正当袁崇焕等在辽东边防前线艰苦奋斗，苦心经营，励精图治的时候，明王朝的政局却一天天败坏下来。明王朝中的实权派、宦官集团的头子魏忠贤见边防战事形势有所好转，利用熹宗昏庸无知，勾结朝臣，朋比为奸，其势力日益膨胀。
他担任司礼监的秉笔太监，掌握了在内阁代皇帝草拟的诏旨上用朱笔加批的大权，实际上是代替皇帝处理政事，从而裁决朝政。
他又亲任东厂的提督，取得了特务机构的指挥权。其他军权、人事权、财权也几乎全部掌握在他手中。而此时，熹宗则终日热衷于引绳削墨，以做木匠活为戏，对国事全然不予过问。天启初年被东林党排斥的一批腐败官僚看到魏忠贤权势很大，就纷纷投到他的门下，谋求功名利禄。当时有“王虎”、“王彪”、“十狗”、“十孩儿”、“四十孙”等名目。各地巡抚、巡按又纷纷给魏忠贤建立生祠，并且“曲意献媚，务穷工作之巧”，少者花费银两几万，多者几十万。顺天巡府刘诏谒祠时，见魏忠贤像，甚至行五拜三叩首礼。当时魏忠贤权倾朝野，确实是“义子满朝廷，生祠遍天下”。这样，就形成了腐败官僚与宦官互相勾结的阉党和极端混浊的政治空气。阉党把自己的党羽顾秉谦、魏广微等安置在内阁中，同东林党人争夺权力。天启四年（1624年）九月左副都御史杨涟首先弹劾魏忠贤的二十四大罪，左光斗等东林志士群起响应，魏忠贤大兴党狱。阉党排去首辅叶向高、韩爌等，又编造黑名单，如大学士魏广微编的“邪人”、“正人”名单，工部侍郎崔呈秀所编的《天鉴录》、《同志录》、《点将录》等，有计划地陷害、屠杀东林党人。阉党横行，炙手可热，建立了以魏忠贤为首的阉党专政。
叶向高、韩爌既是东林领袖，又是当时的人所共望。他们被迫辞职，意味着“君子道消，小人道长”，吏治边防，江河日下。这不能不引起袁崇焕的极大忧虑和孤立无援的感觉。他在《叶台山相国乞归得请，赋诗寄之》诗中说：“先生今竟去，世事更堪忧。举人疑高马，无人为丙牛。乞身原贵早，屈指势难休。肯为苍生计，艰难再少留？”诗中指斥魏忠贤之奸，比喻其为心怀叵测、指鹿为马的赵高；痛惜叶向高之离去，慨叹朝中少了燮理阴阳、过问牛喘的贤臣丙吉。他虽然知道政局败坏，为个人考虑乞请归去应该早提出，但为了国家社稷的安危，还是希望叶能够留在朝中，勉为其难。末尾二句恳切慰留，情见于辞。然而，事实上袁崇焕自己又何尝不是在“乞身”与“难休”的矛盾中稍事停留呢？
阉党是统治阶级中最腐朽、最反动势力的代表，为了排除疑己，他们不惜颠倒黑白，破坏边防，冤杀将帅。为了对东林党人杨涟、左光斗进行政治陷害，竟然诬陷栽赃他们接受熊廷弼的贿赂，对他们严刑拷打，竟将他们残害至死。阉党毫无人性的专政，加深了苍生的灾难，也削弱了抗金的力量。
孙承宗是东林干将之一，德高望重。起初，魏忠贤想拉拢他，使其依附于自己，成为自己的党羽。于是曾经派太监刘应坤等同孙承宗联系，不料孙承宗置之不理，魏忠贤因此大为恼火。不久，魏忠贤又排除了东林党人赵南星和高攀龙。孙承宗得到这个消息，本想送上奏本，向皇帝力争，但是考虑到奏章上去，未必能够送到皇帝手中，于是打算入朝面奏，却又遭魏忠贤、顾秉谦等所阻，没有能够成功。接着阉党分子崔呈秀等连续上书攻击孙承宗，孙承宗因此上书求去。恰九月里马世龙因误信传闻，派兵袭击耀州，在柳河受到金兵的掩杀，死了400多人，谄附阉党的朝臣纷纷弹劾马世龙和孙承宗，孙承宗就此决意辞职。袁崇焕看到阉党势力日益猖獗，正直的朝臣纷纷遭到迫害，连在边疆上的孙承宗也受到排挤，觉得边事实在无法继续支撑了，就也想和孙承宗一同离去。他每次见到孙承宗，都痛哭流涕，要求辞职。天启五年（1625年）十月，孙承宗辞职获准。孙承宗的挂冠而去，对袁崇焕等几年来奔走风霜、驰驱险恶的边将无疑都是极大的打击。
继任经略是兵部尚书、阉党分子高第。高第是一个没有骨气，没有胆量的小人，一贯反对守关外的政策。他一到任就言道：“关外必不可守。”下令把刚刚建立起来的锦州、右屯诸城的防御设备全部撤离，守城将士全部撤到关内，只把关外作为巡哨侦察之用。袁崇焕向他据理力争：“兵法有进无退，锦州、右屯、大凌河是前锋要冲，三城既已恢复，决不可随便放弃。如果锦州、右屯稍有动摇，那么宁远、前屯必然震动，山海关也失去了保障。现如今只有选择良将，加强守备，派左辅守大凌河，樊应龙等守右屯，更令一将守锦州。三城屹立，一面防守，一面待机前进。这样，不但能够坚守宁锦，而且还能恢复全辽。”但是，高第不听，并且要把宁远、前屯卫的守备也一齐撤掉。袁崇焕斩钉截铁地说：“我是宁前道，既然做这里的官，就应该死在这里。我坚决不走！”高第没有办法，只得把宁、前二地保留下来。但是锦州、右屯、大小凌河、松山、杏山诸城的守备全部撤掉了。撤退的时候，“委弃米粟十余万，死人载道，哭声震野”，弄得“民怨而军益不振”。袁崇焕先已看到边事无法支撑，想和孙承宗同去，现在又眼见自己花了数年心血建立起来的宁锦防线无端破坏了，非常愤慨。特别是魏忠贤为了安插私人，控制边防力量，曾经派了许多监司到辽东来，使他不能很好地行使职权，以至“将吏之更置不得知，兵马之虚实不得问”，更使他苦恼万分。
恰巧不久前，他的父亲去世了。他在接到家信以后，就呈准上级回家守制，并且办好了移交手续。可是从他做邵武知县起到现在担任宁前道，始终保持着廉洁的操守，没有半点积蓄，这时他离职回家，竟穷得连行李盘川都没有。幸而有许多同僚赠送盘资，他酌收了一部分，才勉强成行。不料行到丰润，接到圣旨，不准他归家守制，命他回去照供旧职。当时，他极不情愿，就连续三次上疏请求回家料理丧葬。由于阉党暂时还要利用他守卫边疆，三次都没有批准他的要求。他不得不遵旨回任。袁崇焕在回任时上疏说明自己坚持离职的原因说：“臣不能与不应手之人而任”；“闭关而守，无名示弱，臣不能任也”；“日日恢复，日日延挨，臣不能任也”。又说：臣任之，非但谨守宁前而已也，必将整练兵马，广开屯种，“以天下复辽东，以辽东还天下”。这些话明白地表示了自己不能和不应手的阉党共事，也严正地指出高第撤关外、守关内的主张是“无名示弱”，是“日日恢复，日日延挨”，并且提出和高第完全相反的意见。他当时还是一个参政兼兵备副使衔的监军道，竟敢同顶头上司兵部尚书辽东经略相对抗，这充分说明了他对边防事业的勇于负责以及不计较个人得失、无所畏惧的精神。不但如此，对魏忠贤随意安插私人党羽，滥派监司，使他无法行使职权一事，他也愤怒地提出抗议和警告。他说：“此中锋镝之场，勿以为功名之地！辽阳、广宁皆以官多不和而败……前覆可鉴！”这分明是对炙手可热的魏忠贤及其同党加以指责，说他们不应以边疆为猎取功名、培植党羽之地。在当时，能讲出这样的话来，是需要有很大的勇气和决心的。可是清初修撰的《明史》却记述袁崇焕曾在宁前为魏忠贤建过生祠。以袁崇焕与东林党人的政见相符，又一再受到东林党的器重和提拔，与东林党的关系极为密切等情况看来，《明史》的记载显然有误。袁崇焕的奏疏送上去以后不久，阉党为了敷衍他，就在这一年十二月升他为按察使，让他照旧负责宁前的守卫工作。
后金努尔哈赤看到孙承宗被排挤，新任经略高第仓惶退去、懦弱无能，认为明军不能坚守关外。他们又看到袁崇焕在宁前孤立无援，兵力单薄，认为若此时发动进攻，一定可以攻下宁远城，而且可以乘胜直取山海关，打开进攻北京的通道。于是利用锦州、右屯守军撤退，局势混乱，人心不稳的时机，于天启六年（1626年）正月，努尔哈赤以倾国之师十三万人大举渡过辽河，向宁远进攻。那时候，袁崇焕部下只有一万多人，仅及金军的十分之一，关外人心惶惶。明王朝政府接到警报以后，召集群臣，商议战守事宜，大家却都想不出一个好办法来，众人皆认为宁远城绝对是守不住了。经略高第和总兵杨骐都带着兵将守在山海关上，不敢发兵救应。正月二十三日，努尔哈赤带兵越过宁远城5里，在通往山海关的大路上扎营，截断明军的退路，将宁远围得水泄不通。努尔哈赤派人向袁崇焕劝降说：“我带了三十万大军，来攻宁远，把城拿下来是绝不成问题的。你们如果来降，就给你们做大官。”袁崇焕早已下定与城共存亡的决心，毫不动摇地回答说：“你们无故向我们进攻，是什么道理！宁远城是我们的地方，既经我们修复之后，当然应该死守，岂有不战而降之理！”接着又说：“你们所谓三十万大军，实际不过十二三万，我们也不会比你们少！”这表现出威武不屈的大丈夫气概。为了激励士气，袁崇焕同总兵满桂，副将左辅、朱梅，参将祖大寿，守备何可刚，通判金启等召集将士，誓死守城。并派满桂守东面，左辅守西面，祖大寿守南面，朱梅守北面，分区划守，相互支援，满桂还负责提督全城。他又亲自刺血写书，对将士下拜，还拿起一把草，放在嘴里咀嚼，并且吞咽下去，对众人说：“如能同心死守，我愿意来生变作牛羊，报答大家。”众将士一向爱戴这位同士卒共甘苦的监军，读了满纸忠愤的血书，眼见袁崇焕吃草的行动，都感动得流下泪来，纷纷向袁崇焕表示：愿意与君以死报国。于是袁崇焕留下自己的母亲和妻子，以示自己准备牺牲和抵抗到底的决心。
袁崇焕早已探明后金动向，积极做好各项战前准备。一是坚壁清野。他令城外几处守军全部撤回城内，下令把城外房屋全部烧掉，令城外居民带着一切守城用具进城。二是赏罚分明。他亲自椎牛、杀马慰劳将士。他还将城中全部库存白银置于城上，声言：有能打退敌兵，不避艰险者，当即赏银一锭，如临阵退缩，则立斩于军前。他还通知前屯及山海关守将，不准放过一个逃兵入关。三是察捕奸细，全民参战。袁崇焕命人沿街巡逻全城，对乱自行动和擅自下城的人即行正法，不放过一个可疑之人。命通判金启编派民夫，供给将士饮食，运输物料、矢石、火药。四是启用大炮，准备火器。城中存有仿西洋新造的所谓“红夷大炮”，从未使用过，此时也架上城头，各类火器一应准备齐全。金启还将火药匀筛于席或被子上卷起，实战时抛至城下，射火药将其引燃，号称“万人敌”，专治城根大炮死角之敌。待森严壁垒，一切准备就绪之后，人心开始安定下来。
二十四日，袁崇焕与朝鲜使者同坐战楼，谈古论文，颇有诸葛武侯的儒将风度。是夜二时，忽闻一声炮响，后金开始攻城，八旗兵丁漫山蔽野而来，先扑西南城角，被明军猛烈的矢石和西洋大炮击退。接着，努尔哈赤又派精锐的战士，披着双重铠甲，推着铁裹车撞城，每一次撞击，都发出巨大的响声，使城垣受到震动和破坏。后来又用像云梯一样比城还高的车子向城垣猛冲。这种车子上面有几寸厚的木板遮蔽，外面裹以牛皮，下面伏着兵士。在这种车子的掩护下，金兵冲到城墙下挖洞。这时，城上矢石像雨点一样地打将下去，打死众多的金兵。但是，金军进攻得久了，城基凹了进去，金兵躲在里面继续挖城，城上的矢石却打他们不着。袁崇焕就及时指挥部下，把预先准备好的大木柜抬出来，一半搁在城垛里面，一半露在城墙外，让兵士伏在木柜内，向下投掷石块，这样，消灭了城底的死角，更容易命中目标。可是金军仍继续冲到城下挖城，经过好长时间，城垣有三四处被挖凿开来了，所凿洞有二丈宽，城墙险些堕倒。袁崇焕奋不顾身地站在士卒的前面搬运石块堵塞缺口，不幸身上连续两处受伤，部下都劝他退下前线，他厉声说：“别看区区宁远城，它是国家生死存亡的关键。宁远失守，几年以后，我们的父母兄弟都要成为金人的奴隶！到那时苟且偷生，有何乐趣！”说罢撕开自己的战袍，包扎好左臂的伤口，更加用力搬运石块。众将士见此，无不感奋，争先恐后地掩护着他，缺口被迅速地堵塞起来。此时，藏在柜中的明军兵士，将柴草、棉花、庄稼秸杆浇上油脂，点燃向城下金兵投去，加上金启的“万人敌”，油脂、火药很快燃烧起来，而且烧得很猛烈，金军愈是想扑灭，愈是烧得厉害，城下金军的车子很多，拥塞在一起，金兵想走也走不脱。结果，金军兵士有好多被烧死，车子大都被烧坏，后金损失惨重，只好败退下去。第二日，金军又来攻城，袁崇焕下令发西洋大炮。炮一发，只见数里之外金兵狂奔不止，上百人毙命，一发就炸开很长的一条血渠，又使金军死伤了一大批人。如此，连续激战三日，金军三攻三败，最后因伤亡过重，只好解围而去。努尔哈赤本人也在这次战役中受了伤，这是他对明朝发动进攻以来的首次失败。他气愤地对人说：“我自25岁用兵以来，战无不胜，攻无不克，怎么一个宁远孤城竟攻不下来！”努尔哈赤在退回到辽河以东之后，过了几个月，终于因为心情抑郁，伤势严重，不治而死。明军方面也伤亡惨重，后金攻宁远不下便踏冰席卷觉华岛，岛上数万军民全部遭难身死，船只粮刍亦尽数被焚毁。但经过一场恶战之后，宁远城仍岿然屹立，后金“辫子兵”不可战胜的神话终于被打破了，朝廷内外为之欢欣鼓舞，袁崇焕一举成为中外瞩目的名将。
宁远战役，明军以少数兵力，抗击十余万后金军队，经过激烈的战斗，终于取得胜利。这个胜利奇迹的出现，固然有努尔哈赤久胜骄心日盛，对袁崇焕的防御力量估计不足的原因，另一方面，也由于袁崇焕领导的正确，成竹在胸，指挥若定，善于激发全城军民的爱国热情，从而得到全城军民的积极支持。例如，袁崇焕的部下管理屯田的金启是一个文官，战役开始的时候，他负责战士们的饮食供应，后来，在战斗激烈时，也投入了战斗，最后，因燃放“万人敌”时误被火药烧死。此外，城里的居民，甚至妇女和孩子也都被动员起来，替战士送饭。每当战士杀伤敌人，妇女们就在城上呐喊助威，鼓舞士气。这些都说明了当时战斗的猛烈和军民一致团结御侮的情况。正是因为军民一心，同仇敌忾，才能取得宁远保卫战的胜利。
袁崇焕的誓师动员工作很值得一说。他首先采取了刺血、下拜、吃草等一系列不寻常的行动：刺血显示了统帅的决心，足以振奋士气；下拜能使部下感动激奋，愿意为之效死；吃草表示自己愿化为牛羊，报答同心死守的将士。其举能激发将士悲愤的情绪。《老子》中有“抗兵相加，哀者胜矣”之语。“哀”，就是悲愤的意思，这对于鼓舞将士的勇气，燃起将士心中敌对的情绪，克制恐惧，特别是摆脱明军屡次失利所产生的对“辫子兵”的畏怯心理，能起到很大的作用。以上可谓动之真情。袁崇焕负伤以后，他不下前线，仍然身先士卒，搬运石料，这是以身作则，用自己的实际行动为将士树立愿意为国捐躯的光辉榜样，以激励士气，可谓喻之以事。接着，他又说：“别看区区宁远城，几年之后，我们的父母兄弟都要成为金人的奴隶了。”这一方面指出宁远保卫战的重要意义，一方面指明宁远战役万一失败的危险前途，使将士懂得为了保卫父母兄弟，维护民族尊严，只有誓死守城，别无其他抉择。特别是用过去无数汉人被金兵屠杀或掳去当奴隶的血的教训，燃起士兵的复仇怒火，使他们奋起抗争，保家卫国。这跟《孙子·作战篇》所说的“故杀敌者怒也”、《九地篇》所说的“无所往则固”、“不得已则斗”的精神是完全一致的。以上可谓晓之以理。袁崇焕通过情、事、理三条渠道来进行战斗动员，激发他们的爱国热情，无怪乎人人奋勇，个个争先，同仇敌忾，众志成城，取得辉煌战果。
最后，还有不容忽视的一点就是这一战役的胜利还应归功于正确的战术措施。与袁崇焕同时并且通晓军事的科学家徐光启在崇祯二年皇太极进攻北京，明朝政府讨论如何保卫京城，是在城上坚守，还是在城外扎营时，曾经总结过辽东作战的经验。他认为：“现在守城，全靠火器……过去袁应泰守辽阳，不出一兵，歼敌万余。两者相较，守城是上策。”思宗采纳了徐光启的主张，作出了守城的决策，皇太极在坚城大炮之下，惟恐重蹈努尔哈赤的覆辙，不得不放弃北京，转往涿州、良乡骚扰。由此可见，袁崇焕凭坚城、用大炮的战术确是屡行屡效，为敌所惧的。
袁崇焕这一战术是从当时实际情况出发的一大创造。因为：1、后金军队久经锻炼，长于骑射，明军战马缺乏，野战训练较差，明军以弱敌强，不得不借助于城堡，凭借有利地形，运用西洋大炮，加强守卫，从而避免对己不利的野战，而强迫敌人攻城，舍其所长而用其所短。2、当时比较进步的火器——西洋大炮是明朝单方独有的。到崇祯四年以后，后金才有这种武器。当时后金攻城的方法，只能凭勇敢用云梯攻城，或用高大的战车撞城，派战士在战车的掩护下挖掘城基。如果城堡筑得坚固，城上防守严密，是可以把城守住的。特别是当敌人尚未冲到城下时，可以居高临下，用大炮向密集的敌人轰击，造成敌人的大量伤亡。史书有大炮一发，“糜烂数里”（平射可达十五里）的记载，可见大炮威力之大。这种坚城大炮的战术，对后金来说的确是一个难题。努尔哈赤《兵法》说：“至于城郭当视其可拔者攻之，否则勿攻。倘攻之而不克，反损名矣！”事实上，努尔哈赤在袁崇焕这一新的战术面前，确实损了威名。
这一次胜利的意义是巨大的。首先是粉碎了敌人进攻宁远和山海关的计划，确保了边境的安全，解除了首都的威胁；其次是严重打击了金军的气焰，扭转了过去若干年明军屡战屡败的形象，增强了军民胜利的信心。清朝官修的《明史》说：“我大清举兵，所向无不摧破，诸将罔敢议战守。议战守，自袁崇焕始。”清朝人魏源著《圣武记》也说：“崇焕以关外孤城，抵敌十倍之众，卒能以少胜多，以弱胜强。”可见，即使站在清朝立场上讲话的人也不能不承认宁远战役明军胜利的重大意义，给予袁崇焕以较高的评价。
由于宁远保卫战的胜利，袁崇焕的威信更高了，当战事发生后的第十天，捷报传到北京时，本来认为宁远必不可守的人都额手相庆。阉党这时也不能不敷衍袁崇焕，任命他兼任右佥都御史，其他守城将领也都得到奖励。这一年三月，明政府又以袁崇焕为辽东巡抚，后又被加任兵部侍郎衔。阉党一方面不能不利用他，一方面又派太监刘应坤、纪用出镇辽东，来监视他。袁崇焕虽然上疏，对阉党这种掣肘、削弱边防力量的行为表示严重的抗议，但是阉党置之不理。这时，高第因为不救宁远被弹劾去职。继任辽东经略的是为一阉党分子王之臣。王之臣与高第一样，是个逃跑主义者，始终主张放弃辽东等地。因此，同袁崇焕意见不合。有一次，袁崇焕调动将领，事先没有和他商量，他更对袁崇焕不满。后来，阉党虽然对袁崇焕稍作让步，把关内外的防地作了明确的划分，命王之臣专督关内，袁崇焕和刘应坤负责关外。但是袁崇焕明了阉党的排挤打击迟早要落到自己身上，恢复大计能否完成毫无把握。因此，忧虑重重。他当时写了《偕诸将同游海岛》诗，倾吐了胸中的郁愤：
战守逶迤不自由，偏因胜地入深愁。
荣华我已知庄梦，忠愤人将谓杞忧。
边衅久开终是定，室戈方操几时休？
片云孤月应肠断，椿树凋零又一秋！
在这首诗里，已经看不到像《边雨》诗那样高昂的情调，而只是忧国伤心时的深沉悲叹。他明白说出了受到牵制不自由的苦况，表示了自己并不是为荣华富贵而来，而是想对边防事业有所贡献，可是自己一片忠诚谋国之心却不为人所重视，而被看作杞人忧天。那么，自己恢复失地的素志到什么时候才能实现呢？因此每到山川形胜之地，总加深了忧愁。最后，又叹息国家的忧患不在外而在内，因为如果仅仅是边衅，总还可以解决；但是阉党陷害正直的大臣，同室操戈，必将使边患更加严重，后果不堪设想。此时他已升任巡抚，在五年之内由一个知县做到封疆大吏，如果是一个贪图功名之人，必然会感到高兴，可是他却因为政局的变化无常，把富贵功名看作梦幻，为内政和边防的问题而感到苦闷忧愁，这就再一次表明了他热心为国的真挚感情。
他明知这种处境对自己很不利，但是为了保卫边疆，不惜委曲求全。他在《陈辽事治标治本之法疏》中一方面说明自己的作战方略（用辽人宁辽土；且守且战，且筑且屯；坚壁清野以为本，乘间击暇以为用），一方面要求朝廷对他信用到底，使他能够顺利地按照原定计划，巩固边防，收回失地。这个奏疏上去之后，虽然得到“优旨褒答”，但是事实上他并没有真正得到信任，他的战略思想也不曾得到当权者的真正理解。
天启六年（1626年）八月，努尔哈赤死了。他的诸多儿子为了争夺汗位，展开了激烈的斗争，最后第八子皇太极取得胜利，继承了汗位。此时皇太极的政权还是不巩固的。袁崇焕就利用这个时机，派人到后金去试探虚实。目的是：（一）探明努尔哈赤的死讯是否真实。（二）了解后金新的统治者对明朝的态度，以便研究对策。（三）设法离间努尔哈赤的许多儿子，以便引起他们的内讧，削弱金人的力量。（四）乘机解决长期作战所必须解决的军粮问题。因为中前所、前屯卫、中后所、宁远等四城虽然连绵200里，但北面是山，南面是海，宽不过40里。而宁远地区粮食缺乏，必须仿照孙承宗时行之有效的办法，向锦州一带推进，并移商民大开屯田，才能解决军饷民食的问题，免去后方转运粮食的困难。但是要开屯田，必须修筑城堡来保障。因此，他主张兴筑锦州、中左所、大凌河等城。为了保证城堡能顺利地修筑，不致遭到别人的袭击，他想利用与对方谈判的办法，作为掩护。因此，天启六年十月，派都司傅有爵、田成和五台山喇嘛镏南木座（即李喇嘛）以吊丧为名，到后金试探虚实，并约略表示“修好”的意思。事前，他曾把谈判计划向明政府请示过，所以他这样做是秉承明政府的意旨的。派人去后，果然不出所料，皇太极也派人向李喇嘛表示愿意“讲和”。这样，双方的谈判就开始了。
袁崇焕一面同后金谈判，一面就在这一年冬天，亲自和刘应坤等到锦州、大凌河一带巡察，并派赵率教大兴屯田。他们不断地向东推进，扩大了屯田面积，逐渐恢复了高第放弃的土地。袁崇焕、刘应坤甚至魏忠贤都因此受到明政府的奖励。袁崇焕这时又上疏说：“辽东局势败坏，虽由于人心不稳，但也因为失去险要地形，无从稳定人心。我们军队不利于野战，只有凭坚城、用大炮一法。现在关外四城既已修好，就应该再修松山等城……”
从这道奏疏中可以看出：经过实践的检验，袁崇焕对“凭坚城、用大炮”的战术已经充满信心，把它作为一条指导思想确定下来，并正式向朝廷作了汇报。同时，除了固守原有的阵地以外，他还要继续修建城堡，向松山等地推进，以逐步恢复失土，为将来的战略反攻准备先遣部队和前进基地。这种利用城堡来向前挺进的办法比利用城堡固守阵地又前进了一步。
奏疏呈上以后，朝廷批准了他调拨地方部队前往筑城的要求。天启七年（1627年），后金因连年用兵，粮食不足，想缓和一下与明朝的关系，抽出力量来向别的方向发展。因此，又遣人来联系“和谈”。这时明朝政府已经将王之臣召回，以关内外专属袁崇焕，命他和镇守太监刘应坤、纪用一并见机行事。袁崇焕看到后金派人来联系，便将计就计，一面派人带着文书去谈判，一面乘机派兵修缮锦州、中左、大凌三城。只是后来形势变化，明政府指令袁崇焕派兵作战，谈判才又停顿下来。
在和谈开始时，对袁崇焕不满的人就乘机大肆攻击。一贯反对袁崇焕的阉党分子王之臣甚至说道：“这是重蹈历史上北宋的覆辙，陷于宋人自愚自误之弊。”其实，袁崇焕的“和谈”不过是“敌人以和谈愚弄我，我也以和谈愚弄他”的策略，目的在于修筑城堡，开辟屯田，以便将来持久作战。既不是消极后退，更不是向敌人乞降。这和北宋统治者自己不敢抗金，又不许人民起来抗击，无耻向敌人献金割地的情况是毫无共同之处的。我们只要看谈判过程中，袁崇焕坚决拒绝了皇太极提出的“关内归明，辽东（指辽河以东）归金，辽西（辽河以西）城堡不得修筑”，作为缓冲之地的无理要求，而提出了交还辽东，送还被俘官兵等和谈条件就可以知道。
在这次“和谈”中，袁崇焕没有来得及把大、小凌河等城池完全修复，却已把锦州城修好，把宁、锦防线重新建立起来，大致恢复了孙承宗时代的情形。这座锦州城后来虽曾一度被阉党放弃，但在重修以后，一直到清兵入关（1644年）的前二年才告沦陷。这是袁崇焕利用这次“和谈”得到的收获。当他为了“和谈”受到攻击，为了分清是非，曾经上疏说明与后金谈判的原因，说：“锦州、中左、大凌三城一定不能停止筑防，已经召集商民广开屯种，倘若未筑好而敌人已来，势必撤退，那就是功败垂成！所以乘敌人有事江东，姑且以和谈之说作为缓兵之计。敌人来了，则三城已经筑好，战争又在关外400里外，边防就更加巩固了。”
明确说明了“和谈”是利用缓兵之计，修筑锦州等三城，巩固关外的防御。这个奏疏上去以后，明政府虽然“优旨报闻”，但后来这和谈一事，还是被阉党残余用来作为攻击陷害袁崇焕的一个口实。
利用城堡向前推进，大兴屯田，逐步解决军食问题，雇辽人为兵，逐步解决兵力不足的困难，做到“以辽人守辽土，以辽土养辽人”，“以天下复辽东，而不疲天下以事辽东”。这是袁崇焕的恢复大计，也是他指导战争全局的战略思想。这种战略思想，无疑是正确的。崇祯前期，御史郝晋提出：“万历末年，综合九边军饷，不过280万。现在加派辽饷900万，剿饷330万，业已停止。不久又加练饷730余万。自古有一年搜刮2000万输送京师，又搜刮京师2000万输送边疆的吗？”确实，明朝亡于民务财尽，而修筑城堡，开辟屯田，不失为救时良策。可惜辽东将帅除了孙承宗、袁崇焕等人外，大都见不及此。有的还要把关外拱手让人，有的惟恐开辟屯田，刺激了敌人，不敢有所行动。而像孙承宗、袁崇焕这样的人才，或者有而不用，或者用而不专，或者专而不信。结果，人民遭殃，民族受难，国家亦随之覆灭。反之，如果袁崇焕等始终得到信用，那么辽饷的加派可以渐次减免，人民的负担可以逐步减轻，阶级矛盾可能趋向缓和，“剿饷”、“练饷”可以不必征收，农民起义的次数就可以逐步减少，明王朝的统治可以延长，满族入主中原的可能性就会大大减少，甚至会完全没有这种可能。由此可见，识别人才、爱养人才、信用人才是极端重要的。
