行政审批项目清理工作，一些地方执行不力，清理行政许可事项、依据和实施主体的工作还不够彻底，不报、漏报以及地方与中央清理标准不统一的情况还不同程度存在。国务院明令取消和调整的一些审批项目，个别地方特别是基层仍在实施。很多项目保留与否还在“讨论中”，清理结果要与国务院、省级政府公布保留的行政许可项目进行对比才能向社会公布，而对于“讨论中”的项目仍不停止执行。行政许可法严格规定了许可的项目，一些部门为逃避该法的约束，千方百计地将许可项目改头换面以保留部门的许可利益。特别是该法颁布后，国务院又公布了“非行政许可审批”项目，不少部门想方设法将原来的“许可”项目转为“非行政许可审批”项目，以规避《行政许可法》的约束。个别行政机关在设置行政许可制度上，花样不断翻新，审查、审批、审核、批准、同意、登记、备案，凡此种种，名目繁多。目前，经过多次清理，大部分审批事项符合依法设定要求。但实际运行中，行政审批项目仍过多，个别部门和地方抱着审批权力不放，对于经济、文化、社会中一些不属于、不应该由政府直接管理的事项也设置许可项目。由于职能交叉重叠，同一事务多个机关都有管辖权，这样，必然存在对类似事项重复交叉设置许可审批的现象。比如，煤矿企业申请办理的“六证”，采矿许可证与煤炭生产许可证之间、矿长资格证与矿长安全资格证之间作用相对交叉、申报资料重复，中介机构鉴定、评估事项等相同，各建设项目招标代理机构办事资格认定就必须同时得到建设行政主管部门和发改委的审批。“注册会计师”与“税务代理”的执业范围基本相同，所出具的审计报告与出具的税务代理和稽查报告具有同样的“鉴证”功能和“证明力”，如果同时具有两证资格的人，因违规不被吊销其中一项资格后，另一资格证还可以继续执业，等等。重复设置审批事项，不仅使生产经营者不堪重负，造成额外负担，也造成政府资源的浪费，破坏制度的统一性和严肃性，给政府形象造成不良影响。
2.行政审批环节过多。
一些部门和地方仍然千方百计“找事、争权”。主要表现是：一些审批事项必须经过不同政府部门多级审批、重复审批、审批周期长。如投资注册企业，要经过商务局、工商局、经贸委、技术监督局等5到6个部门，在筹建和运营阶段，要经过国土、消防、公安、国税、地税、供水电等10多个部门，而且，办理审批手续，涉及内部处室多，分管领导多，在有的部门内部多者需要经过3到6个处室、3到4位分管领导的审查批准。从山西来讲，煤矿企业申请办理证照，从县级国土、安监、煤监等部门开始，到市、省各部门自下而上分级申报，逐级申报、逐级审核，需要报送材料30余种。所报送材料从内容看，资料重复递交，重复审核现象比较严重。正常情况下办结“六证”需近一年，甚至更长时间。所以，民营企业要办成一件事，多个部门都规定需要办理许可证，如办一个旅馆，申请营业执照之前，需要办理治安许可、特种行业许可、消防许可、食品卫生许可、公共场所卫生许可等。同一部门的行政机关上下级之间行政许可权限冲突，上下级之间只有行政许可权大小的划分，没有行政许可事项的区别，导致对有利的事项大家都去管、都去批，使行政许可失去控制。政府职能转变中必须要加强我国政府的社会管理和社会服务的职能，但是我国的行政审批制度还没有真正遵循这个要求，该加强的地方没有加强，而不该加强的地方反而进行了加强，社会管理和社会服务跟不上社会发展的要求。
3.行政审批事项与收费管理
行政审批事项与年审中的收费挂钩，通过审批关来实现收费。《行政许可法》第五十八条规定：“行政机关实施行政许可不对行政许可事项进行监督检查，不得收取任何费用。但是法律、行政法规另有规定的，依照其规定。行政机关提供行政许可申请书格式文本，不得收费。行政机关实施行政许可所需经费，应当列入本行政机关的预算由本级财政予以保障，按照批准的预算予以核拨。”这类规定行政许可原则上不收费，但一些行政机关至今仍保留着许多许可收费项目，而依据却是上世纪90年代物价部门所核准的文件。收费包括个体工商户和企业的工本费、开户费、登记费、年审费、管理费等等。法律在这一方面的规定，是对关于行政许可收费的原则规定，也是对具体的财政保障措施的规定。然而当前变相收费搭车收费的现象时有发生。分析其原因发现，有一些部门实施行政许可的经费尚未纳入统一的财政预算，再加之本单位乃至地方财政上的“任务”下达，从而产生大量乱收费现象。此外，一些行政机关还把收费由“明处”转向“暗处”，即由“中介机构”代为收取所谓的“服务费”。一些政府部门为增加行政收费，或多设收费项目，提高收费标准，或将审批项目进行拆分，由本部门内不同的处、科室等分别审批多次收费，重复收费。有的审批项目机关采用把收费环节前移的办法，使收费变得更加隐蔽，以规避《行政许可法》的约束。比如，要求申请人必须提交其指定的机构（审批机关的所属事业单位或者其他与之有关的机构）所出具的检查、检测记录或文件，而这些机构的检查、检测，申请人要交纳很高的费用。收取的费用直接进了其指定机构的账户。同时，大多数行政主管部门主要是通过所谓年审制度来监督管理许可证的使用，绝大多数年审也是收费的。
4.一些部门和地方仍然不依法对审批载体充分授权
《行政许可法》第六条规定：“实施行政许可，应当遵循便民的原则，提高办事效率，提供优质服务。”法律的这一规定是对便民第一、办事高效、优质服务原则的具体体现。其中便民原则，具体来说，作为行政机关在办理具体行政许可事项的过程中，要整合各行政许可实施机关，尽量实行集中办理、联合办理，为申请人提供方便。行政机关同时应遵循效率原则，这就要求为申请人提供方便的同时也要和行政机关的行政效率兼顾。但是现在仍然存在着大量申请人办一个许可事项时“两头办理”的现象。另外，现在许多政务大厅或审批服务窗口中只挂号、不看病的现象比较普遍。为了方便群众办理审批事项，近年来，全省自上而下，在省直部门设立了行政审批服务窗口，市级部门设立了政务大厅，局、县级政府设立了便民服务中心，在不断的建立和完善中，功能逐步健全，服务质量不断提高。但目前仍旧存在部门向窗口授权不充分，审批项目应进未进，在厅外办理，体外循环，有些项目虽然进入大厅，也是只受理不办理，没有达到“一门受理、一站式服务、一口收费、限时办结”的要求。群众办事仍然要找部门和业务处室，甚至还要托关系走后门，有些部门虽然把不少审批事项放入政务大厅，指派专人驻在大厅负责，但一些已经具备审批条件的重要审批事项仍留在原单位办理。
5.行政不公平和行政效率不高。
行政审批制度目前还难以保证行政公平和行政效率。一方面，行政审批制度中有的审批条件不明确或不公开，审批程序缺乏公平机制，难以保证行政公平。在行政审批程序中缺少保证公平的行政监督机制，虽然行政处罚法规定了吊销许可证应该告知听证的权利，但是在作出是否给予行政许可的决定时，却没有这一要求。缺乏事前听证是我国行政程序中的一个通病，这很容易导致行政缺乏公正性。另一方面，我国行政审批的审批程序过于繁琐，审批时限不明确，效率不高的现象仍然严重。有的事项涉及多个部门审批，重复交叉审批；有的事项从申报起，花了几个月甚至更长的时间，找了十多个部门，盖了几十个公章才得以批准，有的还不了了之。这种繁琐的程序严重地影响了行政管理的效率。
另外，利用行政许可乱收费、搭车收费的现象仍然比较突出，不符合服务行政的基本要求。政府行政必须服务于公共利益的目的，但是目前行政审批制度中还有一些审批的动机不纯。现在有不少的行政审批的设定并不是为了维护公共利益的需要，而是为了收取费用，满足部门利益，通过行政审批来为本部门的人员搞所谓的福利，这不仅违背了设置行政审批制度的初衷，也损害了行政管理相对人的利益，而且在一定程度上助长了腐败现象的滋生和蔓延。从审批的运行来看，即使是为了公共利益设置的审批，也由于审批中注重的是事前的审批而不重视事后的监管，而难以达到服务社会的目的。
四、当前我国行政许可制度存在弊端的原因分析
1.行政管理体制上的诸多缺陷
现行行政管理体制上存在的诸多缺陷是上述弊端产生的直接原因。行政许可是政府机关管理社会经济最直接、最有效的手段之一，行政许可功能的发挥与现行行政管理体制密切相关，而现行行政管理体制上存在的大量缺陷是行政许可弊端产生的直接原因。
其一，领导决策体制不科学和传统人事管理制度的落后导致盲目许可现象的大量存在。我国目前领导决策体制不够完善、科学，许多政府部门还存在决策不经科学论证而是由领导一人拍板决定的状况，且许多领导为追求个人政绩而不考虑政策制度的稳定、延续性。此外，我国传统政府人事管理体制缺乏激励机制，公务人员提高业务素质的热情不高，加上许多部门“人清风”、“裙带风”盛行，致使行政许可部门的行政许可工作人员素质差，缺乏宏观许可的综合能力，也无从谈及宏观控制和把握，这也导致盲目许可的现象出现。
其二，政府机构设置不合理，机构间权责不清，致使行政许可效率低下。现行政府机构设置不尽合理，经常出现有利益的事项许多部门重重设置许可程序，没利益的事项各相关部门踢皮球相互推。
其三，政企仍未能较彻底分开，导致一些政府对企业仍存在经济利益而出现随意扩大许可标准，增设许可义务或利用行政许可搞行政垄断的问题。虽然我们一直在进行政企分开的改革，但是由于政府与企业在几十年计划经济中形成密切关系一时难以完全分开，更主要的是由于一些政府机构的内部性问题，政府机构在对企业的管理控制中存在着大量的部门经济利益。在政企分开的改革大趋势下，一些政府部门不能直接管理企业，便以行政许可为手段，通过随意扩大许可标准，增设许可义务等方式变相维护其对企业的既得利益：或通过利用行政许可设置市场壁垒为交易条件换取企业对该政府机构的额外“赞助”，客观上造成行政垄断，阻碍了市场经济的发展。
2.行政许可缺乏必要的法律依据
行政许可在实体与程序上均缺乏必要的法律依据。行政许可之所以出现上述诸多弊端，从法律层面看，主要是行政许可缺乏统一的、较高层次的行政许可实体法与程序法。目前，设定行政许可的规范性文件基本集中在行政法规、地方性法规与规章这一层次（尤其以地方性法规、规章为主），文件主要以“许可”、“审批”、“登记”的名义实施行政许可。但从发布的行政许可文件来看，行政许可基本由较低层次的规章予以设定。由于没有制定较高层次的、统一的行政许可实体法和行政许可程序法，对于行政许可的一些最基本的原则、一些最基本的问题，各级行政机关没有形成统一的认识，各部委、各级地方政府从本部门、本地方管理出发所制定的行政许可标准不统一。而又因为公务人员具有“经济人”倾向和政府机构具有内部性、“有限理性”等问题许多政府机关从本部门、本地方私利出发而设定行政许可，从而造成许多行政许可内容相互矛盾、相互冲突，大量“规章打架”事件出现，不仅使大量行政许可相对人无所适从，利益受到很大侵害，而且造成了社会经济管理的混乱。
3.管制型政府导致腐败现象
传统管制型政府的影响，导致腐败现象严重。如前所述，由于目前对于行政许可的基本问题没有法律予以明确确定，而行政许可中蕴含着大量的权力资源。在利益的驱动下，各地方政府、各政府部门从自身利益出发，纷纷设定行政许可。各地方政府、政府部门及公务人员手中掌握着大量权力，并且这些权力缺乏必要的、有力的监督。“绝对的权力导致绝对的腐败”，缺乏监督的权力为权钱交易提供条件，而现实生活中政府公务人员的福利待遇较之一些行业差，容易使许多公务人员产生心理不平衡。而行政许可是政府行政规制的最主要形式，并且行政许可所形成的权力较之其他规制形式更为集中，公务人员手中掌握着大量的缺乏监督的自由裁量权，“寻租活动”和腐败由此大量出现，导致资源配置扭曲。所有机关都试图设定许可制度，并籍此扩张权力获得利益，使许可制度日益成为滋生腐败的温床。寻租作为一种非生产性活动，并不增加任何新产品或新财富，只不过改变生产要素的产权关系，把更大一部分社会财富装入私人腰包；同时，寻租还影响了政府声誉和增加廉政成本，妨碍公共政策的制定与执行过程，降低行政运转速度甚至危及政权稳定。当然“寻租行为”及腐败的产生原因很复杂，但传统行政许可的不完善为公务人员的寻租行为提供寻租资源和条件是一个关键性的因素。
融资渠道的不通畅
我国的民间投资资金来源主要还是靠自我积累，滚动发展，金融机构的信贷支持十分有限。绝大多数私营、个体企业的资金来源主要靠民间集资和自身积累，导致融资渠道窄，资金成本高，企业负担重。另外，我国的直接融资一开始就主要面向国有大中型企业，而面广量大的中小企业的发展空间相对狭小，且市场进入门槛过高。由于大部分民间投资单位规模较小，产业层次低，客观上加大了上市的难度。最近，我国的民间投资经过20年的迅速发展，已进入“二次创业”过程，一些高科技民间企业正处在起步和成长阶段，迫切需要建立风险投资机制来扶持。所以，目前，我国的资本市场除了短期信贷以外，其他融资渠道对民营经济的开放度很低，远远满足不了各类民营经济融资的需求，使得民间投资者经营企业最需要的资本要素的获得取得受到了限制。
