在大清国，李鸿章被任命为直隶总督兼任北洋通商大臣，开启了自强运动的一个新阶段。在欧洲却是德意志统一战争的最后阶段——普法战争爆发，掀起一场冲击全球的军事变革大潮。
有的读者就不免要质疑了，二者遥隔万里，风马牛而不相及。有关联吗？难道仅仅因为某些西洋人曾经把李合肥称为东方之俾斯麦，就扯普鲁士出来说事？
风云激变
之所以桦山一行临时决定分道扬镳，是因为他们忽然得到一个“喜讯”，帝国政府终于决定启动征台计划了。于是，这帮人遂临时改变计划，决定分路行动，儿玉一行继续前往奇莱平原，桦山则留下接应远征军。那么，日本政府为什么忽然又改弦更张了呢？
原来，自西乡退隐之后，日本政局就动荡不安。在野的征韩派与民权派组成强大的反政府联盟，严重威胁到维新的稳定推进。出于内部问题外部化的考虑，大久保政权转而支持出兵台湾。
明治七年一月，太政大臣三条实美与右大臣岩仓具视都认为时下“对生蕃兴问罪之师，实为必要的行动”。于是委托参议兼内务卿大久保利通与参议兼大藏卿大隈重信联合草拟了“台湾番地处分要略”。
2月6日，在右大臣岩仓具视的家中召开了台湾议题的内阁会议。正式决定出兵。
阁议作出后，日本开始落实征台事宜。在太政官内设置了台湾都督府。而李仙得也在3月13日向大隈重信递交了第二十二号备忘录“论占领及对生番之施政”和“论外国人之雇用办法”。31日，李仙得又向西乡从道提出了第二十三号备忘录“论各船舰发缆程序以及雇用外国人着手占据之各方法”。其中很多建议被采纳，为了凸显这次行动的国际性，日本除用李仙得外，还雇佣了美国海军少校克沙勒（随先锋队行动）、美国陆军中尉奥瓦逊（负责建筑阵营）、英国人布朗（负责测量台湾沿海及建设灯塔）、厦门洋行医师曼逊（担任原住民翻译）同行壮胆。
4月，三十一岁的西乡从道由陆军少将升迁为陆军中将，并被任命为“台湾番地事务总裁”——这个名称就非常不同寻常，标举了日本对台湾主权的漠视。同时，陆军少将谷干城、海军少将赤松则良被任命为参军。陆军中佐佐久间左马太、少佐福岛九成为参谋。参议兼大藏卿大隈重信出任台湾都督府事务局总裁。
4月6日，天皇召见了西乡从道等三位将领，并发布敕书，称：日本人受到暴杀，应该兴师问罪，给予相当处分。彼等如不服罪，则临机以兵力讨之。尔后日本臣民一到当地，应思防制土人暴害的办法。此外，天皇还赐给西乡从道西洋马具一套和短枪一组。
4月9日，西乡从道率领日进、孟春两艘军舰从品川港出发至长崎。抵达长崎后，和大久保进行了协商，并致函其兄隆盛，请求支援。西乡隆盛自然大力支持，派出了300名精锐士族，以及由士官为中心组成的信号队（45人），由大仓喜八郎带领的500名各行业工匠前往支援。西乡隆盛还亲自到港口送行，以示激励。
此外，日本远征军还带去了和尚、记者等各色人物，以及182种西洋植物，不仅殖民而且殖植物。表达了日本要长久占领的目的。
此次行动日军总计投入兵力为正规军3658人，另“征集队”295人，“义勇兵”51人。其中“征集队”由为参战而辞职的警保寮官员和巡警组成，“义勇兵”则以志愿征台的士族为主。整支部队对外自称“台湾生番探险队”，真是荒唐莫名。
覆水终难收
就在日本箭已上弦的时刻，外交领域忽然起了波澜。英国驻日公使巴夏礼在4月13日致函日本外务省，禁止日本雇用英国人和英国船。威妥玛甚至将日本即将行动的消息通知了清总理衙门。四天后，《日本每日先驱论坛报》的一篇文章又惹毛了美国。原来，此时的驻日公使已经换成平安。《先驱报》妄称这次行动得到了平安的默许，美国政府也“容许雇用美国士兵，可谓终于承认日本征讨之举了”。而这次行动的目的也被露骨地说出：“欲在台湾岛东部开辟居住地，永久占领。”平安认为这已经严重损害了美国的国际形象，所以在第二天向日本外务省发出了表示不支持日本此举的照会。此外，西班牙也声明台湾是中国领土，表示中立。意大利和俄罗斯公使则对日本外务省提出询问。至于大清国，那就更是要提出质疑了——虽然，质疑晚了一点。
结果，不仅已经签约的英美轮船全部被强制解约，无法给日本运输人员物资，李仙得也被强制召回，而无法踏上台湾的土地，自然也就更无法做他的总督大梦了。
现在日本政府算是明白了，不仅洋人与洋政府是两回事，原来具体的洋官员的言论也不等于洋政府的政策。看来，帝国政府希望拉几个洋人狐假虎威震慑大清国的企图是难以达到了，搞不好还会引发列强落井下石的反制。
外交上的孤立使日本政府一度动摇。三条实美一面通知西乡从道暂缓出发，一面派遣权少内史金井之恭去长崎命大隈重信速返东京。但西乡从道却说了一番大道理：
前此从道领都督之命，约定不可变更。今后断无空耗日时，等待命令之必要，若听之任之，只有坐失军机。从道虽不才，但出征事乃圣断。假令太政大臣亲自前来阻止，也断难听从。近来政府之命朝发夕改，人心惶惶，此绝非治国之道。尤其现今从道握有散于各地的陆军官兵，一旦贻误时机，彼等会做出如何行动，实难测知，此乃我最忧患之所在。若强行中止出征，从道惟愿立即奉还敕书，只身直抵生蕃巢窟，荡平其巢穴。若清国发出异议，政府允以西乡以下之徒，答称脱舰开小差之贼徒可也。断与政府无关！
说话如此蛮横，几近恐吓，却得到了大隈重信的默许支持。大隈在5月3日发给政府的报告书中称：“军势之气盛，如何都无法控制。”西乡则退还了雇佣的英美船只，并辞退了外籍人士，只有克沙勒与奥瓦逊两个老美非常积极踊跃，表示“只要没有本国政府的直接命令，绝不离开”。
而三条实美在派出金井后，也意识到金井恐怕不是西乡的对手，便又派出重量级人物大久保利通亲自去长崎。不料西乡得知大久保要来，匆忙在5月2日令先锋部队立即出发。于是，大军出港，日本射向台湾的第一支利箭也就离弦而发了。
不过当大久保在3日晚上抵达长崎后，西乡才发现他的担心是多余。事实上大久保作为这次活动的谋主，一样是不愿退缩。就这样，西乡、大久保和大隈组成联合战线，共同告知政府，远征照旧不误。如需要雇用或购买船只，尽管大胆行动，“如酿成困难时，大久保为首负其责任”。至于运输问题则以买船代替租船，大隈重信出面以六万元洋银购买了一艘美国船，命名为“社寮丸”。又以十万元洋银购买了一艘英国船，命名为“高砂丸”——还是念念不忘所谓的高砂国旧典，船只命名也要强调台湾曾经是日本的领土。
也就在3日这天，陆军少佐福岛九成乘坐“有功丸”抵达厦门，拜访了厦门同知李钟霖，交付了西乡从道发出的“致闽浙总督公文书”和征台照会。是文开头就暗藏杀机，说：
台湾土番之俗，自古嗜杀行劫，不奉贵国政教，海客留难是乐。迩年我国人民遭风漂到彼地，多被惨害。幸逃脱者，迫入贵国治下之境始沽仁字愠恤，藉得生还本国这里虽然话说得客气，后面更明白感谢中国“矜全我民之意厚旦至也，我国政府感谢奚似”，但是，所谓“土番……不奉贵国政教”、“我国人民”、“贵国治下之境”，又处处混淆视听，想方设法把琉球并入日本，而把台湾的大部分地区说成中国主权范围之外的无主之地。在照会正文中更说出以下奇文：
故本中将虽云率兵而往，惟备土番一味悍暴，或敢抗抵来使，从而加害，不得已，则稍示膺惩之势耳。但所虑者，有贵国及外国商民在台湾所开口岸，运货出入者或见我国此间行事，便思从中窃与生番互通交易，资助敌人军需，则我国不得不备兵捕之。务望贵大臣遍行晓谕台湾府县治边口岸各地所有中外商民，勿得毫犯。又所恳请者，倘有生番偶被我兵追赶，走入台湾府县境内潜匿者，烦该地方随即捕交我兵屯营。
该照会文字极其客气，但内容则蛮横无理，而其所谓生番被追入“台湾府县境内”一句尤其可恶，是处处不忘将中国在台主权范围一缩再缩，居然还要中方帮日本捕拿生番，更是奇谈怪论。
所以，不难想象，当这个照会在5月8日送抵闽浙总督李鹤年的手中后，李予以拒收。并复函强调“台湾岛乃清国政府管辖之地，无日本军兵恣意上陆之理”，并要求日方“撤除阵营，令军兵返回本国，以确保两国交往之亲睦”。但是，送信人早就不见了踪影，而日军先锋部队已经在书到当天在台湾登陆，其中就包括了信使福岛！可以说，李仙得追求的同步性终于实现了。与此同时，李仙得亲自操刀的匿名大作《台湾蕃地是中国帝国之一部分乎？》也在上海刊行，为此行造势。那么，此时的大清帝国又在忙活什么呢？何以如此轻松地就让日军登陆了呢？
责难背后的真相
按照以往的观点，大多认为清廷各级官员在这次台湾问题上人浮于事，是造成被动的根本原因。可是，根据近数十年来史学界的新研究成果而论，这个说法实在很难站得住脚。
此时的大清国刚经历了长期的内战，各地督抚多是经历过实战历练的干练大员，应对外事的能力与眼界也早非两次鸦片战争时期的同辈官员可比。但是，两个缺陷限制了他们的个人能力发挥。第一个限制在于大清国糟糕的军政体制，第二个限制在于落后的交通、通讯手段，后者主要体现为铁路与电报的匮乏。
就在桦山在打狗地区搜集情报的3月24日（二月初七），水野遵与一名仆从由旂后港到枋寮，目的是前往琅峤进行地形勘测与军情侦查。因大风等船而耽误两天。27日（二月初十）他们乘小舟抵达琅峤，观察地形并绘图。水野一行自旂后港出发之时就引起清廷地方官的注意。3月30日（二月十三日），枋寮巡检王懋功与千总郭占鳌将这一行人的详细行踪上报凤山县。署凤山县令李煐于4月5日（二月十九日）上禀台湾的最高行政长官台湾道夏献纶，夏又将这个情报上报福州将军文煜与闽浙总督李鹤年。
也就在此时，发生了第一次信息大延误。由于当时两岸没有铺设电报线路，所以信使只能乘轮船前往福州，而当时两地的轮船是由固定班期的，由于等船，信使直到4月11日（二月二十五日）才离开台湾，文、李收到消息则已是4月12日（二月二十六日）。此时也正是日本因为外交纠纷而犹豫不决的当口。可惜大清国未能进一步搜集到有价值的情报，反而是驻华外国使节与洋员控制的海关税务司，因为有“铜线”（电报）传递海外消息，反而比大清国先得到了确切情报。
4月15日（二月二十九日），夏献纶通过台湾税务司得到惊人消息，5000日军搭乘5艘轮船即将前来台湾南部登陆。夏立即将这一消息上报。不过，他的这个情报传递得实在够慢。总理衙门在看到夏的报告前，反而先接到了洋人的预警。
4月18日（三月初三），英国驻华使馆翻译官梅辉立前往总署，询问了一些相关问题，并发出了最早的预警。第二天，英国驻华公使威托玛发出公函，正式提醒清廷注意日本即将对台湾展开的行动，并询问清廷的立场。这份公函发出的第二天，总税务司赫德根据广东税务司的情报也跑来总署告警，到4月22日（三月初七），由于收到了厦门税务司送来的同样情报，赫德第二次到总署告警。而此时日方正因意见分歧陷入瘫痪状态，要再过10天西乡才违令派出先头部队，而距日军最终登陆台湾则尚有17天的时间，距日军展开对番社的进攻则还有31天的时间。这是历史留给大清国的反应时间差，如果从第一次接到梅辉立的预警开始，历史一共给了大清国21天的时间阻止日军登陆，35天的时间阻止日军对番社展开进攻。以当时清政府的交通通讯手段，在21天内阻止日军登陆虽然困难但并非完全没有可能，而在35天内采取有效的外交、军事反制行动，遏制住日军在台湾的军事行动，则是完全有可能做到的。
可惜，所有这些预警都没得到应有的重视。
值得注意的是李鸿章在4月27日（三月十二日）转发给总署的情报。这份来自上海的情报，是根据长崎方面的情报汇总而成，内容非常精确。不仅提及李仙得是“参议”，并提及日军规模及欧美船只代运兵员情形。最后也是最重要的，还精确指出了日本此次出兵的直接动因：“因旧藩部属武士新近内乱，不惬国家。请征高丽不允，恐再作乱，姑使之往打生番，不计胜败，是驱若辈以从事而已。”但是，对于这份情报内容的真实性，李鸿章并未作出判断，而只是中性地转给总署。就在第二天，李鸿章又给总署发出一封专函，这才讲出自己的判断：不相信十二日他转给总署的那份上海情报的真实性。
李鸿章按常理衡量日本，觉得“各国兴兵之举，必先有文函知会因何起衅，或不准理诉，而后兴师”。何况日本刚与中国正式缔结了友好和约，又在觐见清帝问题上大出风头，两国“和好如常”，仅仅一个台湾生番问题，日本又怎么会“未先行商办”，就“遽尔称兵”呢？而且，就算是“冒然兴兵，岂可无一语知照”？他哪里知道，日本的照会是和枪声同时送来，而且是故意送到福建地方官手中，而不是北京的中央机构。
此外，李鸿章还看到了“日本内乱甫平，其力似尚不足以图远”，就算是内部问题外化，李鸿章觉得日本也应先入侵朝鲜较为合理。可是，“江藤新平请伐高丽，尚因不许而作乱”，日本又怎么会“舍积仇弱小之高丽，而先谋强梁梗化之生番”？
最后，日本难道就没有考虑到，入侵台湾，必将与中国冲突，“中国以全力争之”，日本无法取胜，徒然在国际上留下“悖义失和”的坏名声，不是太不合算了吗？
至于外国驻华使节的警告以及税务司方面的情报，李鸿章同样不以为然。他觉得，“近年东洋新闻百变，诈讹多端”，不能听风就是雨。其次，这很有可能是英国驻日公使巴夏礼搞的鬼，因为此人与日本关系亲密是公开的秘密，故而“代为虚张声势，亦在意中”。李鸿章反而认为威托玛所谓“日本并未出有向中国称兵战书明文，且有钦差大臣前来中国之议，以此推之，似无发文称兵之心”这番追加叙述“似尚平实”。从而得出了日本不至于贸然出兵台湾的错误结论。事实上呢？日本兵是三天后就出了长崎港了。
不过，李鸿章仍有一过人之处，那就是他从预防最坏结果的角度指出，直隶远离福建，所以李鸿章“不知该省有无防备”。“此事无论虚实”，都应该提前进行战备。并引《孙子兵法》中的名言“勿恃其不来，恃吾有以备之”为证。最后还再次强调“各国垂涎台湾已久，日本兵政浸强，尤濒海切近之患”，就算这次不爆发军事冲突，也只是早晚难免的事情。
总署的麻木与李鸿章的觉醒
但遗憾的是，总署看到李鸿章前面的分析后遂做高枕无忧之想，除了将李鸿章的建议全文原封不动地转发给福建将军文煜做参考外，此后近20日内，丝毫没有采取任何预防措施。日军遂得以大摇大摆地于5月7日（三月二十二日）成功登陆台湾，未受任何阻挠。又过了三天，李鸿章才刚刚根据上海发回的新情报确认日本出兵台湾的可能性极大，而且得到的还都是些日本陷入外交纠纷前的老情报。不过这些情报已足以让李鸿章意识到问题严重。在5月10日（三月二十五日）这天他致函总署，提出了四点建议外加一点总结：
第一，日本“悖义失好”，美国人“雇与商船”帮助日本“装载弁兵军装”，“均属违背《万国公法》”，故而首先要从会晤美国驻华公使开始，依公法与之理论，如美国“遵照公法撤回李让礼等”，同时“严禁商船不准应雇装载弁兵”，则“计日本兵船无多，其谋当渐寝息”。此为第一要义。
第二，马尾造船厂自制的兵轮船及水师船只不少，“似应先派往台湾各港口盘查瞭望。如遇日本兵船入境，问其因为何事而来？如船中载有陆兵多名，应即拦阻，勿令进口上岸。”
第三，根据前福建水师提督李成谋寄送的台湾全图显示，“琅峤系南路生番后山海口”，适合登陆，本拟建造炮台但并未施工，也没有设置驻军与警戒哨所，如果日军来此登陆，清军实在是“一无防备，殊为可虑”。台湾本岛驻军又没有战斗力，“无甚足恃”。只有从大陆地区“另调得力陆军数千，即用轮船载往凤山琅峤附近一带，择要屯扎，为先发制人之计”，才能有效阻止日军登陆。如果日军胆敢“擅自登岸”，清军就可以一面进行外交阻拦，一面进行军事集中，让“劲敌无隙可乘”，“此为第二要义”。
第四，郑重推荐船政大臣沈葆桢“管辖新造兵轮船，又系闽人，情形熟悉”，似应由总署知照，“会商将军、督抚密速筹办”。
一点结论：“日本既有此议，早迟必将举行，若不慎谋于始，坐待兴师，将来无论彼此胜败，恐兵连祸结，竟无已时；于沿海大局关系非浅。”
李鸿章的建议倒是立即引起了总署的高度重视，在这个指导方针下，恭亲王与文祥进行了宫廷说服活动，终于在5月14日（三月二十九日）请到谕旨，命沈葆桢巡查台湾，并通过照会责难日本背约。
应该说，这个决策过程本身还是很高效率的，可惜因为整体的情报传输系统的迟滞而大打了折扣。日军已经登陆，美英也自行与日本划清界限，李鸿章的未雨绸缪全成了事后诸葛亮。
定计之后又十几天的时间，清廷从中央到地方再次无所作为。又要迟到5月29日（四月十四日）才正式任命船政大臣沈葆桢为钦差办理台湾等处海防兼理各国事务大臣，“所有福建镇道等官，均归节制。江苏、广东沿海各口轮船准其调遣”。但是，当时福建全省武备稀松，台湾更是只有两营兵力。沈葆桢固然可以随时去台湾，可是无兵无枪无炮，在日军已经登陆的情况下，就靠他带着几个幕僚、两艘轮船，自然阻止不住日军的行动。
更不可思议的是，5月14日发出的抗议照会系由一名雇佣的英国人送往日本，此君在上海迁延一月，直到6月4日（四月二十日）才把这份照会送到日本外务省。与此同时，台湾地方官员倒是在始终密切监视日军的一举一动，主角还是王懋功与郭占鳌。从登陆日开始，每天日本舰船的进入口数量、协助人货的详情、以及日军的行动，这二位始终在认真观察，详细记录，逐日上报。可惜，由于缺乏有效的通讯手段，他们尽职尽责的成果是注定无法为总署与李鸿章的决策做参考了。而台湾本岛由于缺乏现代陆海力量，同样无法采取有效行动，也只有对日军的行动认真观察，详细记录，逐日上报！
如此又拖到6月9日（四月二十五日），清廷才又发出上谕，指示南北洋大臣与沿海督抚协助沈葆桢武力增援台湾。而日军却早在5月22日（四月初七）已经展开了针对番社的军事进攻！
就在6月9日的上谕还在途中的时候，苦于无米之炊的沈葆桢已于6月12日（四月二十八日）上书恳请军事增援。沈的上书还没抵达北京，李鸿章已于6月15日（五月初二）不谋而合地致函沈葆桢，表示自己可以解决调兵难题。
原来，早在沈葆桢刚接到命他巡视台湾的上谕后，他就意识到日本此次来者不善，绝非空口所能解决。值得注意的是，沈葆桢发现问题后，致函李鸿章，大呼难为无米之炊的困境。而李鸿章终于在此前的5月19日（四月初四）确定日本确实出兵了。在接到沈葆桢的求救信函后，他在6月14、15日（五月初一、五月初二）的回信中相继表态：现在国家装备最精锐、训练最有素的部队都是我的旧部，最先进的武器也都在我的辖区内，我岂能坐视不救？李鸿章在6月15日的回信中明确指出，“徐州之记名提督唐定奎，朴干能战”，其麾下所部武毅营原属刘铭传的铭字军系统，有十六营兵力，其中马队三营，步兵十三营，“均系枪队”，当年追随刘铭传“历剿粤、捻，号称劲旅”。现驻扎徐州，被两江总督、南洋大臣李宗羲“倚为保障”。其中步兵13营6500人可由“唐提督统带”，“由徐移至瓜洲，派轮船径驶该口，分批航海前去”增援台湾。剩下马队三营则留防徐州。
要调唐部赴台，必须得到两江总督李宗羲与江苏巡抚张树声的同意。好在前者是李鸿章的科考同年，后者是李鸿章的淮军旧部。李鸿章乃以私函沟通，先于6月20日（五月初七）致函关系密切的张树声，继而于6月23日（五月初十）致函李宗羲，无外乎替沈葆桢诉苦，指出沈“颇有发愤为雄之概。惟只身赴台，手无劲兵”，“订购铁甲船，亦虑缓不济急。惟闽省勇营本少，枪队尤少，绿营兵更不可用”。故而只有调唐部援台，因为“东南数省尚无此现成大枝枪队”，唐部“又扎闲地，暂可挪移”。最后李鸿章还似乎漫不经心地顺笔说到，长江口是不会遭到日本攻击的，实则是给李宗羲解压，以使之痛快地同意调唐部援台。接着就陷入了一个新的等待时期，直到6月24日（五月十一日），李鸿章初步确信调唐部无大问题后，这才正式致函总署，表示可以调唐部增援台湾，并希望总署能“令津沪各局，先尽现存炮械军火，陆续解济”。
这一运作过程充分表现了当时大清国的人情政治已经到了完全替代正规制度运作的程度，而更深层的悲哀则在于之所以人情政治能无视正规制度，正在于正规制度更加糟糕。君不见，两次鸦片战争都没能打出一个外务省，最后搞个总理衙门还是总理各国事务衙门而不是总理外国事务衙门。而且这个衙门也是可怜得很，当其创办之初连常设经费都没有，只能从户部每月赊借三百两白银，日后再由南北洋各省督抚的海关提留中分摊偿还。当其运转之初，自然也没有启动资金，只能再向户部预支三千两白银，这才勉强开张。至于宪政政府、参谋本部之类的机构，大清国就更没有了。所以李鸿章等人也只好搞人情政治，天才外交了。但是，再大的天才也难为无米之炊，交通、通讯手段的落后，严重限制了李鸿章的外交天赋的发挥，大清国就像一个迟钝的恐龙，反应总是严重滞后于形势的发展，李鸿章的天才外交也就不免蜕化为恐龙外交了。
不过仍有值得肯定之处是，李鸿章个人的反应再次走在了同僚的前面，就在6月24日（五月十一日）致总署的公函中，李鸿章提出了“明是和局，而必阴为战备，庶和可速成而经久”的战略指导方针。并坦言“洋人论势不论理，彼以兵势相压，而我第欲以笔舌胜之，此必不得之数也”。
为什么已经认识到笔舌难胜兵势，说来说去还是只追求和局，而不是趁机开战，狠打日本一通呢？原因是复杂的，主因还是在于此时的大清国内忧外患，焦头烂额，实在无力多顾。西北回乱牵扯了大清太多的精力，也消耗了太多的国力。东南海防实际就是个空架子，长久处于传统陆权构架边缘位置的台湾，就更是软腹。李鸿章在给沈葆桢的私函中早就交了底：大清国财政困难，当初曾国藩镇压太平军，李鸿章解决捻军，都是自己筹款，不仅不敢指望中央拨款，只希望中央不帮倒忙就好。现在国家尚未从长期内战和两次鸦片战争的对外失败中恢复元气，自然难以强硬对外。所以能和平收场，实为上上策。除非迫不得已，还是尽量不要在这个时候与日本人开战好。而且，李鸿章虽然争取和局，却也做出了最坏打算，这就是他后来在7月7日给沈葆桢的信中所说的：“狮子搏象，要用全力！万一决裂，必须备集而后动，谋定而后战。”即不打则已，打就要全力以赴。
与此同时，由于信息沟通的时间差，沈葆桢在李鸿章回信的6月14日，与帮办大臣潘蔚一起分乘马尾造船厂的两艘国产轮船（安澜与伏波）前往台湾。潘蔚于6月15日先行抵达，沈葆桢则视察了澎湖，随后在6月17日抵达台湾本岛。无奈此时日军已经登陆，两艘轮船自然无法阻止日军行动，此后中日双方屡屡进行外交接触，但是西乡之流根本无意妥协，他们一面与中方胡搅蛮缠，一面加紧清剿番社。沈葆桢等人缺乏有效的陆军兵力可调，只有对援军望眼欲穿地等待。
而此时的李鸿章则忙着协调各方关系，为唐部赴台做准备工作。其中包括落实唐部调度及赴台后的军饷着落，另安排“刘盛藻统率陕防武毅铭军马步二十二营，星夜兼程拔赴山东济宁及江南徐州一带，择要驻扼，以备南北海口策应”。
这个准备工作一直忙到7月23日（六月初十）才有了头绪。8月1日（六月十九日），唐部接到增援台湾的正式命令，同时援台的还有李鸿章张罗到的洋炮二十门，火药四万磅。次日，唐军开始分批离开徐州，前往瓜洲古渡口乘轮船前往台湾。由于没有铁路运兵，故而行动缓慢。到8月14日（七月初三）第一批部队才得以登船出洋。又直到8月26日（七月十五日）唐部先头部队才登陆台湾，进驻凤山县旂后港。
整个调兵过程几乎成了李鸿章的个人人脉大运动。不仅所调是他的旧部，相商者一为他的旧部，一为科考的同年。最后负责调配船只者系其幕僚盛宣怀，组织人员、器械、粮饷分组运输的是徐文达。共计调用轮船七艘（永保、琛航、大雅、伊敦、永清、利运、海镜），其中四艘（伊敦、永清、利运、海镜）属于李鸿章一手操办的轮船招商局旗下（另三艘来自福州船厂，另有江南制造局的两艘轮船备援）。
整个调兵过程中最值得注意的是时间问题。从瓜洲到台湾的水程虽然路程远，但因为有轮船运兵所以只用了13天的时间。而从徐州到瓜洲的陆路距离虽然短，却因为没有铁路反而花了14天的时间。如此整个进军过程共计花费了26天的时间（内有一日为抵达瓜洲与立即登船的重合时间）。反观日军，5月2日（三月十七日）离开长崎，5月8日（三月二十三日）登陆，仅一周就完成进军过程。更何况清廷决策已落后手，等唐部淮军进驻台湾，日军业已完成军事清剿活动，并占据了有利地形，静待大清国来理论了。
自掘坟墓的日本远征军
5月18日，日本军与当地番民发生了第一次战斗。5月22日，西乡率领的1900人的后队及给养运输船抵达琅峤湾，登陆射寮。同日200名日兵进攻石门，与80余名原住民发生了双方的第一次正面军事冲突，牡丹社酋长父子战死。随后日本扫荡了牡丹社等多个番社，并开始建兵营、修道路，造都督府，设医院，修桥梁，筑道路，开荒屯田，作长久之计，并向番民分发“烧饼旗”。总之一句话：不走了。7月21日，侵台日军指挥官西乡从道甚至宣布已经降服各社生番，大有开化番民，长久控制的势头。
但是，日军很快就遭遇了一个意料之外的强悍敌人，这个敌人就是大自然。
为了这次远征，日本筹备了1000只鸡、6万个鸡蛋、2300条鲑鱼、60箱干鳕鱼，还有大量的米、牛肉、咸鱼、各类蔬菜。貌似准备充分。可是日本当时并不具备远程运输的保鲜技术，后勤安排是按照常规的三到五天的行程计划的，而仅运往台湾就要10天，且不说台湾当地的炎热气候。结果就是肉和蔬菜到了台湾就腐烂生蛆，其他食物也发生了不同程度的变质。食物中毒加上传染病横行，共同给侵略者制造了一个灾难性的后果。
据参与是役的日本军医监落合回忆，当时日本士兵“所尝到的艰难辛苦，究非笔墨所能详述。在这海南绝岛瘴疠之地……粮食本不完备，又加上运输困难，常为泥路及险恶的斜坡所阻，战斗部队因此为饥渴所困，不知有多少次。有时只能靠腐烂发着恶臭的饭团充饥……加之地势炎热如灼，设备又极简陋，所谓帐营，也不过徒有其名，只是一块天幕，有二三个月在其间煎熬，以致全军都患痢疾，苦闷呻吟之声，惨不忍闻”。甚至有五个病号因无法忍受，三人自缢，二人跳海。病情最严重的时候，西乡本人跑了两三次医院，给他的勤务兵抓药。其身先示范的作风固然能收敛军心，但西乡自己却已经意识到，再耗下去，日军必然“自动瓦解”。据日军战后公布的数据，是役日军死于战事者仅12人，而死于疾病者则有550余名之多。
由于医药匮乏，到了9月末，病情已到了不可收拾的局面。日军全军几乎无一人能幸免。疫情最糟糕的时候，一天中连死13人，有近一半的士兵已丧失吃饭的力气。医护人员自身也罹患了一样的疾病倒卧在床。最后连服劳役的夫卒工作也只得雇佣附近的原住民协助。龟山分营的日本兵营连续两次被飓风吹倒，一开始日军还进行修复，但最后连修复的力气也没有了，竟任其倾倒在沙地上。同时，因为受到南海暴风肆虐的影响，粮食运输船无法靠岸，造成严重的军中缺粮现象。
士兵如此，那些本着“长治久安”的幻想来的移民们的境况更糟，“有从长崎来的商贩，分别经营屠牛店、荞麦店、豆腐店等，试图做军队的生意。刚开始的确门庭若市，但不到一个礼拜竟都罹患了恶疾，屠牛店、荞麦店皆有人死去，其余的人也纷纷搭船离去。”最后连棺木店的老板也病死了，这一点尤其令日军头疼，因为日、清丧葬的方式不同，所以日军只得选取简单材料，自行打造棺木。
据事后日军统计，这次侵台共出动3658人，经多次增兵，总数最多时达到了5990人。就是这5990人，共计有3769人患弛张热，3363人患消化道疾病，1590人患皮肤病，784人患间歇热，773人患脚气病，89人患伤寒热。其中很多人是一人患多病。扣除掉战死、病死的560余人，和运回国内的2000余名伤病员，一线兵力其实有限。根据清军的侦查显示，日军后期在台湾的兵力只有3400人，而且其中还有1200人是夫役。军人只有2200人。而清军有当地驻军担任警戒工作，粤勇负责后路守备，装备精良的唐定奎部6500人可以全部作为进攻部队使用。根据沈葆桢的汇报，“淮军甚精锐，勃勃欲试”，“人人有摩拳擦掌，不可遏抑之势”。又说“淮军有灭此朝食之慨”。唐定奎本人也“沈毅勇鹜见乎眉宇，未必肯不战归”。更非日军的集体陷入疾病状态可比。而且，当时双方的武器装备大抵相当，甚至淮军的装备还要略胜日军。
此外，日本的财政也因为这次远征而出现了危机。鉴于军费供给的困难，时任右大臣的岩仓具视希望宫内卿能够暂时将用于皇室建筑的27万元移作军费，可是由于伊藤博文等人的坚决反对而泡汤。最后只好由开拓厅主管黑田清隆挪用10万元的开拓费暂时应急，同时号召公务人员各捐薪水的四分之三以作军费。但无疑这个做法只是杯水车薪。
结果就是，日军对台湾的贸然入侵给近代中国提供了一次最有利的惩罚侵略者的良机。甚至可以说，无需直接交战，只要这样拖下去，就能拖垮日军。所以，连一向主张对外持谨慎立场的李鸿章，这次也主张以强硬姿态对日。可是，随后发生的一切，却谜一样的彻底改变了事件的进程。
外交争锋暗设陷阱
大清国的态度强硬，令日本人大吃一惊。毫无疑问，他们不仅错估了国际形势，也错估了大清国的实力与意图。
岩仓对这个局面深感惶恐，承认这次行动过于冒失，“对清廷的关系既然知之不详，而竟茫然上奏，说交涉程序和规划已经完备，军队已抵国境，临到行将开往台湾，英美两国公使提出抗议，又想骤然停止出师。上则陷圣断于轻率，下则毁国威，内则引起物议纷纭，外则招致他国诽讥，可谓有失体统矣”。
此时大久保一样的心虚，他当初决定不征韩而征台的两个基本前提是：一、征台可以避免与清国的战争，又能转移内部矛盾，二、征台可以速胜。
事实证明，除了内部矛盾确实得到了暂时转移外，两个基本前提都落空了。
事已至此，只有放弃对台湾的军事征服，转而在外交领域追求下述三个新目标的完成：
一、争取体面收场，即以外交手段诱迫清廷承认日本此次出兵为“保民义举”。
二、争取从清廷获得尽可能多的赔偿金，从而将这次远征的经济损失压到最低。
三、在“保民义举”的幌子下，尽量把琉球被害者的身份混淆为日本国民，从而为下一步的吞并琉球预设外交伏笔。
本着欲抑先扬的策略，日本虽然已经决定转向外交斗争，但武戏依然在唱，而且唱得更加热烈。它们一面在国内作动员，一面扬言要购买西洋军舰，远征朝鲜。
对于日本人的虚张声势，李鸿章很不以为然。
在7月下旬，李鸿章确实一度很担忧朝鲜的局势。7月27日（六月十四日），李鸿章特别咨询了过津拜谒的“管带烟台兵船之闽人游击吴世忠”。之所以咨询吴世忠，因为吴“在闽带船多年”，又“曾同美领事李仙得往台湾生番处，查办杀夺美船之案”，自然很有发言权。
在吴世忠看来，台湾番民矫健强悍，且地理情况复杂，“山径深险异常”。英美商船也多次被袭害，两国皆曾“发兵船往剿”，结果却是“失利”，无奈之下仍只有“讲和而止”。相形之下，“日本力更不逮，断无能为”。对于吴世忠的分析，李鸿章表示赞同。所以他并不担忧台湾，但却很忧虑朝鲜。
首先，从地缘战略上讲，“朝鲜为我东土屏蔽”，直接保护着大清国的龙兴之地与首都北京。可谓所有藩属国中最重要的一个。
其次，“日本觊觎朝鲜已久”，早在明万历年间，丰臣秀吉就怀着“度辽东、图燕京之志”，“大举三韩”。虽未能得逞，但历史教训却很深刻。“盖日本陆军较水军为强，去朝鲜又最近”，若如倭寇之袭扰江浙沿海，尚不过是“沿海肢体之患”，但若日军大举侵朝，吞高丽而图东三省，由海而陆，雄视东亚，则必为“根本之忧”。恰于此时，陈兰彬又从美国来信，称日本“派子弟赴（西洋）各国学制枪炮，习驾轮船”，意图叵测。在李看来，日本人本“多强悍之气”，多购西洋枪炮，岂非中华大患？
但是，李鸿章很快看穿了日本的把戏是虚张声势。因为“往高丽应由日本西北之对马岛济渡，不应该由西南之长崎征发。盖长崎与台湾东面相对也。是其日前暂停发兵及改往高丽之说，或已闻知中国不准，故抑扬其词，声东击西，以懈我之备耳。”
很快，清廷的反应就出台了：
一、造炮台于澎湖列岛；
二、设海底电缆于台湾海峡；
三、购置毛瑟枪三万支于德国；
四、商购铁甲舰于丹麦；
五、由福建巡抚王凯泰集结大军25000人准备渡海赴台。
虽然这些举措都很难立即生效，但已经足以抵消日本的虚张声势。
剑拔弩张中，柳原前光又来到了天津，见到了久违的李中堂。
李鸿章首先问及同治十二年的来华日本公使福岛种臣，何以回国后便退出了政坛。柳原答以“与岩仓大臣议事不合。”李鸿章遂不无调侃地对柳原说出下面一番话来：“十年来华公使伊达，十二年来华公使副岛，回去即退休，是贵国用人行政无常”，还是来华钦差不利呢？对了，说起来你柳原“九、十、十一、二等年同来”，只因为不是公使，所以“官则一年高一年，今作公使，要小心些！”
对此，柳原自然也只有点头称是。
接着双方便开始切入台海危机，柳原抓出一连串的枝节问题纠缠不清，于是逼出李鸿章的连珠妙语：
一面发兵到我境内，一面叫人来通好；口说和好之话，不做和好之事，除非有两日本国，一发兵，一通好也。
且生番所杀是琉球人，不是日本人，何须日本多事？
你去年才换和约，今年就起兵来，如此反复，当初何必立约？我从前以君子相待，方请准和约，如何却与我丢脸？可谓不够朋友！
今日如此办法，中国文武百官不服，即妇孺亦不服，中国十八省人多，拼命打起来，你日本地小人寡，吃得住否？大丈夫做事，总应光明正大，虽兵行诡道，而两国用兵，题目总要先说明白，所谓师直为壮也。
惟日本二百余年未与中国立约，并无一兵入中国边界。今甫立和约，而兵临我境，你对不起我中国，且令我对不起我皇上百姓。若有约各国皆如是，天下岂不大乱了？
柳原既不能在谈判桌上占得便宜，也只有抓些枝节问题拖延时间。可西乡终究无法在战场上赢得军事胜利。最后问题还是要回到谈判桌上来解决。于是便有了8月间日本全权大臣的来华。
这位全权大臣，便是大久保利通本人。
大久保在日记中忧心忡忡地写道：
经仔细考虑，此次奉命任务，实为极不易为之重大事件。如谈判不得终结，就此归朝，则使命不完成，固不待论。而最可忧者，为国内人心，以事情迫切，有战争朝夕可至之势。如人心无法收拾，战端终于不得不开之期，可以立待。若然，不但胜败之数，固然可惧，且我无充分宣战之名义。柳原公使觐见（清帝）虽遭拒，但仅此殊不足以言战。若然，势必至无理开战，届时不但人民有议论，且将受各外国之诽谤，蒙意外之损害，终而招致损及我独立主权之大祸，亦不能谓其必无。所以也只能自找台阶，称“和好了事，原为使命之本分，故断然决行”。
这番离奇表述的背后隐藏的却是日本当时的财力与军力都经不住持久的尴尬事实。
8月6日，大久保离开东京赴中国谈判，张口就要赔款三百万银元，可谓十足的讹诈。对此坐镇津门的李鸿章当然不会答应。远方的沈葆桢也不会答应。
百年之惑
虽然大清国的官员们并不不完全了解日本的内情，但至少沈葆祯在9月10日（七月三十日）写给李鸿章的信中已看出：“大久保之来，其中情窘可想。然必故为狡宕，以示整暇，不肯遽就范围。是欲速了结之意，当在彼不在我，我既以逸待劳，可不求速了”。故而沈葆桢在上奏中建议：“倭备虽增，倭情惭怯，彼非不知难退，而谣言四布，冀我受其恫吓，迁就求和。但我厚集兵力，使其无隙可乘，自必贴耳而去。”
李鸿章对此深以为然，9月29日（八月十九日），法国公使经烟台过天津，李鸿章与之交谈时特别强调：“此事确是日本大错，始欲强占番地，占地不得，则欲贴兵费。中国待他始终不错，你想：若令占地或贴费，中国颜面如何下得去？将来若请各国公评，难保无暗中偏护日本者，无论如何说法，占番地、贴兵费二者断不可行。总署与外间亦断不能允。”李鸿章更暗示对方，如果其他国家打着调停的旗号替日本谋求赔偿，必然被中国回绝，到时“莫怪中国轻慢各国朋友，务请贵使牢记勿忘”。
可惜北京城里的当政诸公却并不如此看问题。
据说，在他们看来，十月初十就是西太后的四十寿诞，台海危机还扯个尾巴，久拖不决，岂非大煞“盛世”风景？
又据说，他们更真实的担心是当时大清国内战不断，与英俄的关系又紧张，害怕再与日本开战。
又据说，此时西太后、东太后、恭亲王和小皇帝之间关系复杂，权力斗争激烈，难以形成有效的对外方略。
又据说，此时大清国内战未息，财政吃紧，不敢贸然再与日本开战。
事实的真相究竟是什么，也许永远无法说清，但从结果上看，大清国确实不可思议地选择了一条惊人的软化处理道路。
大久保也很精明地及时绕过了天津的李鸿章，直接进京交涉。日本国内也极其团结，陆海军拧成一股绳，做出不惜一战的准备，在野的西乡隆盛也全力支持现政权，虽说有人劝他抓住大久保不在的良机夺权，但西乡断然拒绝。
9月14日（八月初四）到10月23日（九月十四日），日方代表与总理衙门谈判七次。其间，桦山仍力主一战，但大久保深知，战是不可能了，关键是如何体面收场。
大久保的体面底线就是迫使大清国承认日本此次出兵台湾是“保民义举”。这个底线暗藏两个玄机，首先，承认了这一点就开脱了日本的侵略实质。其次，前文中已经说明，整个事件中死的都是琉球国民，而日本对“保民义举”中“民”的解释恰恰是日本国民，这就是日后条约中所谓的“台湾生番曾将日本国属民等妄为加害”。中国承认日本此行为“保民义举”，也就等于间接地默认了琉球是日本的主权所属。这就为日后地吞并琉球预设了外交伏笔。
而大久保的手段高明也正在于此，他不会坐以待毙，就“保民义举”论“保民义举”，如此辩论来去，早晚露馅。大久保的做法是以攻为守，并在以攻为守中混淆主题，甚至额外得利。
大久保的外交攻势包括了两个方面：其一，要求中方赔偿军费；其二，否认中方对番民地域的主权拥有，连带的就产生了所谓的在台日军久驻与撤离问题。
这两点都是中方绝对不会认同的。关于赔偿军费一节，大清国既不愿意给一个小小的日本赔偿军费，更不能接受大久保开出的300万的数目。而对番民主权的辩论也非常激烈。在台湾的日本侵略军组织当地居民进行土地贸易，故意问土地是他们个人的还是台湾府的。要知道，大清国可是不搞土地公有制的，居民自然说地是自己的，于是日本人便记录下来，当作该地是非主权范围的“证明”。却不知这么一证明，英国、美国遍地都是非国有空地等着去圈地呢！同时，中方则调出户部数十卷纳税记录，证明台湾番民一直对朝廷纳税，而且声明当初所谓的“杀人者皆属生番，故且置之化外，未便穷治”只是说生番是化外之民，并未说该地是无主之地。
虽然总理衙门的辩论非常有力，可是已经在不知不觉中入了日本的圈套。倒是琉球非常担心自己的地位不保。此前虽然日本要求琉球协助日本远征台湾，但琉球不仅拒绝了协助行动，反而背着日本派出朝贡使节到福州向中国再次表明属国身份。并以琉球国王的名义，向闽浙总督致谢，感谢大清国对琉球难民的救助，还特意送来三百两谢银转送台湾府官吏。可惜，大清国忙于就军费赔偿与番民主权归属问题和日本争论，反而没有好好利用琉球送上门的证据。
在这个不断辩难下，日本做出了一个所谓的“让步”，承认中国对番民地区拥有主权，但要求中国对之赔偿军费。这就导致了双方外交谈判的破裂。
但是，破裂的外交谈判很快就又恢复了。因为大久保得到了一个重要的救星。
这个救星就是英国驻清公使威妥玛。他决定帮日本解困，以维持远东均势。当大久保与清廷七次谈判不果，明言回国，暗中求救于威妥玛时，威氏亲自出马斡旋，最终使双方达成协议。1874年10月31日（九月二十二日），总理衙门与大久保签订了关于台海危机善后事宜的《中日北京专条》。该约规定：
一，日本此次出兵是保民义举，中国无可非议；
二，中国赔银50万两，其中10万两为难民家属的抚恤金，40万两为日军留台设施的补偿金；
三，中国台湾番民妥为约束，以期永保旅客安全。
这里的“抚恤”系针对柳原在和毛、董两大臣争论时，所诡称的遇害之日本人而发。既是对日本的绥靖，也是大清国下台的阶梯。不料却正为日本人所利用，使日本日后有借口宣称：大清国已经承认琉球人就是日本人！而大清国的收获，不过是少出了些银子，得到了日本对台湾主权的所谓承认！而日本的预设战略伏笔的行动还在紧锣密鼓地继续进行中。
谈判结束回国之际，大久保“顺道”去了趟台湾，在琅峤立了一个“大日本琉球民五十四名之墓”。这个墓碑不同寻常，有三大潜在含义：
一，为琉球问题张本。背面的碑文开篇即说“明治四年我冲绳旧藩民漂到台湾遇害者五十四名，越三年，朝廷诏海陆诸军征问其罪……”。这就等于明言琉球是日本的一部分，而与大清国无关。
二，日后可以扫墓为名，前来进行军事侦察活动。
三，不动声色地纪念了这次征台行动。
据廖庆洲先生的《日本过台湾》一书中记载，直到20世纪80年代，居然还有日本人“前来扫墓，而引起本地的骚动”。足见大久保的机谋深远了。
但是，这些都是日本外交家深谋远虑的后话了。回望大清京师，却正是一片热闹景象。“万寿排日筵宴恬嬉歌舞，皆幸倭事速了，意乃不以为耻辱。”——这是李鸿章在家信中的愤慨。在李鸿章的愤懑中，大久保凯旋了，后者接受了万民的欢呼，也接受了天皇的召见和嘉奖。日本老百姓为此还进行了庆祝游行。可是，究竟是否凯旋，关起门来，日本人自己最清楚。这次行动，日本出兵3658人，死573人（其中阵亡仅12人，余者为病故）。共计耗费955万元（含办理大臣派遣费），其中购置兵器和购买船只是593.2万元。纯战费为770多万元，远远超过从道事先估计的50万元。要知道，明治五年日本陆军的总经费才800万元，海军经费仅50万元！而最终侥幸从大清国诓来的那所谓银50万两抚恤金，仅相当于日本此次征台费用的十分之一。
如果这也可以称作胜利的话，日本早晚在此等胜利中，一步步走向财政死亡。
反之，日本没占到便宜，却不等于大清国就胜利了。李鸿章是第一个看出《中日北京专条》中致命问题的大清国官员。他在正式签约前两天的九月二十日（10月29日）写给沈葆桢的信中明确指出其致命之处有二：其一，“番所害者琉球人，非日本人”；其二，“以抚恤代兵费，未免稍损国体，渐长寇志。”但是，李鸿章也终究只能在私函里发发牢骚罢了。
