有云隐忍者村四代雷影召集的五影会议，五影会议的举办地点位于中立国铁之国，由于佩恩入侵事件，五代火影千手纲手重伤昏迷，志村团藏趁机发起政治攻势，最终志村团藏取得了成功。志村团藏暂代五代火影的职位，称为代理火影，恰逢四代雷影召集五影会议，志村团藏决定带领油女取根、山中风参加五影会议。
此时，恰逢暗部获得情报，叛忍宇智波佐助已经加入晓，组成鹰小队前往五影会议举办地，五影会议前夕，宇智波佐助率领鹰小队捕捉八尾人柱力奇拉比，结果被奇拉比用替身术逃脱，第二次遇见八尾人柱力奇拉比，双方交战，奇拉比击败鹰小队，宇智波佐助重伤被队友鬼灯水月、天枰重吾、漩涡香燐救走。
但是，八尾人柱力奇拉比失踪的消息却传到了云隐村，四代雷影震怒，才临时决定召开五影会议，奇拉比的两名徒弟和云隐村的上忍组成使团前往木叶村，由于五代火影千手纲手重伤昏迷，代理火影志村团藏决定参加五影会议。
木叶村。云隐村使团抵达木叶村，有火影顾问转寝小春、水户门炎接待云隐村使团，奇拉比的两名弟子在木叶村中闲逛，遇到了第七班一行，卡鲁伊和奥摩伊上前质问鸣人，期间卡鲁伊动手打了鸣人几拳，卡鲁伊正待再次动手的时候，呼的一声被一个拳头击飞，奥摩伊被一柄利刃制服，神无名面无表情的说道：“你最好别动。”镜扶起漩涡鸣人，说道：“你们虽然是云隐村的使团，但是要在木叶村里面动手的话，估计还要小心一点。”
此时，云隐村使团的团长萨姆依向鸣人道歉，并且表示卡鲁伊是因为太过关心奇拉比的事情，所以不理智，因此希望鸣人能够原谅，漩涡鸣人点点头说道：“我没事的。”镜说道：“你就是奇拉比的弟子萨姆依？”萨姆依说道：“是的。”镜说道：“你们放心吧，奇拉比没有任何事，作为能够完美的控制八尾的人柱力，我相信奇拉比的实力和自信。”萨姆依说道：“谢谢你。”镜说道：“由于五代火影重伤昏迷，暂时有志村团藏暂代火影职务，你们应该去找他才是啊。”
萨姆依说道：“没有见到，不过你们村子的火影顾问们已经同意了。”镜说道：“很好，卡鲁伊的伤势不会有问题的，我还是有自信的，对付一名上忍我自认我不会下狠手的。”
此事过后，漩涡鸣人向旗木卡卡西请求前往五影会议的举办地，准备向四代雷影求情，旗木卡卡西和大和决定亲自护送漩涡鸣人前往铁之国，火之国和铁之国国土接壤，两国在边境地带建立有一座城堡，专门供两国商贸往来，鸣人将在这里等待四代雷影的身影。
由于，四代雷影提前了行程，鸣人和卡卡西，大和追上前往出席五影大会的雷影，希望能劝他放过佐助，但雷影不接受其解释，还斥责鸣人把世事想得太天真。鸣人一行人后来在投宿的旅店中遇上了特意前来找他的斑，鸣人激动地质问班对佐助有何企图。
斑告知三人宇智波灭门案背后的秘密，并指佐助现已被仇恨所支配，而宇智波一族是被诅咒的一族，注定和千手一族永远地战斗。佐助须继承一族的所有仇恨，向木叶、向世界报仇。而鸣人继承了千手一族的火之意志，故两人必须继续未了的战斗。
返回村子之后，旗木卡卡西将事情讲给了镜听，镜并没有任何表示。小樱、佐井、牙、小李突然来访，镜告知四人可却将事情告诉鸣人，小樱对鸣人当面作出告白，同时劝谕他放弃追寻佐助，但鸣人以“这种玩笑一点都不好玩，讨厌对自己说谎的家伙”为由拒绝了她。鸣人原本想告诉说出宇智波灭门案的真相，但被卡卡西阻止，鸣人告诉小樱自己是自愿帮助佐助，并且一定会将他带回木叶，小樱失望离去。
佐井偷偷用分身告诉鸣人，原来与鸣人同期的木叶忍者都决意刺杀佐助，连小樱也下定决心准备与佐助了断，这次告白其实是为了让鸣人不再执意于带佐助回村。得知真相的鸣人震惊不已。我爱罗等人赶到，将佐助大闹会场、第四次忍界大战即将爆发的情况告知鸣人，沉痛的消息一个接一个传来，让鸣人难以承受，出现过度呼吸症，昏了过去。
佐助打倒了被自己视为仇敌的团藏，还想杀掉已经没有利用价值的香磷，但小樱出现，扰乱了佐助的计划。小樱骗佐助要背叛木叶加入他的队伍，佐助开出条件是要小樱动手杀掉香磷。
就在小樱准备用毒苦无刺杀佐助时，佐助先下手为强想杀害小樱，此时卡卡西现身救下小樱，并与佐助对战。卡卡西试图让佐助想起过去和木叶的伙伴们度过的光明岁月，但佐助却已被仇恨控制。就当佐助想继续发动攻击的时候，却发觉写轮眼使用过度，近乎失明，须佐之男也迅速崩解。
小樱想趁机用毒苦无刺向佐助，但最后仍是下不了手，反而被佐助发现夺下苦无要杀了小樱，鸣人及时出现，救下小樱。两人重现终结之谷的对决，结果不分上下，白绝和斑现身给佐助压阵。鸣人对佐助表示他不再阻止他复仇，但前提是由他来当佐助的第一个目标。佐助回应：“那么就先从你杀起吧！”，和斑一起用超时空忍术离去。鸣人则由于战斗中被小樱的毒苦无误伤，在佐助离去后药效发作，口吐白沫，由小樱替鸣人治疗。
回村后的漩涡鸣人决定接受镜的尾兽训练，千手镜决定让鸣人前往妙木山，漩涡鸣人前往妙木山接受了预言，随后返回村子接受尾兽训练，五影会议之后，由于志村团藏被宇智波佐助杀死，木叶村火影的位子暂时有火影顾问们掌握，千手镜重新接管根，根和暗部合并组建新的特殊暗杀部队。
