参加中央工作会议的绝大多数同志都去听了，江青则在屏风后走来走去地听着，看样子江青对此很不满意。这次会议，毛泽东没有出面就结束了。会后，江青请曾志和陶铸在人大小礼堂看现代京剧《红灯记》。开演前，陶铸夫妇在休息室见到了毛泽东。毛泽东问陶铸：“你们的会开完了吗？我还没参加呢，就散会啦？有人就是往我的头上拉屎尿！我虽退到二线，还是可以讲些话的嘛！”曾志和陶铸当时已隐约感觉到，毛泽东说的“有人”，恐怕就是指刘少奇，但是他们不敢相信，也不愿相信。毛泽东又问陶铸：“你们开会的人是不是都已经走了？”陶铸说：“有的走了。”毛泽东斩钉截铁地命令道：“告诉他们，走了的赶快回来！”参加中央工作会议的各省书记们，又都被召回来了。第二天，即12月20日下午，中共中央便召开政治局常委扩大会议。就是在这次政治局常委扩大会议上，在“四清”运动性质问题上，刘少奇和毛泽东发生了严重分歧。
会上，刘少奇在发言中讲道：农村当前的主要矛盾是富裕农民阶层跟广大群众、贫下中农的矛盾，农村里面已经形成富裕阶层了，已经形成特权阶层了。农村当前的矛盾，就是原来的地、富、反、坏跟蜕化变质的有严重错误的坏干部结合起来跟群众的矛盾。
毛泽东说道：地、富、反、坏是后台老板，“四不清”干部是当权派。你只搞地、富，贫下中农还是通不过的。农村的中心问题是这一批干部，主要是大队和生产队的干部，骑在他们头上，他们不好混，穷得要死。就是要发动群众去整我们这个党，整那个支部，那个公社党委。中心问题是整党，不整党没希望。先搞豺狼，后搞狐狸，这就抓到了问题。
刘少奇问：“主要矛盾就是‘四清’与‘四不清’的矛盾，行不行？”陶铸说：“赞成。”彭真说：“主要矛盾是不是这样，总的提法，整个社会主义阶段，还是我们七届二中全会提的主要矛盾，就是无产阶级和资产阶级的矛盾。在社会主义教育运动中间，是‘四不清’、贪污盗窃、投机倒把，主要整干部。”
毛泽东回答：“杜甫有一首诗，其中有这么四句：‘挽弓当挽强，用箭当用长。射人先射马，擒贼先擒王。’这几句通俗明了。就是搞那个大的，大的倒了，那些狐狸慢慢清嘛，群众知道嘛。群众就怕搞不了大的。”
刘少奇仍坚持说：“‘四清’与‘四不清’，这是主要的，当然还有其他的。”李葆华问：“矛盾的性质是什么？”刘少奇回答：“就是人民内部矛盾跟敌我矛盾交织在一起。”
毛泽东不耐烦了，说：“什么性质？反社会主义就行了，还有什么性质？”
毛泽东如此，刘少奇当然不能再坚持自己的意见。
