8月12日，新国会选举出台使北京临时参议院寿终正寝，安福国会即新国会开幕诞生。选举的具体结果：在由十四省参加选举的470余位参众两院的新国会议席中，安福系占330余席，与安福系关系最密的旧交通系次之，占120余席。因在段祺瑞第三次组阁之后遭遗弃而转又倾向于直系和冯国璋的研究系仅占20余席。
至此，临时参议院任务告竣，实行解散。北洋政府实行参、众两院制之一届新国会议员365人举行开会仪式，大总统冯国璋莅院参加，承认“合法”，由临时主席(李兆珍)致开会词，总统致颂词、国务院代表全体国务员之颂词，均发表于《政府公报》，手续完备合法，国际认可。
冯国璋倾全力于实行南北“和平统一”，企图利用西南的势力取得对他担任大总统的信任，所以“倡导和平，作一番统一全局的功夫，为将来作为全国正式大总统的张本”。同时亦可依靠长江三督作为武力后盾和阻挠皖系向西南扩张地盘的屏障，并“利用段与西南为敌，以削弱皖系力量，使自己在北洋派中成为惟一的领袖”。
他这样想、这样做的结果，末计及自己任期届满，无积极竞选总统准备。当新国会开幕之际，始知自己已失与段抗衡之国会基础，遂发表无意恋栈及竞选的通电：
余已决不愿下届总统之当选，——已在河间故乡购置住房，退职后，——将归河间耕种自治。
段祺瑞亦因事有约在先随之也表示：
良以统一不成，和平直成虚愿，而国纲所在，断不容弃统一就和平，理既甚明，事非得已。惜祺瑞襄赞无方，未能早纾国难，今幸国会告成，已议决组织大总统选举会，——祺瑞自应即时引退，遂我初服。
这就是在徐氏幕后主导之下冯、段同时下野的一幕。
但是年8月，安福国会在京开会时，原本选举段祺瑞为总统，张作霖为副总统，徐树铮为国务总理，府院一家种种不利原因而未如愿。一因曹锟力争副座不可得，吴佩孚坚决反对此种选举；二因西南断难承认新国会及其选举，持反对态度；三因皖系内部意见分歧，徐树铮提出前敌形势已变(指吴佩孚与西南结好)，合肥不愿当选，而北派中心人物，“足以推倒国璋者，莫过世昌，乞改举世昌”；四因段祺瑞大搞“武力统一”政策，“对外宣而不战，对内战而不宣”，大借日款，民心已丧，国民视为“扰乱中国之恶魔，国民之公敌”等等。所以，段氏颇有“自知之明”地声称“不愿当选”。
徐世昌是惟一理想人选。冯、段同时“退耕”，安福国会已认定大总统“非徐莫属”了。
第一，徐世昌是北洋前辈，资深望众，直皖交恶，徐不偏不倚，调和冯、段提出“巩固北洋团体”口号；
第二，反对“武力统一”，主张“文治天下”，此时与直吴意见一致；
第三，以梁士诒为首的旧交通系支持，研究系亦倾向于徐；
第四，“长江三督”——苏督李纯、鄂督王占元、赣督陈光远和曹锟也表示拥护态度。惟吴佩孚持有异议。
第五，“徐世昌之声望、资格、品行、学问加入一等，昭昭在入耳目”；
第六，总统已成为军人致意竞走场，徐氏若能当选，“不惟解决军人之竞争，亦中国将来升平之预兆”。
在北洋团体中，徐世昌的政治和实际上的地位仅亚于袁世凯，即袁氏对徐亦极端优礼。在清末民初时代的官阶远在冯、段之上。袁死，北洋较普遍认定居大位者徐世昌而外从不作第二人想。
徐只是一介文人，有兴练兵而无兴领兵，任冯、段“发祖鞭”，已闲散在野，静观时局多年。及冯、段失和，北洋分裂，各逞意气，徐居间执言相告，又不涉偏颇，其方法与动机就不为直皖双方所嫌忌，并更加尊重其领袖地位。待冯、段争执不下，两败俱伤，徐世昌自然成为北洋系及北方政客所共同拥护出山之人了。
可见，徐世昌被安福国会选举为总统，实乃时势所造成，是合情、合理、合法的，媒体上屡见所谓“非法总统”之谈，纯属派系斗争的中伤。
9月4日上午10时，北京新国会参、众两院召开大总统选举会议，出席议员为参议员133人，众议员304人，共计437人。选举结果，徐世昌得425票，段祺瑞得5票，王士珍得1票，张謇得1票，倪嗣冲得1票，王揖唐得1票，两张废票，徐世昌以绝对压倒多数当选。
5日，徐世昌致函新国会，并通电全国军民，声明辞让总统职。文曰：
世昌爱民爱国，岂后于人，初非沽高蹈之名，并不存畏难之见。惟眷念国家杌陧之形，默察商民颠连之状，质诸当本真诚。民国递嬗，变乱屡经，想望承平，徒存虚愿，但艰危状况，有什百于当时者。
两院、各省复致函电：“咸吁公即肩重任，以维大局。”
12日，徐世昌又发第二次函电辞让。可以说“辞乃谦辞”，并非绝对不愿担任。“逆来顺受，机不可失”么！就任前他必先协调北洋系内部，再进而谋息南北战争，国内形势或可暂趋平静。这似乎亦无可厚非。
16日，两院议长梁士诒、王揖唐恭送选举证书。贺者更多，包括各国公使、外宾亦接踵而来。徐世昌于19日接受当选证书，表示接受当选，可以就任，力挽狂澜，稳操胜券。
然而，吴佩孚致电徐世昌，请于就职前，先出任和平调人，并敦促代总统冯国璋颁布罢战令，主张对国会议员另行改选，大有讨好南方之嫌。
此电为北洋系军人中不承认徐世昌为总统之仅有的一例，文中称徐为“东海先生”，后来又称“菊人先生”，而不称总统。这位以区区一师长地位，身居前敌，竟然越位干政，无组织系统和纪律，公开通电致总统，慷慨陈词，论列国事，毫无顾虑，在历史上实属罕见。
10月10日，内务总长钱能训、大礼官黄开文率文武百官迎徐世昌进府行就任礼，与前代总统冯国璋实行交接，送其归第，复行宣誓礼。两院议长暨议员咸集于此，议员、官吏行庆贺礼。徐世昌宣言通电全国，基本方针是主张和平，发展经济。继以各国公使、主教等谒贺。礼成，徐世昌宣读誓词曰：
余誓以至诚，遵守宪法，执行大总统之职务。谨誓。
其就职宣言文曰：
世昌不敏，从政数十年矣！忧患余生，备经世变，近年闭户养拙，不复与闻时政，而当国事纠纷，群情隔阂之际，犹将竭其忠告，思所以匡持之。乃值改选总统之期，为国会一致推选，屡贡悃忱，固辞不获。念国人付托之重，责望之殷，已于本日依法就职。
关于目前形势和任务，他明确指出：
今我国民心目之所注意者，佥日南北统一。世昌以救民救国为前提，窃愿以诚心谋统一之进行，以毅力达和平之主旨。果使阋墙知悟，休养可期，民国前途，庶几有豸。
南北实现和平统一之大局，乃根本立国之图。欲立于世界民族之林，还必须有特殊之性质与其运作机制，就是发展经济、振兴教育的机制。这与吴氏主张不谋而合，而在暗中倒皖反日立场亦为合作关系。从政权建设来说，双方均主张必须根本改变那种道德堕落，国纪凌夷，风气所趋，匪伊朝夕的状况。徐则指出：
欲挽回而振励之，当自昌始，安敬律己，以诚待人，以克俭克勤为立身之则，以去贪去伪为制事之方。凡有损于过、有害于民者，必竭力驱除之，能使社会稍息颓风，即为国家默培元气，而尤要在尊重法律，扶持道德，一切权利之见、意气之争，皆无所用其纷扰，赏罚必信，是非乃公。
最后，他指出：必须放眼世界，在外交方面谋求改善中国的国际地位和稳定和平的国际环境：
欧战已将结束，世界大势，当有变迁。兵争既终，商战方始，东西并壤，殆必为企业者集目之地。故必有统治之实力，而后国家之权利，乃能发展，国际之地位，乃能保持，否则委蛇其间，一筹莫展，国基且殆，又安有外交之可言乎？此国家存亡之关键。
这就是他的政治宣言和施政纲领，同吴佩孚算得上“志同道合”，既晓之以理，动之以情，又忧国忧民，满腹宏图；既“玩世不恭”，“改弦易辙”，又改革开放，引进外资；既息争弭乱，安定社会，又发展工业，振兴教育；既保护物质生产使“工厂林立”，又注意精神文明，尊重法律，扶持道德；既抓住欧战后之机遇，迎接“商战方始”，又利用世界大势之变迁，当求所以自立之道，修内政，振民业，扩张实力。
徐任总统的政治举措即以稳定、和平、发展六宇为方针、为帜志，先后派遣梁士诒、林绍斐、关冕钧为代表分赴广西、广东、香港，疏通西南护法各省军、民长官，进行议和、息争努力。从中央配合了吴氏“罢战主和”行动。
为同徐氏配合行动，吴部加紧联络西南，双方由信使接触、密电往来，进一步发展为采取一致行动，进行倒皖活动。8月12日，北洋政府屈从段祺瑞压力，改派安福俱乐部首领王揖唐为南北议和北方总代表，以加强皖系对和谈的控制。吴佩孚闻讯发表着名的“漾电”，对此深表不满：“身列国会，安知国会之纠纷；身为党魁，安得不受党派之牵制！其天下本未有斯人出之希望，而足下竟有舍我其谁之仔肩。筹安会之覆辙不远，曹陆章之公愤尤存，勿谓赵家楼之恶剧，不能见于安福俱乐部也。”吴氏“其天下未有斯人出之希望，而足下竟有舍我其谁之仔肩”两句，用语十分辛辣，嬉笑怒骂，犹如报章小品文风，尖酸刻薄，妙不可言。西南各省纷纷响应，北洋政府无可奈何。
9月9日，吴佩孚两次联合谭延闽、莫荣新、谭浩明等人通电要求更换北方议和总代表：“国人之摈弃安福系，以其卖国祸民，非有私仇夙怨，即日中密约，非法国会，参战边防诸军，王氏或与同谋，或为领袖，讵肯牺牲，得罪私党。如曰虎埋狐掘，非安福私人不能了此公案，国事岂忍再误？苟其民视民听，由当局主持，则此时另选贤能，补牢犹为未晚。”同时公开对南方各省表示“愿率全部，为南军前躯，以逐张敬尧”。
西南方面在得到吴佩孚的保证后，态度更加强硬起来。军务院立即命令唐绍仪总代表中断无休止的南北和谈，与吴佩孚共同行动的步伐大大加快。双方紧密磋商，以求尽快达成协议，共同对付即将来临的直皖战争。
12月下旬，冯国璋病逝，直桂加紧联合倒皖。1月4日，广东军政府主席岑春煊密电唐继尧：“安福据阁，靳已软化，河间新逝，直系遽失中心。直系失势，西南更危，双方处境相同，非彼此彻底联络，无以自存。此即秉成规联直制皖政策，务乞迅速协谋进行。”
随后吴佩孚同西南进一步讨论并落实了另订副约的内容：“第一步，由谭湘叔主稿，联衔致靳，业于上月盐日发电；第二步，军府于皓日发电；第三步，吴致电靳云鹏，促重开南北和议；第四步，应遵守原议，密饬各前线为相当之准备；第五步，吴氏率部撤防北归，倒皖反日。”双方建立了稳定的同盟关系，吴佩孚已无后顾之忧，决心北撤。
吴佩孚驻衡两年，借助南北议和与五四运动的推助，迅速崛起。他首倡“罢战息兵”，对皖系、安福系大张挞伐，继则同情和支持学生爱国运动，屡电要求拒签和约，一致对外，敢言他人之不敢言，敢为他人所不敢为，博得了“爱国将军”的美名。毛泽东领导的“新民学会”致吴氏信中说：“近则湘人，远则国人，其视线已尽集将军之一身。”国民党机关报《民国日报》认为：吴佩孚的表现具有“卫国御侮的决心”而加以称誉。蔡和森指出：吴佩孚在“五四”时期的表现，“反对日本帝国主义的侵略，攻击安福、新旧交通系的卖国，无论其动机如何，这些行动总像是一个未为国际帝国主义收卖的军阀了”。
列强各国特别是英美两国对吴的崛起也极为瞩目，《字林西报》乐观地表示：“中国之治，为期或已不远。”作为一个手握重兵，戍守南北交战前沿的北洋高级将领，吴佩孚以“摧狂虏”、“振国威”、“不问个人瘦，惟期天下肥”的气概驰骋于军政各界，虽不无为直系起衰振弱的一面，但他无疑是顺应了舆情，推助了革命潮流的发展，起到了某些阶级、阶层或政治集团的人们难以起到的历史作用，为直皖战争中直系摧毁皖系的反动统治奠定了广泛的社会政治基础。吴以一名中级军官一路而成为中国政坛、军界、报刊新闻的轴心人物。
正如当时国民党机关报——上海《民国日报》发表评论所说的那样：“自是北方每一政治问题发生，必为吴氏所左右，中间倒张敬尧(湘督)，击败安福系，赶走王占元(鄂督)，击破奉军(第一次直奉战争)，乃至免冯玉祥(第二次直奉战前)，左驰右突，靡不如意。”
