上海解放前夕，反动派的魔爪把王云阶的名字列入黑名单里。是两个进步的青年音乐工作者通知他的，并劝他离开上海。他决定当晚上离开上海，可是不能全家一同走，因王龙基演的三毛尚未结束。他们不舍得离开他，也不放心他。最后决定，王云阶一个人同那两人走。
过去，王云阶曾有多次去解放区的机会，因种种原因没有去成。这一次，他要经过香港去北方解放区。他走后的第二天，《大公报》就发表了王云阶去解放区的消息。到了香港后，地下党要他暂留香港，不要去北方解放区。他们说，上海马上要解放，到时候，你还要回上海工作。
香港地下党为了迎接上海的解放，发动了一次音乐创作。王云阶满腔热情地谱写了《太阳照在大上海》（凌青词），《天亮歌》（端木良词），《手车》（马凡陀词），他用笔名“烙红”与“韵洁”都被选中了，发表在《江南进行曲》（香港版中）。这一时期他的思想，可以用影片《关不住春光》中他写的歌词来形容：我是天边的彩霞，把大地煊染得灿烂光华；我是路上的黄沙，默默地填铺在人群的脚下；我是湖上的清风，抚慰着战士的心灵；我是枝头的夜莺，散步在歌声到黎明。
果然，很快上海解放了。那天，迎着灿烂的霞光，王云阶在地下党的帮助下，踏上当日第一艘船，回到了上海。
上海正在欢天喜地庆解放。王云阶把余下的钱买了一架很老的美国电钢琴，音色非常好听。当时没有卖钢琴的，这是在拍卖行买的，还需要送到琴行去修理好。他用这架琴，开始了为新中国电影音乐的写作。
1949年，王云阶出席了第一次全国文学艺术工作者代表大会，这是具有重大历史意义的解放区和国统区文艺工作者的大会师。在会上，他见到了毛泽东主席、周恩来总理、朱德总司令老一辈的革命家。当时，周总理的一段话深深地印在了他的心里，并且影响他的后半生。那段话的意思是——“我们文艺工作者在旧社会有很多的不顺，不稳定。现在解放了，就是回家了，应当认清自己的位置，团结一致地为新中国作贡献。”紧接着，周恩来还特别问了一句：“你的小儿子已经很大了吧？”当时有人告诉总理说：“他的儿子就是演三毛的那个小演员哪。”总理听了一愣，马上说：“我看过，他演得生动呀，真是个有灵性的孩子。”
在文代会期间，王云阶和代表们还观摩学习了老解放区文艺节目，通过学习和实践，使他进一步认识到音乐艺术工作和人民的密切关系。这对他以后的创作思想和创作作风有很大的影响，这次会议后，组织上决定由王云阶和朱践耳同志筹备组织上影厂音乐组。该音乐组成立后，由二人任正、副组长。
1950年，王云阶为《团结起来到明天》、《翠满红旗》等影片作曲，他自己的管弦乐作品，《第一组曲》（江南），也创作完毕，由上海交响乐团演出，黄贻钧指挥。这是他管弦乐作品的处女作。
1951年，王云阶调北京，出任中央电影局艺术委员会任委员兼音乐处副处长。
1954年，王云阶作为中国国家电影代表团的成员，出席了在卡罗维，发利举行的第八届国际电影节。期间，他会见了三位著名的捷克作曲家，伊利，史恩卡（本届电影节的评委）、雅罗斯拉夫，克瓦皮尔，拉地米尔，安布鲁斯。拉地米尔，安布鲁斯赠送他一部自己创作的歌剧《廉价的幸福》本子及歌曲集。另外，扬纳切克音乐院院长鲁易，昆德拉和苏联著名作曲家卡巴列夫斯基也和他见了面。这次活动，使王云阶开阔了眼界。
回国后，王云阶更加勤奋学习。在北京工作的几年里，他努力地进行音乐创作，还积极求学，他拜肖淑贤老师为师，学习了法比体系的高级和声，对位法、赋格学等。在这个时期里，他参加了农村的土改运动，由于他学习政策的努力，掌握政策比较准确，还担任了副土改组长。但是，王云阶也感觉到自己对政治实在是没有兴趣。他认为，好不容易有了一个可以充分施展自己抱负的舞台，就不能有一点懈怠和分心。他希望，在后半生时间里，创作出更多更好的电影音乐作品，创作几部交响乐、歌剧、舞剧作品。但是由于种种原因，他的愿望没有能全部实现。
王云阶在为电影《六号门》作曲的过程中，为了更好地完成任务，他自己背着铺盖卷到大连的码头和搬运工人同吃、同住、同劳动。一边学习号子，一边深入了解码头工人的精神世界。
他将自己融化在火热的现实里，使创作有了新的突破。
1956年，中央文化部举行优秀电影奖评选，《六号门》作曲获得奖章。
这一年，在北京举行的第一次全国音乐周上，王云阶的交响乐处女作《第一交响乐》第一乐章正式演出了。当时是由上海交响乐团演出，陆洪思指挥（这部作品于1963年全部完成）。
《第一交响乐》标题四“建设祖国”-献给全国先进生产者。该交响乐共有三个乐章，第一乐章“炉火熊熊”，第二乐章“田歌阵阵”，第三乐章“喜报声声”。
在这部交响乐里，王云阶在交响乐民族化方面，作了大胆地探索。在音乐的音调素材上，他吸取了劳动号子、田歌、民歌、秧歌、和节日喜庆音乐等音调当基调。在曲式结构上，他采用了三个乐章的交响套曲形式。第一乐章奏鸣曲式、第二乐章歌唱性的抒情乐章，第三乐章回旋曲式。在和弦的结构上与和声进行上，非和弦音的使用上都作了探索。在复调音乐手法上，过去曾在声乐作品上使用过六部卡农（其中两部反向扩大）、赋格段，在《第二交响乐》第一乐章的发展部用了二重赋格，在配器上也作了一些探索。主要想用交响乐这种音乐形式表现他们的革命历史题材和现代题材，他打算在交响乐的革命化、民族化、和群众化上大胆探索，打算在写《第二交响乐》的时候，着重地突破曲式的束缚。这部作品得到了好评。后来，第三乐章曾在“上海音乐之春”演出，由上海电影乐团演奏，陈传熙指挥。
音乐，就是王云阶的生命。
同年，为能多搞些音乐创作，他提出“不以行政入党，而以业务入党”坚决辞去音乐处行政工作，回到了上海电影制片厂。他热爱党，一直以一个党员的标准在衡量自己，但他的这种思想在当时是不可行的，他这样做是要付出代价的。虽然他是按照自己的目标去努力的，并做到了“衣带渐宽终不悔”，但一直到八十高龄时，他才成为一名共产党员。
1956年到1966年十年之间里，王云阶为电影片《青春的园地》、《母亲》、《林则徐》、《不夜城》、《护士日记》、《万紫千红总是春》、《黄浦江的故事》、《魔术师的奇遇》（国产第一部立体电影）、《飞刀华》、《青山恋》等作曲。
在电影音乐民族化的探索上，他首先遇到的困难问题是：如何运用概括性强的民族传统音乐，准确、鲜明、生动地表现典型环境中的典型性格的问题，也就是如何用音乐艺术塑造具有典型音乐形象的问题。要很好地解决这个问题，需要解决从创作思想、艺术构思、艺术形式、体裁、风格到艺术表现手法等一系列问题。探索中，他发现，要表现典型环境中的典型性格，就要表现出影片中人物多方面的具体特征，阶级特性、民族特征、时代特征和个性特征。不仅要在逻辑思维上正确的观察、体验、研究和分析，而且也要在形象思维上作准确的集中、概括、提炼和加工。
从《六号门》到《母亲》，又经过《护士日记》、《小康人家》、《聪明的人》到《林则徐》，他在不断地加强学习的同时，经过实践，认识，再实践，再认识的过程，逐渐有意识地在电影音乐创作上大胆地采用了“曲牌体”，“板腔体”与“交响性”结合的艺术手法，以民族表现手法为主，吸收西洋表现手法的原则来进行电影音乐民族化的探索。
在王云阶的创作生涯中，电影《林则徐》的音乐是很重要的一部作品。为了能准确地表现那个时代，他潜心研究了中国近百年历史，鸦片战争史料，分析当时中国社会各阶级层的心态。不仅较为准确地刻画了音乐的整体形象，也把握了林则徐这一特定历史人物与人民群众的关系。使这部影片的音乐，既有鲜明的民族风格，又要有时代特点。
电影《林则徐》的音乐，他是吸收了广东省民歌和戏曲音乐主题，加以戏剧性、交响化发展，乐队是中西合璧。突出民族乐器的抒情性和色彩性。在音乐艺术结构上，他是采取“化整为零”的方法，就是把全片的音乐分段联系起来，按交响乐的结构，划为几个大的部分，统一音乐构思和音乐结构。更重要的是，他对旧中国的深切感受，能理解林则徐的遭遇，和受压抑的心情。在为《林则徐》作曲的过程中，有相当长的一段时间，他自己的心情沉湎在林则徐那样的感情中，郁郁不乐，心情压抑。此外，导演郑君里对于剧情分析，人物该画，和音乐的要求，都很细微，也给了他的帮助。
《林则徐》的音乐，得到周总理和广大群众的好评。王云阶写了《从电影“林则徐”谈电影音乐民族化问题》一文在《人民日报》上发表，收入“《林则徐》-从剧本到电影专集”和《文艺评论选集》第一辑。
王云阶的身体很不好，可他从不放在心上。白天他处理一些行政的事情，把他的创作放在夜里做。这样他工作起来也安心一些，夜里又安静，没电话，又没人来找。他每夜都要工作到半夜才能安睡，有几次他半夜工作完了，全身都僵了，一动也不能动，没办法，只有叫醒妻子。李青蕙只能半抱半拖地把他抱到床上，给他慢慢地放好后，他渐渐地缓了过来，才能慢慢动了。李青蕙劝他到医院去看病。他说，这是在国民党三年牢中的后遗症，看不好的，也不用管它了。以后我自己多注意一些，别担心了！
王云阶一直是很重视提高自己的艺术素养，他为了能多学习，常常是在单位处理完了行政事务，骑自行车回家吃午饭。下午，有外国专家的课，他还要赶到音乐院去听课。原来的音乐学院旧址在曹河泾，当时他们家住在淮海中路，骑车到音乐院旧址要骑很久的时间。他一算时间不够，怕迟到，只拿了一个凉馒头，一面吃一面骑车去了。他听课从不缺课和迟到，有时他在混录影片，工作到天亮，他不睡觉也要赶去听课。
1956年冬和1957年春相交的时节，王云阶接受了为电影《护士日记》作曲的任务。为了感受祖国建设的热潮，他冒着风雪严寒，来到了包头市。当时，包头钢铁联合企业正在兴建。灿烂的阳光照射着朵朵白云；幢幢深红色的建筑拔地而起，远处，大青山巍峨耸立，大青河在缓缓流淌。这个崭新的充满诗情画意的景象，把他带入了一个童话世界。他在这个幻想迷离的世界里，像天真的孩子一样捕捉那一个个飘动的音符。
终于，音符被他全部抓住了。
《小燕子》终于自如地“飞”了起来。歌谱拿到摄制组，大家争相学唱。影片的主演王丹凤看了歌谱之后，爱不释手，她请求导演让她来唱。于是，王丹凤的名字和《小燕子》一起飞遍了大江南北。王丹凤一直把这首歌作为她的保留歌曲，到了老年时，每次与王龙基见面，她都要唱这首歌。
1957年，王云阶为电影《青春的园地》谱写的主题歌，《为了花香果又甜》（五线谱及钢琴伴奏），在北京出版社出版了，同年《花香果又甜》总谱及赋格曲的总谱手稿，参加德国举行的国际展览会并在展览会上展览。
王云阶在学习了毛泽东同志的《在延安文艺座谈会上的讲话》之后，一直遵循着《讲话》的精神，他为工人，农民的题材的影片创作音乐时，曾先后到海港和农村与工人、农民“三同”，深入生活，学习劳动号子，民歌与民间音乐（包括戏曲音乐）。不仅创作了一些电影音乐，还创作了交响乐，室内乐和大量歌曲，还写了一些理论文章。他认为，要提高音乐的创作，在继承民族音乐传统的基础上，借鉴外国的有用经验，和音乐技法是必要的。《讲话》指出：“我们决不能拒绝继承和借鉴古人和外国人，哪怕是封建阶级和资产阶级的东西，但是决不可以替代自己的创作。”王云阶在继承民族传统音乐现代化，如何借鉴外国加以民族化的创作探索上，经历了十分艰苦的过程，也取得了一定的经验。
1958年——1959年，王云阶创作《第二交响乐》（抗日战争）共有四个乐章，第一乐章：抗战；第二乐章：苦难的回忆；第三乐章：到敌人后方去；第四乐章：欢庆胜利。这部音乐作品被选为国庆十周年献礼音乐作品之一，由上海交响乐团演出（120人的大乐队）。黄贻钧指挥。演出之后，受到群众欢迎，国内音乐界反映强烈，国外音乐界也有反映。在这部作品里，他用交响乐的体裁，以那个时代的革命群众歌曲音调和戏曲音调作音乐主题，在交响乐民族化，以及音乐艺术交响化的技巧上又做了进一步的探索。体裁虽然是以西洋古典交响乐的传统为基础的，但这并不妨碍它成为一部民族形式的交响乐曲。
《抗日战争交响乐》的出现，引起了音乐理论界的关注。专家们写文章对作品予以热情的肯定和鼓励，也诚恳地指出不足之处。吴祖强的文章认为：可喜的是，作曲者个人的风格在交响音乐的创作中也日益表现得更清楚。试以星海、马思聪、王云阶、罗忠容等在几部同是取材于人民革命战争的交响乐为例，从选材的角度、构思到创作手法上有着多么明显的不同，甚至，在同时具有一定民族特色的音调、旋律、和声等方面也有着巨大的差异。这正是作曲家个人风格的体现，它具体影响到作品的个性。谭泳若评论：《抗日战争交响乐》正是我们所期待的，烙上了时代标志的作品，它不但具有高度的思想性，同样，也有相当高的艺术性。
有许多作曲家，在处理抒情的段落或是塑造苦难形象时，常常滥用边疆风格的长调式或近似小调的其他调式。这使音乐贫乏化，欠缺新鲜感。造成这种现象的原因，主要是由于对民间音乐特别是戏曲缺乏了深入研究，没有充分发掘民间音乐的资源。
在《抗日战争交响乐》这个作品中，王云阶有意识地避免了这种倾向。在选择表现人民群众的苦难主题时，竭力在民间的地方戏曲中寻找新的表现手法，第二交响乐的副部主题就是这样探索的成果，这个主题是从北方的四平调来的，它虽然有一些悲哀的成分，但感情是健康的，更接近群众的感情。
王云阶常和李青蕙讲，西洋交响乐已经有着几百年的历史，而我们中国不过才几十年的时间，贝多芬的《第一交响乐》、《第二交响乐》发表多年后才被欧洲乐坛承认，《第四交响乐》在国外承认的时候，国内音乐界仍表示冷淡。总之，俄罗斯、法国、美国的交响乐都曾经过一番艰苦的过程才建立了自己的乐派。我们中国由于欧洲过去的成见，和我们自己的不宣传，更加困难了。在交响乐的创作上，我们要努力地赶上去。既不能夜郎自大，也不能妄自菲薄。如果夜郎自大，那就会故步自封，停止不前；如果妄自菲薄，不把自己交响乐创作中成就积累起来，那要想发展自己的交响乐，建立自己的乐派，是不可能的。目前，我国的交响乐，正在向前探索，既要精益求精，又不能求全责备。交响乐创作发展需要一个过程。
王云阶不但创作了大型作品，还创作了一些小型作品，如《室内乐》、《前奏与赋格曲》、《弦乐五重奏》这标志着他的音乐创作进入了成熟阶段。
1960年，王云阶出席第三次全国文学艺术工作者代表大会，并参加了中国音乐家协会主席团，当选为中国音乐家协会与中国电影工作者协会理事，又当选中国音乐协会上海分会的副主席。在那些年里，他还不断倾听外国专家的作品分析和复调。甚至，他还向自己过去的学生法国留学生冯文元先生学习法国体系的高级和声、对位、赋格学。即使在文化大革命期间，林彪“四人帮”他横加迫害，不许创作，圈禁干校时期，他仍坚持钻研作曲技巧。他用报纸的边缘记录自己的旋律，规划着以后要写的几部作品。
他对李青蕙说：乌云总要过去的，我还要歌颂太阳的。
邓小平的《在中国文学艺术工作者第四次代表大会的祝辞》是《延安文艺座谈会上的讲话》的继续和发展。他在坚持四项基本原则中指出：“我们对待马列主义，毛泽东思想，一要坚持，二要发展，并把二者在革命的建设的实践的过程中辩证地结合起来。”王云阶这时已是耄耋之年，但他仍然坚持学习不断提高自己的艺术素养。他在创作之余，还读了《系统论》、《控制论》、《信息论》、《美学原理论》。耗蔽结构论的《熵》，心理分析的《弗洛伊德后期著作选》、符号学的《人论》、马思洛心理学《第三思潮》等等学术著作及抽象派的《康定斯基人及理论》的文章。
1991年，上海市文联和音协主办“王云阶音乐生涯60周年纪念系列活动”对他一生的音乐创作做了全面的回顾和高度的评价。称他为“中国电影音乐之父。”
1996年6月4日，86岁的王云阶合上了双眼，缓缓起身去了音乐的天国。可是，他的《小燕子》还在天空与大地之间不知疲倦地飞着呢。
父亲去世后不久，王龙基写了这样一篇文章，读了催人泪下。
《爸爸，我想你》
爸爸，我想您。
我们搬到了莘庄。三室一厅，装修得尽管简单，但已经十分满意。一间卧室；一间会客室，现在称之为——家庭影院；一间书房。
我把您的照片，镶在宽边的金色镜框里，挂在家庭影院一间的正中央；我把您亲笔书写的“不骄不躁、谨慎谦虚、艰苦奋斗”几个大字高高地挂在书房中；我把您写的“活到老，学到老，知识更新思想永不老。真也好，善也好，努力探索创作求美好。”放在玻璃板下。
您每天都在我心中，也时时地激励着我、鞭策着我，使我不断进取、不断开拓、不断奋斗！
每当我播放世界经典名著音乐时，总想到您。想起您曾多次对我讲——“这种音乐才是真正的音乐，不朽的音乐给人一种陶冶、一种享受。”要是您知道现在我多么喜爱这些您曾经喜爱的音乐，您一定会为我而高兴。每当我看到上海一处新景点、一则新闻，我总会想，要是能陪爸爸去看一眼该多好，要是能告诉爸爸该多好。
小妹每次春节去奥地利维也纳金色大厅演出，我总要对她说：“爸爸一直梦想能去维也纳——世界音乐家的圣地，爸爸的愿望你实现了，你要带一把维也纳的土带给爸爸。”小妹回国对我说，二月春节时维也纳那儿冰天雪地，只能带一瓶维也纳的葡萄酒。我们把这瓶酒全都洒在您身旁了，那世界音乐家摇篮地产的浓郁的酒香，我想您闻到一定会十分高兴的。
每当我们问强强的女儿——您的曾孙女纯云：“你的太爷爷在哪儿？”尽管她才一岁多，还什么话都不会说，可小纯纯就会用她的小手指着您的照片。您知道吗，我们是多么怀念您呀！
小刚结婚了，住在我们原来住的房子，现在经过重新装修后已焕然一新。要是您能看一看，该多好啊！强强现在自己分期付款买了我们附近新苑的三室二厅。这是我们之中最好的房子，妈妈已经来住过几天。要是您也能来看一看，您一定会兴奋地讲：一代更比一代强！
我现在什么都满足了，只是少了一件最重要的，就是不能和您一起再谈心了……
爸爸，我想您，越来越想您呀！
