各宣慰使司都元帅府设有元帅、同知、副使、经历（内政官）、镇抚（地方守卫官）、捕盗司官等官职，并有一定数量的蒙古驻军。在其辖区内，军民通摄，不仅管理民政，同时兼管军务。宣慰使司都元帅府名义上是在萨迦政权之下，但实际上萨迦政权是一个具有象征意义的全藏政权，由于地理分割、交通条件限制等原因，对卫藏地区以外的藏区所行使的行政管理权是十分有限和松散的，真正实权在宣慰使司都元帅府，直属于宣政院。在吐蕃等处、等路两个宣慰使司都元帅府的辖区内，紧临内地的一些地方设“流官”，分别由陕西、四川两个行省任命或罢免；对藏族聚居区，元朝设有宣慰使、安抚使、招讨使、万户、千户等官职，负责管理当地的军政事务。万户以上官员，均由宣政院或帝师提名，由皇帝委任。各级官员僧俗并用，成为后来西藏政教合一地方封建政权沿用的定制，形成一种特定的组织形式。
元朝在藏区的基层行政单位是“万户府”、“千户所”、“百户”、“达果”（达果直译是“马头”，辖50户）。这是元朝在藏区全面清查户口和土地面积基础上，对原地方割据势力及其内部结构的一种改编，即承认它们继续拥有对所辖地域和其属民的领有权，冠以“万户”等新的名号，封其首领以“万户长”、“千户长”、“百户长”等职衔。当时，由元朝中央授权萨迦本钦释迦桑布任命的13个万户，前藏地区6个，即雅桑、帕竹、达垅、蔡巴、止贡、嘉玛；后藏地区6个，即拉堆绛、拉堆洛、萨迦、香、曲弥、夏鲁；卫藏之间一个万户，即羊卓万户。十三万户中，以萨迦万户为首，管理十三万户的萨迦本钦，必须由萨迦帝师推荐，由中央任命。每个万户必须缴纳规定的贡物。
上述十三万户，主要在卫藏地区，在吐蕃等处、等路宣慰使司下也有万户设置，但缺乏全面记载。据《安多政教史》，今青海湟中县西纳川的西纳家族在元代显赫一时，该家族迁自康区的包波岗地方（今四川甘孜一带），家族中的西纳格西学经于西藏萨迦寺，学成后投拜成吉思汗，得到赏识留用；出生于该家族的西纳则觉被拖雷收养为义子；还有西纳堪布在忽必烈属下供职，曾奉命陪护八思巴回藏受戒，为八思巴与忽必烈亲密关系的建立多有贡献，受到忽必烈的赞誉和赏赐。这些都说明西纳家族与蒙古王室建立了密切关系，特别是促使王室与西藏萨迦派上层的进一步结合，将萨班和阔端两人开创的西藏地方与中央在政治、经济、文化、思想上的联系推向新的高度。此后，忽必烈将青海宗喀地方赐给西纳家族作为管辖地，其范围包括今湟中、平安、贵德等县，并与八思巴各赐珍珠诏书一份，委任西纳堪布为宣政院使，具有很高的政治和宗教地位。除西纳堪布受封外，该家族的“西纳则觉受封为大丞相；罗哲贝桑受封为总统，并赐有大司空的金印；贝觉桑布被封为（宣政院的）同知；米钦那摩太被封为掌管皇帝灵庙御像之官员”。后来，又赐给管辖青海宗喀河湟地区的“西纳贝本三道虎头牌，封为宗喀地方的万户。蒙古王室的后代还与西纳家族的后代互相通婚”。
此外，在青海今黄南地区设有必里万户府等，“藏区中大一些的部落，如青海果洛、玉树等处都自称得到过元、明时万户封职”。
元朝还设立过其他管理藏区的官职。忽必烈称帝后，将藏族地区和西夏故地封赐给其第七子奥鲁赤，封号“西平王”。奥鲁赤之子八的麻的加袭西平王后，又分出一块封地给其兄弟铁木儿不花为“镇西武靖王”，这一系统长期为藏族地区的领主。
综上所述，元朝管理藏族地区的行政机构体系，形成皇帝—总制院（宣政院）—萨迦政权—宣慰使司都元帅府—万户长—千户长—百户长—达果等8个层级。
这样，从形式到实质，把藏区原来的各割据势力及其属民完全纳入元朝在藏区建立的行政体系架构之中，将他们变为元朝的“臣民”，标志着各地方势力拥有的地域大小或属民的多少，由元朝政府及其所属的萨迦政权认可和决定，其管事人员被改编为元朝政府的一级行政官员，须经官府认可和任命。从而，任何未经官方认可而获取土地、民户及官衔爵位，均为非法和无效。在实际运作中，尽管维持了各地方首领原有的社会地位，千户长、百户长及其以下头目的操控权实际掌握在万户长们的手中，但主要首领的任命须经政府这一法律程序，体现了元朝对藏区的主权和控制，实践中承认和保留他们既有利益的做法，维持了人们之间原有的利益格局，避免了不必要的社会震荡。
三、清查户口、土地，制定贡赋制度
蒙古汗国对藏区基本情况的考察始于多达那波率兵入藏，当时他初步考察了宗教信仰状况和资源情况。南宋宝佑社元年（1253年），蒙哥即汗位。次年，蒙哥派使臣入藏，时居凉州的八思巴派两位僧人和其他随员，共同考察卫藏地区的人口资源状况，在此基础上初步搞清了各教派的分布及其势力范围。南宋景定元年（1260年），忽必烈即帝位当年，派遣以答失蛮（达门）为首的官员到西藏，清查西藏和沿途各地户口，设置驿站，规定贡赋的数额。南宋咸淳四年（1268年），八思巴返回西藏时，忽必烈又派遣阿衮、弥林等3位官员入藏，在萨迦政权第一任本钦释迦桑波的协助下，再次较大规模地清查了卫藏、阿里、多康等藏区的人口和土地面积，弄清卫藏实权人物的人口和资源。在此基础上，元廷明确划定了藏区各割据势力的地界范围和人口数量，给各首领给予“万户长”、“千户长”等名称，正式确立了由各宣慰使司都元帅府统辖的万户府和千户所制度，形成行政区划和管理体制，正式将西藏地区作为当时全国的11个行省之一进行管理。此后，元廷又于1287年和1334年进行了两次补充调查，根据人口和资源的变化状况，重新确定各地的税收和差役制度。元朝通过以上户口和资源状况的清查，明确规定了各地供应驿站的物资品种和劳役数量，以作为西藏对国家承担的义务。元朝在规定藏区的纳税方式上，注意了藏地土地贫瘠、民众贫困和普遍信仰藏传佛教的实际，主要规定各万户对驿站管理人员以及过往公差和游历青藏高原各王公贵族的差役和供给，防止了萨迦派运用经济手段膨胀其实力的可能。为了保证驿站的畅通，元廷有时也从国库拨银赈济部分驿站的费用和所属民众。同时，为了笼络宗教界上层，阔端、蒙哥和忽必烈都曾颁发过优礼僧人的诏书，除免除僧人的兵差、赋税、劳役外，还规定各级官员、军队和过往使者不得借宿寺院，不得侵犯寺属财产等，从制度上保证了僧人的优越地位。
四、设立驿站，联通中原与西藏的交通
元初，始于唐代的唐蕃古道经400多年的分裂战乱多被废弃，藏族的卫藏等腹心地区与祖国中原内地之间一度几乎失去联系。元朝为了实施对藏区的有效统治，很早就注意了中原到西藏之间交通通讯线路的开辟。1260年，忽必烈称帝，封八思巴为国师，将西藏十三万户作为其供养地。同年，忽必烈派遣大臣答失蛮率军进藏建立驿站，要求“自萨迦以下，可视道路险易、村落多寡，选择适宜建立大小驿站之地，依照汉地设立驿站之例，立起驿站来”，“路上所需各种物品，俱由御库官员拨给”。
答失蛮奉命从安多经康区入藏，最后到达后藏萨迦地方。他每到一地，召集当地僧俗首领分发赏赐，宣读皇帝诏书，考察驿站线路，并了解藏区情况，为朝廷制定治藏策略提供依据，同时根据各地物产和人口状况，确定了为驿站提供给养和役使（乌拉差役）制度，为元王朝在藏区的施政铺平道路。这次答失蛮的西藏之行，从汉藏交界地带到西藏萨迦，元朝共建立27个大驿站，即朵堆（甘孜、昌都）9站，脱思麻（即朵麦，今甘肃、青海）7站，卫（前藏）7站，藏（后藏）4站。在各大驿站之间又设立了若干个小驿站。规定沿途居民，负责传送公文，供给马匹，为往来官员供应食宿。
驿站的建立具有重要而深远的意义。驿站是元朝在西藏地方充分行使主权的重要标志之一，它为西藏各项制度的建立和完善奠定了交通基础，成为元朝政府在藏区推行政令的政治纽带，通过这一纽带，藏区的各种信息能较及时地传递到朝廷，而皇帝的圣旨和中央的旨意能及时地下达到藏区各地。同时，这些驿站将藏区和祖国内地连为一体，成为藏区和内地之间经济、文化交流的桥梁和通道。许多史料表明，这些驿站建立后，藏区各地前往大都朝觐办事的僧俗人士和行走于两地间的商贩络绎不绝，朝廷派往藏区的使臣以及到藏区朝拜游历的王公贵族不绝于途。长期以来形成的藏区与朝廷之间的贡赐关系和经济贸易活动得到恢复，从而也大大促进了两地之间的经济联系和友好关系。特别是众多的藏族僧侣依靠这条通道将丰富多彩的藏族佛教文化不断传播到蒙古草原和中原地区，而汉蒙民族的传统文化也经这条通道传入藏族地区，对藏族社会产生了广泛的影响。通过这些政治、经济、文化的交往和交流，加深了蒙藏、汉藏各民族间的相互了解和认识，拉近了双方民族间的思想感情，进一步增强了中华民族的凝聚力。
五、掌握司法，受理诉讼，调处地方矛盾和纠纷
元朝在藏区除建立萨迦政权，兼管军务和民政的宣慰使司都元帅府外，宣政院还派出分院院使，协助处理藏区重大事务，并经常派去金字使者，传达皇帝圣旨和宣政院的命令，当时驻守青海的镇西武靖王对藏区具有领有权，也向卫藏地区派出官员，这些重叠交叉的驻藏机构和官员组成盘根错节的官僚机构体系，围绕维护萨迦政权的权威，行使政治大权，受理各种诉讼，调处民间纠纷和地域冲突，甚至动用武力镇压。据《朗氏家族史》记述，帕竹万户长绛曲坚赞为索回被雅桑万户强占的土地，1325年告状于萨迦政权，前后诉讼长达20多年。期间，萨迦政权的几位最高行政长官萨迦本钦、宣政院派到藏区判案的司法官员、元廷派来清查户口的官员、宣政院设在卫藏的分院院使、号称有权管辖藏区三地的白兰王、从大都回藏省亲的帝师及其随员、宣慰使司都元帅府的都元帅、镇西武靖王及其派驻卫藏的官员、入藏传诏的金字使者等，均曾参与调处劝说，阻止帕竹势力的进一步膨胀。因此，可以明显看出，元王朝通过萨迦政权以及派驻藏地的各种机构和官员，有效地管理藏区的政治、经济、军事、司法以及民政等事务，将青藏高原和祖国内地紧密联结为一个整体。
【第三节】帝师制度
一、帝师制度的建立
元朝蒙古王室本来以信仰本土的萨满教为主，随着入主中原、统驭西藏等形势的变化，为了其政治目的，与道教、佛教发生关系，特别是与藏传佛教各派的联系日益密切，当时除了萨迦派，噶举派的止贡、蔡巴、帕竹等支系首领与蒙古王室各成员都有政治上的结交。南宋淳佑社十一年（1251年），萨迦班智达在凉州去世，八思巴继为萨迦派第五代祖师。同年，蒙哥继蒙古大汗，将原来阔端的封地，包括西夏故地和西藏地区等地划归其弟忽必烈统辖，八思巴受忽必烈邀请，两人相会于六盘山，八思巴的渊博学识和谦虚美德深得忽必烈欣赏。自此，双方一直保持了友好关系。宝佑社元年（1253年），忽必烈奉命南征大理，八思巴南至忽必烈军中再会，为忽必烈授萨迦派的喜金刚灌顶，两人政治、宗教关系进一步密切。八思巴为巩固与西藏地方的臣属关系和安抚康区藏族，建言献策，起到了积极作用。次年，忽必烈向八思巴赠刻有“萨”字、用珍宝镶嵌的羊脂玉印章、黄金、珍珠袈裟、法衣、金座、伞盖等物，并赐一道藏文诏书，明确宣布保护萨迦派教法及其寺院财产利益。这封诏书后被珍藏在萨迦寺。宝佑社六年（1258年）春夏之际，八思巴在开平（今内蒙古多伦）府宫参加了由忽必烈主持的佛道大辩论，他作为佛教一方的主要辩论人，辩才敏捷，学识广博，引经据典，力驳群贤，使佛教获胜。会后，忽必烈下令焚毁道教经卷，归还道教所占据的佛教寺院。此后，八思巴先后向忽必烈的察必皇后和忽必烈本人作萨迦派特有的吉祥喜金刚灌顶。藏文史籍《萨迦世系史》载，八思巴给忽必烈灌顶3次，作为灌顶的供养，忽必烈第一次奉献了卫藏十三万户，第二次奉献了包括整个藏区的吐蕃三区，最后一次答应废除在汉地以人填河的做法。
这些说明蒙古王室与萨迦派上层已结成亲密关系，在宗教意义上确立了供施关系，政治事务上也采纳宗教上层的一些合理建议。1260年，忽必烈即大汗位，八思巴时年22岁，被“尊为国师，授以玉印，任中原法主，统天下教门”。1270年，元世祖忽必烈封八思巴为“普天之下，大地之上，西天佛子，佛身佛陀，创制文字，护持国政，精通五明班智达八思巴帝师”，从“国师”升为“帝师”，《大正大藏经》称“升号帝师大宝法王，更赐玉印，统领诸国释教”。八思巴积极地把藏传佛教引入蒙古皇室，协助元朝在吐蕃地方建政立制，并且奉命创制蒙古新字，弥补了元世祖“文治浸兴，而字书有阙”的遗憾，以他的杰出成就，赢得了元朝皇室的充分信任。
自八思巴被封为国师、帝师之后，帝师成为有明确的职权、管辖机构和固定继任办法的重要职位，从而形成了帝师制度。
二、帝师的社会功能
元朝的帝师，从八思巴起，有记载的共14位，皆为萨迦昆氏家族僧人及其派系弟子。“帝师”是元朝特别设置的一个职位，顾名思义是皇帝之师，由皇帝选任，负责为皇帝本人、皇后、皇子等讲经传法，授戒灌顶，奉命主持佛事，祈祷皇帝长寿、国泰民安等。同时，统领天下僧尼，是管理全国佛教事务的最高官员，掌管宣政院，管辖藏族地区的事务，是元朝皇帝处理吐蕃事务方面的参谋和顾问，在制定宗教政策、对吐蕃施政、任免僧职人员等方面有一定权力。帝师地位崇高，所谓“皇天之下，一人之上”，说明帝师的地位在群臣之上。按元制，一、二品官员用玉印，三品至五品官员用金印。历任帝师俱宣命用玉印，地位甚至在诸王之上。《元史·释老传》载，元朝在朝堂之上，皇帝座旁专为帝师设有座位，皇帝、后妃等因受戒，皆向之膜拜。帝师出行，有大臣迎送，法驾仪仗开路导行。新皇帝即位，都要专门对帝师“降诏褒护”，诏书以“络珠为字”，称之为“珠诏”，即珍珠诏书。每一位帝师嗣立之后，皇帝则赐给地位高于金印的玉印，并诏谕天下。帝师死后，往往加赠封号，建其真身舍利塔。至于帝师得到皇帝大量赏赐的记载，在元史中更是不绝于书。
