天启五年（1625）魏忠贤矫诏尽毁天下书院，这是第四次禁毁书院运动。禁毁的力度显然要超过前三次，它无疑是明代历史上规模最大的一次禁毁书院的举动。山西的书院当然不能幸免，几乎所有书院被禁毁或移作他用。天启年间山西建立了5所书院，基本上是天启五年（1625）以前建立的。崇祯皇帝即位，魏忠贤被废，并下令恢复书院，但恢复者寥寥无几，山西也只建立了3所，一时间山西书院的数量跌到了弘治以来的最低点。
明代山西书院的特点
1.山西书院发展状况为：明代全国共有书院1961所，有1707所是历朝官绅新创建的，254所是修复旧书院或重建的，实际明代书院至少在2000所以上。山西新建书院85所，重修或重建8所，共有书院93所，在全国的名次为第16。可见山西书院的发展形成了一定的规模和数量。
2.山西书院发展轨迹是：一波三折，从发展缓慢到繁荣，再到缓慢。在明朝近三百年的历史中，前期一百年间由于政策限制，书院发展缓慢。中期发展迅速达到鼎盛。后期由于大规模禁毁运动，书院发展又陷入绝境。
3.明代山西书院分布情况为：平阳府最多，加上蒲州府、解州、绛州共35所，其次是汾州府、太原府，共计15所，潞安府、泽州府13所，宁武府、大同府、平定州基本相同，忻州、代州、保德州、朔平府最少。明代有些县还没有建立书院。这种由南向北倾斜的分布状况基本合理，显然反映出太原地区、晋中周边地区、晋南及晋东南地区是山西文化发达地区，晋北则相对落后。
4.山西书院建设力量的对比：第一，地方官设立的书院数量超过一半，为70余所，由次要的位置升到第一位，同宋元时期正好相反。第二，民办的书院仅为13所，同宋元两代相差甚远，可看出民力衰退的现象。总之，明代书院，以官方做主干，民力已不如宋元两代那样重要了。这一数量上的巨大反差，清楚地表明了明代书院的建设主要依赖于各级官员的倡导或主持。
5.明代书院与科举的联系：明代中央政府在书院建设上的思想导向，也决定了书院所需担负的主要教育责任并不完全在于自由讲学，而更多地在于它适应了当时的教育需求。由于明政府实行“非科举者毋得与官”的政策，科举功名炙手可热，许多书院开始为科举服务，书院与科举的联系更为密切，彼此之间声气相通。书院不仅热衷于选派生徒参加科举考试，而且一度还兼作科举考试的场所，如道光版《阳曲县志》中所述：“万历辛亥，学使者苦试场漂风雨，始详请前抚建考棚。移祠居粤室。然遇试，则考舍。试毕，书院如故。”
6.明代各地书院建设的实际情形是非常复杂的。这种复杂性主要表现在：现在已经无法确切地知道，明代以前以及明代各朝本身所建立的书院，究竟存在了多长时间。由于无法确认书院存在的确切时间，新建、重修的书院数目，只能作为评价各地书院建设的一种参考，不能够代表当地书院教育的发达程度。不过，有一点是可以肯定的，那就是书院在明代山西教育发展中担负了相当重要的角色。
5、清代山西的书院
清代大体可以分为四个阶段：自顺治至康熙为第一阶段，是书院的恢复发展期。雍正、乾隆年间，为第二阶段，是书院的全面大发展期。嘉庆、道光、咸丰年间，为第三阶段，是相对低落期。同治、光绪年间，为第四阶段，是书院快速变化并最终改制期。
1.清初至康熙年间
清朝建立之初，深怕书院讲学传播反清复明思想，于是对书院采取抑制态度，提出“不许别创书院，群聚结党，及号召地方游食无行之徒，空谈废业”，使山西书院一度沉寂无闻。但由于书院历经唐、宋、元、明数代，在士大夫阶层和一般知识分子中有很深的影响，清统治者虽加以限制，却很难全部禁止，朝野上下兴复书院的呼声不绝；又由于书院承担着祭祀孔子及程朱等先贤的功能，部分书院还以程朱理学作为教学活动的主要内容，这与清廷尊孔崇朱的文化政策相吻合，所以，清廷在宣布禁止别创书院的同时，并未宣布取缔原有书院。到康熙年间，清廷为进一步巩固其统治，笼络知识分子为其统治服务，一改过去禁止书院的政策，由消极抑制变为积极复兴与加强控制相结合，书院逐渐复兴和发展起来。从康熙时期开始，山西像全国一样，迅速掀起修复与创建书院的热潮，一批明朝旧书院，如太原三立书院、太平龙门书院、永济河中书院、泽州体仁书院、芮城文学书院、运城河东书院等相继修复扩建，开始收徒授业。同时，一大批新书院破土兴建。
2.雍正、乾隆年间
雍正初期，又出现过抑制书院发展的迹象，雍正四年（1726）皇帝曾说：“设立书院，择一人为师，如肄业者少，则教泽所及不广；如肄业者多，其中贤否混淆，智愚难处，而流弊将至于藏垢纳污，如释道之聚处寺庙矣。”于是令书院改为义学延师授徒，以广文教。对书院既不废弃，也不提倡，对官方设立书院之议，严加拒绝，所以书院发展较慢。在雍正前三年中，山西新建了5所书院，说明这一时期书院处于禁而不止的局面。雍正皇帝不得不调整其书院政策，雍正十一年（1733）明令各省省会均设立书院，并各赐帑金一千两以为经费，大力提倡官办书院。于是各省会至府、州、县乃至乡镇，书院蜂起。即使经济能力不够，不少州县也把过去的义学挂牌为书院，或是官办，或是民办。在此期间，山西巡抚将三立书院重加修缮，更名为晋阳书院。乾隆即位后，书院政策日益开放，他认为书院“实即古代侯国之学”，应为一方教育和学术研究之中心，各省督抚须加强控制，慎选山长、生徒，并对其中优秀者“酌量议叙”，“举荐一二，以示鼓舞”。极大地鼓励书院的创办和生徒的刻苦进取。这个时期官民创建书院蔚然成风，不少社学、义学也改为书院，山西的书院达到了空前的繁荣，其数量之多，规模之大，范围之广，办学条件之好，均为历史最高水平，超过了历史上任何时期，是山西书院发展的兴盛时期。
3.嘉庆、道光、咸丰年间
嘉庆、道光以后，清政府内忧外患，经济凋敝，政治腐败，文化事业一落千丈，在太平天国起义的打击下，很多省的书院遭到毁坏。山西地区战乱较少，局面相对安定，但是因为政治腐败和资金日益短缺，山西创建书院的盛况已经不再，新建数量开始下降，书院规模越来越小，经费日渐短缺，加上山西连遭几次自然灾害，书院学田渐渐荒芜，如古县（原岳阳开运书院）“岁遭大祲，土田荒废，佃役流亡，每岁所收，入不敷出，几有废弛之虞”；洪洞玉峰书院“佃种拖欠，久渐废弛”；万泉方山书院自道光三年（1823）重修后，不长时间即“学舍倾圮，废坠者六十馀间”。嘉庆、道光、咸丰时期，山西约有数十所书院先后废弃，幸存者也是勉强维持。
4.同治、光绪年间
太平天国革命打乱了清廷的统治秩序，通过第二次鸦片战争，清朝政府虽然勉强保住了政权，但已经没有能力恢复正常的统治秩序了。大乱之后，人心的安稳必须有赖于政治与文化的修复和勃起。“同治中兴”变革的思路，仍然是在考虑如何恢复封建政治统治，而且在民族整体意识里，恢复的价值远远高于改革。是时，“天子方垂意斯文，封疆大吏咸承上意，兴书院以教育人才”。清政府下令各省督抚清理书院财产，企图恢复旧有的书院。各地督抚都争相招揽人才，恢复科举考试。这样，山西书院的数量一度回升，新建了不少书院。
清代山西书院的特点
1.清代山西书院数量统计：根据《中国书院史》的统计，可知清代新创建3878所书院，分布在全国31个省区，其中山西新建、重建书院共计184所，名次在全国为第14。说明山西书院建设整体发展呈良好态势。
2.清代山西书院的区域分布：在山西的州县中只有太原府的岚县、大同府的山阴县没有兴建书院的记载，其他地区每个县都有书院，且不止一所，即使是晋北一些文化教育比较落后的地方，也有了很大发展，可见书院在山西的分布是广泛的。可以说，不管是人口稠密、经济发达、文化教育兴盛、交通便利、有着良好的自然地理环境的区域，还是人口稀少、交通不便、经济落后和自然地理条件恶劣的区域，修建书院都成为山西各地官吏、士子热衷的大事。这一时期，伴随着社会经济的发展，官方在书院建设中所起的作用的强化，使得著名的书院大多位于府州官署所在地，在当时较为著名的有：晋阳书院、河东书院、令德堂书院、莲池书院、云中书院、平阳书院等。
3.清代山西书院的时间分布：书院数量最多的是乾隆朝，其次是康熙朝，第三是光绪朝，三朝合计占历代书院总数的48%。清康乾时期，山西书院达到了空前的繁荣。
4.清代山西书院建设力量的对比分析：据《中国书院史》统计，就全国来说，官办书院占56.67%，民办书院占24.11%，加上创建人不详的，那么民办书院的比例就从24.11%上升到42.7%。可见，清代官民两种力量的对比，实际上维持在大体平衡的状态。但在山西，官办书院比例要高于全国，在184所书院中，民建书院37所，创建人不详的约10所。比较著名的书院大多属于官办性质的，大部分书院官学化了。
5.清代山西书院与科举的关系：大多数书院逐步将办学重点放在科考上，书院已逐渐成为科举制度的附庸。
6、改革时期的山西书院
清代中后期，为了适应变化了的学术形势与教育需求，省级书院又有新的发展，除原来省会书院之外，又增设了一些在全省或两省范围之内招生的新生代省级书院。这批新兴的省级书院其创建的目的，或是以经史实学去救书院坠落为科举附庸的流弊，意在返回传统，推古求新，重振书院事业；或是讲求中学，引入西学，试图以中西结合之方，为传统的书院事业注入新的活力；或以讲求新学、西学为主，尝试着将中国古老的书院制度和西方近代教育制度接轨沟通，书院相继出台了一些改章改课的措施，以顺应时代的发展变化。这批书院皆是改革的产物，记录着书院制度由古代走向近代的历程。清光绪八年（1882）山西巡抚张之洞奏准，选定太原府署之北宝贤堂旧址（今实验中学东侧）筹建的令德堂书院，就是这种性质的书院。
由于民族危机日益加深，于是变法自强，改革陈旧的教育体制，发展新学，成为朝野上下共同的呼声。光绪二十二年（1896）山西巡抚胡聘之等在《请变通书院章程折》中指出：“近日书院之弊，或空谈讲学，或溺志词章，既皆无裨实用，其下者专摹帖括，注意膏奖，志趣卑陋，安望有所成就？”建议以令德堂为改革试点，改变书院制度。并提出：裁汰书院学生名额；修订原有的书院章程；改革课程设置，诗文等课酌量并减，除经史外，兼学算学、格致等有用之学；另立水师、武备、船炮、器械及工技制造等类学堂。此奏经光绪帝批准施行。光绪二十四年（1898）经巡抚胡聘之奏准，将令德堂改为山西省会学堂，书院山长改称学堂总教习。增聘西学副教习，按《京师大学堂章程》实行中西并课。除经史为必修课外，增设政治时务、农功物产、地理兵事、天算博艺等4门日课。学生人数由原来的50名扩增到了120名。但由于戊戌变法失败，书院改制也以失败而告结束，书院照旧办理，停罢学堂。
光绪二十七年（1901）书院制度彻底废除。清政府下令各省所有书院，于省城改为大学堂，各府及直隶州改为中学堂，各州县改为小学堂。光绪二十八年（1902）由山西巡抚岑春煊奏准设立山西大学堂，在晋阳书院和令德书院的基础上，成立了山西大学堂。令德堂的肄业生转入山西大学堂，并接收了部分晋阳书院的学生。晋阳书院山长谷如墉为大学堂中学专斋总理，教习田应璜、张友桐等，都是令德堂早年的毕业生，令德堂实际上为中学专斋的创建准备了教学和师资条件。随即山西各府、州、县的书院也相继改为中学堂或小学堂。至此，延续了千年之久的山西书院走完了它的最后历程，彻底退出了历史舞台，山西近代教育在书院的基础上逐渐拉开了序幕。
山西书院从兴起、发展、完善到最后废止，经历了近千年的历史演变过程。在这个过程中，它有过蓬勃发展的欢欣，也有过惨淡经营的辛酸有过济济一堂的弦歌笑语，也有过墙倒屋圮的颓败荒芜。山西书院对三晋文化乃至中华文明的发展起到了不可替代的促进与积累作用。
