参劾的理由是：
1乱坐轿子。按照清朝制度，武官是不能坐轿子的，只能骑马。因为武官是要行军打仗的，必须时刻锻炼身体，弓马娴熟。如果总坐轿子，身体弱了，意志减了，就不像一个军人了，还谈何打仗。据说，樊燮作为军人，出门从不骑马，要摆文职官员的谱，非坐轿子不可。更气人的是，有一次检阅新兵，竟让侍从把轿帘掀起，坐在轿子里面阅兵。永州百姓根据他的丑态，编了一条歇后语：樊总兵阅兵——坐着看。樊燮乘轿出行的行为严重违例。
2让士兵给自己干私活。樊燮经常命令士兵到家里为他干家务活，如，抬轿子，看大门，甚至做园丁——樊燮喜欢种草养花。表面上是使唤公家的人，实质上是挪用公家的钱——用士兵做佣人，自己就省下了雇佣的钱。樊燮是变相地挪用、贪污军费。
咸丰帝看到奏折后，非常恼火，批示：樊燮立即开缺。这下，不仅不让樊燮署理提督，连总兵也不要他做了，停职接受检查。
樊燮被革职以后，骆秉章又派人前往永州调查发现，樊燮的零花钱都是从军营中提取的，他擅动九百六十多两军费，三千三百六十多串公项钱，又动用米折银两。这樊燮还真不客气，把军营当成自个家了。
咸丰九年二月（1859年3月），左宗棠又为骆秉章撰写《已革樊总兵劣迹有据请提省究办折》上奏。咸丰帝阅览后，把奏折狠狠地摔在了地上，这是什么官员，大清就是让这些贪官蛀空了。立即发出上谕：“已革湖南永州镇总兵樊燮，种种劣迹证据确凿，擅提廉俸逾千，即行拿问，交骆秉章严审，听候查办。”
后来，永州知府黄文琛因公前往岳州，正好遇上巡视的骆秉章。一是为了礼节，二是汇报地方上的情况，黄文琛就去拜见了骆秉章。樊燮知道了这件事，以为是黄文琛告他的黑状。他为了逃脱罪责，争取主动，就想办法弥补一下。
地球人都知道，左宗棠虽然只是一个举人，但他是湖南巡抚名副其实的二把手，骆秉章的重要奏折大都由他起草，甚至由他直接发出。这个弹劾案十有八九也是左宗棠的杰作。因为疾恶如仇的左宗棠如果知道省内有德性如此之差的军官，肯定会想尽一切办法让他滚蛋的，否则他就不是左宗棠了。
解铃还须系铃人，所以，樊燮便前去长沙拜谒左宗棠，希望能得到他的帮助，以便打个翻身仗。
当时，左宗棠在湖南官场名声远扬，接见文武官员已经是很平常的事情了，并且来见他的官员都对他十分恭敬。樊燮自然知道其中的利害关系，虽然他是身居朝廷二品的命官，但对左宗棠还是很尊敬的。
樊燮一进左宗棠的办公室，就作揖行礼，请左先生训话。而左宗棠对他的一些劣迹早就有所耳闻，留下了非常不好的印象，所以，对眼前的人不屑一顾。
樊燮一番长篇大论后，左宗棠除了点了几下头外，一句话也没说。樊燮有些受不了了，自己好歹也曾是朝廷二品的命官，而你左宗棠充其量就是一个小小的举人。拿着鸡毛当令箭，当什么大尾巴狼啊。
受了这样的冷眼相待，樊燮起身拱手告辞。
“且慢。”左宗棠终于开口了。
“左先生有何指教？”樊燮不耐烦地问。
樊燮是来求左宗棠办事的，原本应该谦卑有礼，但在见面时他仅仅很随意地拱手作揖，而没有按礼节屈体请安。对于这种傲慢，左宗棠心中很是不快。
“来见我的武官，官职无论大小，都要先行请安，你不请安，干吗来见我？”
心胸狭窄的樊燮终于被激怒了，顶撞道：“朝廷体制，没有武官见师爷要行请安礼的。你仅仅是一个普通的举人，狗仗人势，有什么了不起？”
就这样，二人你一句我一句地吵了起来。
盛怒之下的左宗棠忍无可忍，“啪”重重地给了樊燮一耳光。
樊燮蒙了，除了他爸打过他，这辈子还没人动过他一指头呢。他一下子没了理智，要跟左宗棠拼命，结果，被侍卫死死抱住拖到了外面。
樊燮好歹也是个七尺男儿，哪里能受得了这样的羞辱，便发誓要报复左宗棠，出这口恶气。
瘦死的骆驼比马大，樊燮再怎么说也曾是个二品大员，尤其像他这种“庸官”，一定很有背景，不出所料，他搬出了自己的后台——官文。
官文是满洲正白旗人，此刻任湖广总督一职，是骆秉章的顶头上司。俗话说，官大一级压死人，骆秉章都要掂量掂量官文的分量，何况没有官名的左宗棠，更应该小心谨慎一些。
樊燮怀着满肚子的委屈和怨恨向湖广总督衙门哭诉喊冤。当他一把鼻涕一把泪地哭诉一番后，官文也异常恼火。打狗还得看主人呢，这不是公然和自己叫板吗？不行，这事不能就这么算了。于是，他联合湖南布政使文恪等满族贵族，准备支持樊燮，向左宗棠发起反击。
其实，官文和骆秉章一直矛盾不断，在公事上，骆秉章经常和官文对着干，官文觉得很没面子，但对这个巡抚也没什么办法，可要对付个小小的举人左宗棠是举手之劳的事。于是，借着樊燮的这档子事，开始向骆秉章打出了重拳。
从表面上看，官文是为手下部将伸张正义，实则伺机报复。晚清时，满汉官僚一向积怨很深，官文身为满洲权贵，而以曾国藩为首的湘系势力日益壮大，使一些满族官僚惶惶而不可终日。官文此举正是杀鸡给猴看，借此灭一灭汉族官僚的威风。
早就听说湖南巡抚衙门的大小事情都由幕府左宗棠一手操办，于是，官文决定把怒气撒到左宗棠身上，争取从这个幕宾身上打开一个缺口。
接受了樊燮控告的官文经过一番思索后，这样奏报朝廷：永州知府黄文琛等与湖南巡抚幕宾劣绅左宗棠，陷害总兵樊燮，当然不忘添油加醋一番。
满族贵族大员在咸丰帝心中一直有很高的地位，当他看到奏折后，龙颜大怒，立即下旨：要是左宗棠真有不法的事，可就地正法。并且，命官文与湖北正考官钱宝青将左宗棠逮捕到武昌审判。
这种结果是官文求之不得的，他准备将左宗棠押往武昌问罪，处死。
在这些满族地方大员的策划操纵下，本来十分平常的一件参劾案，一下子掀起了一场轩然大波。
从师爷到通缉犯
随着形势的进一步发展，左宗棠也估计到了事态的严重性，随时可能性命不保。最让他痛心的是，这件案子初起之时，整个湖南官场，竟然没有一个人敢为他申辩。一个人战斗的他怎么能敌得过后台强硬的满族贵族。所以，他向骆秉章提出辞职，以便避一避风头。
但刀已经架到了脖子上，想要拿开，没那么容易。
因为这个案子是咸丰帝钦定，湖广总督官文和湖北正考官钱宝青直接审办，骆秉章尽管清楚左宗棠是被冤枉的，也无计可施。
眼看，左宗棠就要成为满族地方要员与新崛起的汉族地方势力权力角逐的牺牲品了。有人会救他吗？谁又能救他呢？
既然对方已经亮剑，汉族地方势力也不是吃素的，接招便是。
经历了短暂的沉默后，汉人官员纷纷千方百计地保救左宗棠。
湖北巡抚胡林翼眼见自己的生死之交落难，心里万分焦急，给官文写信，为左宗棠说尽了好话，希望自己的上司能手下留情。但官文却毫不留情地拒绝了胡林翼的请求。无奈，胡林翼又请曾国藩想法营救，曾国藩便请他的门生钱宝青设法援救。
但官文对这些求情要么推延，要么不加理会，摆出一副非得置左宗棠于死地而后快的架势。
这些汉人官员们慌了，尤其是骆秉章，觉得自己对不起左宗棠。看来，只有在朝廷中找一位能和皇上说上话的主儿，来解救左宗棠了。
咸丰帝一贯偏听满族大臣，满人肃顺就是一位被宠信的重臣，也是一位首先倡导重用汉人的朝廷内臣。
我们知道，满清自入关建立王朝以来，一直对汉人歧视猜忌，不加以重用，更不给汉人兵权。太平军起义后，八旗清军接连战败，大清王朝摇摇欲坠，此刻，肃顺提出重用汉人，挽救大清王朝。从而，湘军兴起，曾国藩、胡林翼等被委以重任，掌握军事大权。
可见，肃顺虽然是满人，但和这些汉人官员还是有一定联系的。于是，骆秉章就给在京的翰林郭嵩焘写信，请他向户部尚书肃顺求情。
郭嵩焘得知这个情况后，大吃一惊，因为他和左宗棠是同乡好友，不便率先说话，便委托肃顺的幕客高心夔和王闿运向肃顺求救。
肃顺道：“我作为朝内大臣，一个人也不便在皇上面前讲话，只有等到朝廷内外的大臣上奏保荐左宗棠，我才好向皇上进言。”
郭嵩焘看到了希望，马上请侍读学士、和他同值南书房的潘祖荫出面给皇上保荐奏疏，营救左宗棠。他还对潘祖荫说：“大清如果失去了左宗棠，湖南将无人主持大局，必然倾覆，东南一带的局势就无力挽回了。”
潘祖荫对左宗棠的事迹也略有耳闻，所以，二话没说就上疏为左宗棠辩护说：“楚南一军不仅在本省立功，还援应江西、湖北、广西、贵州等，所向披靡。骆秉章固然调度有方，左宗棠运筹决胜也功不可没，这是天下人有目共睹的事实，也在皇上的圣明洞鉴之中。”接着，他说出来传诵一时的一句话：“国家不可一日无湖南，而湖南不可一日无宗棠也。”
一个没有官职的左宗棠被潘祖荫提高到关系国家安危的高度，后来，左宗棠不仅保住了性命，这两句话也被人们记在了心间。
最后，潘祖荫又介绍了左宗棠的为人，“秉性刚直，疾恶如仇，他的一些做法损害了地方官员的私利，自然会被图谋陷害。而湖广总督官文被假象迷惑，轻率处理，做法有待商榷。一个在籍的举人，个人去留无足轻重，但楚南事势关系尤大，不得不为国家惜此才。”
与此同时，骆秉章也反复上奏，说明樊燮诬陷左宗棠，并把樊亲供文件和所查明的账册送缴军机处进行辩驳。
官文怎么也没想到，如何处置左宗棠竟然牵涉到这么多人，尤其是肃顺，也在为左宗棠说好话。这下，问题就不一般了，他密切窥视京师的动向，不敢对左宗棠轻易加以处置。
对于左宗棠的才干，咸丰帝也早有耳闻，他看着桌子上的一堆奏疏，拿不定主意，便对肃顺说：“当今天下是多事之秋，如果左宗棠真的擅长军事，就应该不计其过加以录用。”
很明显，咸丰帝想找个台阶下。肃顺是个识大体的人，更善于察言观色，于是，奏道：“臣听说左宗棠在骆秉章幕府中出谋划策，效果显着，骆秉章的功劳实际都是左宗棠的功劳。这样难得的人才，皇上自然会爱惜的。请皇上给官文下密旨，并把朝廷内外保荐左宗棠的奏疏也寄给他，让他酌情处理此案，才是上上策。”
咸丰帝采纳了肃顺的建议，免去了左宗棠的罪名，并准备委以重任。
官文知道朝廷有意重用左宗棠后，便更改了原判，左宗棠无罪释放。一场风波就这样过去了。
捡回了一条命的左宗棠心灰意懒，每当想到这场风波就胆战心惊。于是，他决定退出湖南幕府，重回柳庄隐居。
是金子总会发光的
左宗棠的危机解除了，为他说好话求情的汉族官员还没来得及庆祝，就被左宗棠准备退隐的决定给雷到了。
一些朋友纷纷来信加以劝阻，无非就是先替左宗棠打抱不平一番，然后说一些功高被人嫉妒之类的话语。不过，他们的目的是一致的，希望左宗棠能继续和太平军对抗，等天下安定后，再隐居也不晚。
这些友人们对左宗棠的期望还是比较高的，可他们没有经历类似左宗棠那种一只脚迈进鬼门关的感觉，有点儿站着说话不腰疼的意味。
好在，左宗棠最后打消了“隐居”的念头，一来是友人的劝告，还有一个更深的顾虑是，皇上已经让他出来为大清效力，他无论如何都不敢明目张胆地违抗皇命。不过，他实在是不愿意再待在幕府了，虽然他曾在这个地方运筹帷幄，也在这里感受到了被尊重的乐趣，但这里也差点成了他的葬身之地，所以，左宗棠决定要离开这里，他以参加会试为借口，准备离开幕府。
骆秉章自然不想让左宗棠离开自己，但看到左宗棠去意已定，而且形势也缓和了下来，便没有加以阻拦。
咸丰九年十二月（1860年1月），左宗棠向骆秉章告辞，荐刘蓉入湘幕，从而结束了他的第二次幕宾生涯。
接着，咸丰十年正月（1860年2月），左宗棠从长沙启程北上，准备到北京参加为咸丰皇帝三十华诞而特开的“恩科”会试。三月初三日（3月24日），左宗棠一路冒着严寒，到达了湖北襄阳。
这时，左宗棠接到了胡林翼派专差送来的密函：现在那些诬陷你的人还不甘心，在暗地里布下了网罗，而且鄂帅（官文）也正在策划构陷你的方法，京师谣言纷起，千万不要去，否则是自投罗网。只能静觅时机，以图东山再起。最后，还劝他到英山驻地相聚。
这些小人真是阴魂不散，自己不就惩办了几个贪官吗，至于他们这样赶尽杀绝吗？这是什么世道啊！在天子脚下都敢造次，这群人的能量真是不小啊。
左宗棠开始踌躇了，自己已经身处险境，前方就是火坑和陷阱，自己是勇往直前，还是……他立身天地间，四顾苍茫，想想自己做师爷的那段日子叱咤风云，多么威风。如今自己却是如此的渺小和无助，不得已只好回头去找胡林翼商量对策。
左宗棠是一个自信心极强的人，很少接受别人的意见。不过，这次不同，因为他甘愿同太平军在疆场拼死，也不愿意被小人诬陷迫害。所以，他从襄阳辗转到湖北英山县的胡林翼大营。
那时，曾国藩在安徽宿松驻军，准备进军安庆，听说左宗棠抵达英山，就派专人把他请到了宿松，共商军事。
于是，左宗棠又从英山抵达皖西宿松县的曾国藩大营。心中万分悲愤的左宗棠恨不得向曾国藩讨要一支军马，马革裹尸以解心中的愤慨。多亏众人劝说，他才打消了这个念头。
不久，胡林翼也赶到宿松，李鸿章、曾国荃等也相继来到宿松。他们一起畅谈军事，尤其以曾、左、胡三人聚在一起最多，往往要秉烛夜谈，才能尽兴。
这次宿松会晤非常重要，因为关系到湘军未来的走向以及清廷的命运。
不知不觉，20多天就过去了，左宗棠虽然出了不少主意，但他觉得军营不是自己的最终归宿，深山老林才是他的终点。于是，他又想回湖南隐居。
经过这次会晤，曾国藩和胡林翼更加感到大清需要左宗棠这样的人才，自然千般阻拦。但左宗棠生性倔强，就认准了隐遁一条路。恰巧又接到了家信，儿子孝威患病，于是，左宗棠决定立即回家。
当左宗棠准备动身时，曾国藩接到了上谕：左宗棠熟悉湖南形势，具有很强的军事才能。眼下反贼对两湖虎视眈眈，是令左宗棠仍在湖南操办团练，还是该调到你的手下效力？
这道上谕说明皇上在考虑左宗棠的安排，看来，“樊燮案”已了，也没留下什么后遗症。于是，劝左宗棠打消隐居的念头，回湖南静候圣旨。
皇上发话了，左宗棠就是想不从命，也没办法，于是，在四月十八日起程回到了湖南。
曾国藩和胡林翼商量一番后，上奏：左宗棠刚直吃苦，通晓军事，让他在湖南募勇六千人，以救江西、浙江、皖南的疆土。
“樊燮案”虽然一度让左宗棠陷入危困的局面，但由于汉族大臣对他的保荐，终于，又让他得到了重用。
咸丰十年五月初八日（6月26日），左宗棠从宿松返抵长沙3天后接到了清廷命他以四品京堂候补、随同曾国藩襄办军务的谕令。这对左宗棠来说，可谓是柳暗花明又一村，他的政治生涯有了新的转机。
左宗棠也不含糊，从此再也没有了隐居山林的念头，而是告别家乡，正式拉开了东征西战的序幕，开始了几十年的戎马生涯。
是金子总会发光的，经历了生死波折的左宗棠注定会做出一番惊天动地的伟业。
