宣和三年（公元1121年）二月，进剿的各路官军相继会合，起义军的处境日益窘迫，已占领的城市一个个丢失，将士伤亡极大。四月，方腊率部退守青溪，官军王禀、刘镇、杨可世、辛兴宗等部四路并进合击。方腊二十余万众拼死抵抗，从早战到晚，死尸遍山，流血丹地。方腊战败，退守帮源洞，坚守二日，终于寡不敌众，被擒于帮源山东北隅石涧中。后来，被押到京城开封，八月牺牲。
方腊起义虽然“其兴也暴，其亡也速”，经历的时间并不很长，最终也是失败了，但是它却充分表现了我国古代劳动人民不甘屈服于反动统治的顽强反抗精神。方腊把农民起来造宋朝廷的反，称作“仗义而起”，充分肯定了革命行动的正义性；与此相对立，他称呼当政者为“龌龊邪佞之徒”，对封建统治者表示了极大的轻蔑和藐视。宋朝廷曾几次施展欺骗手段，向农民军招安劝降，都被方腊严正拒绝。方腊起义的英勇斗争事迹，显示了中华民族的光荣革命传统。另一方面，方腊起义与同时期的宋江起义像疾风暴雨那样，南北夹击，沉重地打击了北宋王朝，使朽烂不堪的北宋王朝这棵大树摇摇欲坠，不久便在农民战争的烈焰中灰飞烟灭。毛泽东论农民战争是封建社会历史发展的真正动力，举宋江与方腊起义的例子，是很能说明问题的。
摩尼教与原始社会主义色彩
1939年12月，毛泽东论述了宋江起义、方腊起义等多次农民起义军在中国封建社会历史发展上的地位和作用，20年后，他又提到农民起义与人民公社化运动的历史的逻辑的联系。1958年12月27日，正在武昌参加中共八届六中全会的毛泽东，在读《三国志·魏书·张鲁传》时，写下一段批语，其中写道：
历代都有大小规模不同的众多的农民革命斗争，其性质当然与现在马克思主义革命运动根本不相同。但有相同的一点，就是极端贫苦农民广大阶层梦想平等、自由，摆脱贫困，丰衣足食。在一方面，带有资产阶级急进民主派的性质。另一方面，则带有原始社会主义性质，表现在互助关系上。第三方面，带有封建性质，表现在小农的私有制、上层建筑的封建制———从天公将军张角到天王洪秀全。宋朝的摩尼教，杨么，钟相，元末的明教，红军，明朝的徐鸿儒，唐赛儿，李自成，清朝的白莲教，上帝教（太平天国），义和团，其最著者。我对我国历史没有研究，只有一些零星感触。对上述性质的分析，可能有错误。但带有不自觉的原始社会主义色彩这一点就最贫苦的群众来说，而不是就他们的领袖们（张角、张鲁、黄巢、方腊、刘福通、韩林儿、李自成、朱元璋、洪秀全等等）来说，则是可以确定的。现在的人民公社运动，是有我国的历史来源的。（《建国以来毛泽东文稿》第7册，中央文献出版社1992年8月第1版，第628页）
批语中的这段话，两处提到方腊与方腊起义。
第一处是“宋朝的摩尼教”。方腊利用摩尼教（秘密宗教组织，混合有道教、佛教成分）组织群众，得到广大农民的拥护。他部下的首领中，如朱言、仇道人、吕师囊等，都是摩尼教信徒。南宋人方勺在《泊宅编》中记载方腊“托左道以惑众”。“左道”即指摩尼教。不过方勺所记用的是贬词。
摩尼教，是波斯人摩尼（约公元216—276年）创立的宗教。吸收祆教、基督教、佛教以及诺斯替教派的一些思想资料而形成。以善恶二元论为基本教义。认为光明和黑暗是善和恶的本原，光明王国和黑暗王国对立，善人死后可获幸福，恶人死后须堕地狱。相传摩尼在25或30岁时宣布自己的教义，并自称为最后的“先知”。他曾遭波斯国王放逐，旅行于东方各地，传说到过印度北部和中国西部，约于公元270年冒险回国，受到迫害， 276年左右被处死。摩尼死后，其教义迅速传至北非、南欧以及亚洲的一些国家，部分教义曾被西方基督教的有些教派吸取并改制使用。唐代（7世纪）传入中国并逐渐吸收佛教、道教等内容，提倡俭朴、素食、戒酒、裸葬，不事神佛祖先，但拜日月。教徒讲究团结互助，和衷共济，“同党相亲相恤”，“合谋并力”，宣称“男女无别”。教义“二宗（明、暗）三际（过去、现在、未来）”号召推翻黑暗的现世，创造光明的未来。9世纪初，在洛阳、太原敕建摩尼寺。后被严禁，但仍秘密流传，宋初流行于淮南、两浙、江东、江西和福建等地。五代、宋、元农民起义常用作组织形式，其中最著名者为后梁末（公元920年）的母乙起义，北宋末的方腊起义。宋代地主阶级为诬蔑农民起义，易“摩”为“魔”，诬摩尼为“魔王”，诬其教为“魔教”，或连同其吃斋的特点，诬称为“食菜事魔”。
第二处，毛泽东讲到历代农民革命的领袖们时，点到方腊的名字。毛泽东认为，历代农民革命运动与马克思主义革命运动性质根本不同，但也有相同的一点，“就是极端贫苦农民广大阶层梦想平等、自由，摆脱贫困，丰衣足食”。毛泽东注意到，“现在的人民公社运动，是有我国的历史来源的”。就是说，既“带有资产阶级急进民主派的性质”，又“带有原始社会主义性质”，也“带有封建性质”，二者之间表现出较为明显的历史继承关系。毛泽东认为在互助关系上“带有不自觉的原始社会主义色彩”的性质，这点就“最贫苦的群众来说”，则是确定的；就“他们的领袖们来说”，则要具体分析。毛泽东在这个问题上，把农民运动中的群众和领袖的思想觉悟层次是作了细致区分的。拿方腊来说，他是农民义军领袖，但从他的造反历程看也渗透着“不自觉的原始社会主义色彩”，这主要表现为两个方面：一是他在起义誓师时的演讲（前一节已引述过）中所透露出的封建社会里的民主思想信息。二是利用摩尼教组织群众，发动起义。摩尼教教徒在相互关系上的“相亲相恤”、“合谋并力”，恰恰“带有原始社会主义性质”。这与《水浒传》描写梁山义军领袖人物“仗义疏财”“扶弱济困”具有同等思想内涵。在今天，原始社会主义和空想社会主义只是一种乌托邦，已为科学社会主义所替代，它已成为一种落伍的乃至起负面作用的思潮。但是，在黑暗的中世纪，它则透露着耀眼炫目的思想光辉，曾经是动员和组织农民奋勇反抗黑暗统治的思想武装，即使它再原始，再幼稚，但它确实是科学社会主义的先驱。
不“替天行道”的强盗
百回本和百二十回本《水浒传》都以十回的篇幅写到方腊起义。作为小说人物的方腊与历史人物的方腊有许多不同之处。但是，由于《水浒传》前七十回和后几十回可能出于两个人的手笔，小说人物方腊写得太概念化，不是成功的艺术形象。小说作者（也可能是补写者）撰写方腊的故事，本意是在于陪衬凸显宋江招安后的忠义精神，感情倾向是坐在宋江一边的。同样是农民起义军，方腊义军已全无英雄好汉的荣光，只剩下被谴责、被诛杀、被剿灭了。
毛泽东似乎没有对小说人物方腊的称引和评论，只是在晚年那个著名的关于《水浒传》的谈话中侧面提到方腊：
“宋江投降了，就去打方腊。”（《建国以来毛泽东文稿》第13册，中央文献出版社1998年1月第1版，第457页）
虽然只有寥寥的十个字，但是从中可以看出毛泽东的立场和感情都是站在方腊一边的，对两支农民军的火并他是惋惜的，对投降后甘当封建统治阶级鹰犬的宋江是愤怒的，对于革命如火如荼已经占据了东南半壁江山的方腊义军的被征剿是同情的。他的这种立场、感情和观点，在同一次谈话中引用鲁迅的话时，再次表露出来：
“鲁迅评《水浒》评得好，他说：‘一部《水浒》，说得很分明：因为不反对天子，所以大军一到，便受招安，替国家打别的强盗———不“替天行道”的强盗去了。终于是奴才。’”（《三闲集·流氓的变迁》）（《建国以来毛泽东文稿》第13册，中央文献出版社1998年1月第1版，第457页）
“不‘替天行道’的强盗”，包括王庆、田虎和方腊，而主要是指方腊。“终于是奴才”，是说宋江的悲剧结局，这位叱咤风云的农民英雄终于堕落成为封建王朝看家护院上阵厮杀的鹰犬。毛泽东与鲁迅的看法是一致的，或者说鲁迅的评论深深地影响了毛泽东的“宋江观”。所以他盛赞鲁迅“评得好”。
作为造反起义的职业革命家毛泽东解读《水浒传》，他晚年对待宋江投降后打方腊，其政治选择和感情倾向当然是在方腊一边的。其实，尽管小说的作者把已是官军的宋江队伍当作“正义之师”，把方腊义军自始至终视为“强盗”，但细读方腊十回，作者所创造的氛围是沉闷的，情绪是压抑的，官军的宋江队伍再也没有了昔日打败童贯和高俅的风采风光，再也没有了惩奸除贪时的扬眉吐气，有的只是将损兵折，死伤连绵，凄凄惨惨，悲悲切切，读者见不到宋江之善，也读不出方腊之恶。尽管作品屡屡提到“那时百姓都被方腊残害不过，怨气冲天”，但大都是抽象交待，没有化为具体的情节和生动的形象，所以给人印象不深。同时，《水浒传》说方腊之反乃“积渐而成”，却是说得很对的。宋徽宗为修万岁山，在吴中征取花石纲，百姓大怨，人人思乱。江南人民身受其害，方腊趁机造反，于是一呼百应，本是顺理成章的事。方腊由于得到人民拥护，先后占据歙州、睦州、杭州、常州、湖州、宣州、润州等八州二十五县。在他手下，强将如云，无不英勇善战。如小养由基庞万春，大骂宋江等人：“你这伙草贼，只好在梁山泊里住，肯勒宋朝朝廷诰命，如何敢来我这国土里装好汉！”就显得正气凛然。从一些零星的描写看，方腊还甚得四方响应，如扬州城外的陈将士家，就去远在苏州的三大王方貌处献粮五万石，船三百只，被封做扬州府尹，所以方腊起义声势颇为浩大。
宋江的征剿方腊不得民心，也不得读者之心。有时宋江自己也怀疑自己的行为。在征方腊的过程中，令读者最难忘的乃是宋江一方损兵折将，梁山兵将“十去其八”的悲惨景象，从而透露出了作者某种隐秘的心理。如小说一再写宋江大哭道：“莫非皇天有怒，不容宋江收捕方腊，以致损兵折将？”“我们今番必然收伏不得方腊了！自从渡江以来，如此不利，连连损折了我八个弟兄。”“今日宋江虽存，有何面目再见山东父老、故乡亲戚？”充满了悲伤、悲观、悲哀、悲凉的情绪和意味。
梁山一百单八将，各个英雄。他们不死于上山造反之时，不亡于大战官军之日，不损于北征辽寇，不折于出战王庆、田虎，独独阵亡战死于征剿方腊的进军途中，这是为什么？英雄岂能不怒问苍天！毛泽东岂能不愤怒谴责宋江，岂能不殷殷同情方腊。
毛泽东赞同鲁迅对宋江与方腊的评价：同为“强盗”，宋江是“替天行道”的强盗，方腊是不“替天行道”的强盗。两支农民义军的起义宗旨不同。替天行道，有一定的革命性和民主性，因为“天子”已经不能行道，所以要由“强盗”来替行，这无疑是对旧秩序的蔑视、反抗和破坏，是一种令统治者心惊胆战的革命；但也有一定的保守性和局限性，就是强盗替行的道与“天子”所该行的道是一个“道”，强盗与“天子”的区别不在于“道”，而在于由谁来行道，这实质上二者还是站在一个思想层面上，宋江追求只反贪官不反皇帝的政治目标，忠孝两全青史留名的人生价值选择，也就不足为怪了。不替天行道，则具有了较为彻底的革命性，它不仅否定“天子”，而且不再秉持“天子”所未行之道。方腊漆园誓师的演讲，则是不替天行道的宣言。宋江打方腊，终于是奴才。那么方腊呢？毛泽东和鲁迅如何看？是不是失败的不替天行道的英雄呢？
