如此一来，湘军水师便被截为内湖和外江两股，不能相互接应，给湘军水师造成了致命伤。太平军趁机猛攻，九江守将林启容与小池口大将罗大纲带领数十只小船入江，趁着昏暗的夜色，冲入湘军船帮，进行火攻。湘军水师船只火焚水沉，溃不成军，连曾国藩的帅船也被对方围困俘获。
曾国藩既愤又惭，无地自容，又投水自杀。但天不灭人，恰逢水师统领彭玉麟驾驶舢舨路过这里，于是就救他上船，送上岸去。
曾国藩在岸上遥望浩浩水波，想到竭尽心血惨淡经营而成的水师，竟如此损于一旦，心如刀绞，痛不欲生，决意策马赴敌而死，惊得罗泽南、刘蓉紧紧抓住马缰不放，经过好一番拉扯劝解方才作罢。
有很多人认为，曾国藩也算不得完人，因为他受不了挫折，一遇挫折就想自杀，前后竟有五次自杀的经历，可见其心理脆弱。而世之成大事者，莫不是心理强大、敢于直面失败和挫折之人。其实这是对曾国藩的一种误解。
以当时当情来看，不论是靖港之败还是九江之败，其败之惨，已无复加。靖港一战，水师几近全毁，而九江一败，更是几欲涂地！湘军子弟尽亡，炮船俱损，曾国藩苦心经营、对之抱以很大期望的湘军竟是如此不堪一击，兵败师毁怎能不使之痛心疾首？
对于像他这样一位以天地为己任，时盼为朝廷分忧、为百姓造福的圣贤心思，看到自己出师不利，惨败如此，又怎能不愧悔难当、无颜以生？同僚和官绅们的处处刁难、嫉妒，时人的挖苦、讥讽又怎能不使之羞愧难当？朝廷对他的猜忌、防范，又怎能不使之心寒不已？一系列的失败和打击，一系列的挫折和讥嘲，使他尝尽世态炎凉，历尽艰难辛苦，造成了巨大的心理落差，使他难以承受。
当郁积在心头的这些不顺之事积聚到一定程度的时候，强烈到无法阻拦的绝望，必然使他产生轻生念头。
但曾国藩毕竟不是普通人，他有着顽强的意志，更有着执着的性格，他血液中那种不怕输、不服输的强悍，使他能很快走出失败的阴影，摆脱自杀的消极，重拾信心，重燃激情，以“打脱牙和血吞”的无敌坚忍，终于摆脱了失败，赢得了最终的胜利。
曾国藩后来回忆他的人生历程时这样说道：“吾初起兵，遇攻危，则有死心。自吾去祁门，而后乃知徒死无益，而苛生之可以图后功也。”
可见他经历过两次大败两次自杀之后，终于明白“留得青山在，不怕没柴烧”的道理，唯“苟生之可以图后功”，故从此死志已绝，而斗志重生。
因而，自此以后不管什么样的艰难困境，曾国藩都能以超人的意志和无与伦比的坚忍，扛过去，最终成就的，就是立下天地大功的一“完人”！
4.祈门受困，坚守到最后一刻
1858年7月1日，曾国藩再度出山，相继迎来了事业中最为辉煌的时期。1860年6月10日，咸丰皇帝命曾国藩署理两江总督，8月10日，实授两江总督、钦差大臣，办理江南军务，所有大江南北各军均归节制。终于授予了他一个实实在在的官职。
在此前后，湘军在对太平军的战事中逐渐取得了主动。然而就在这样的大好形势下，曾国藩又一次陷入了困局之中。
1860年7月28日，曾国藩留曾国荃等继续围困安庆，自己率湘军万余人渡长江入皖南，把中军大帐设在了祁门。九月下旬，太平天国发动了以救援安庆为目的的第二次西征，所采用的策略仍然是“围魏救赵”：由陈玉成部在长江以北西进，李秀成等部在长江以南西进，两军并进，直指武汉，以迫使湘军从安庆地区撤军回救。九至十月间，南路部队杨辅清、李世贤部相继占领宁国府、徽州府城。十一月，忠王李秀成的主力部队由江苏进入皖南，兵锋直指祁门地区，大劫难的阴影笼罩在祁门大营上空。
祈门是安徽的一个小县城，处于崇山峻岭之中，一条官道从县城穿过，东连休宁、徽州，南连江西景德镇，还与浙江联系紧密，扼地势要冲，当兵家之险地。
然而祈门虽然位置重要，却远非屯兵之地。因为祁门除了那条通往景德镇和徽州的大道外，就只剩下一条小道通向边上的两个小镇，而城前的那条小河河水极浅，将它作运输军需之用是不可能的。水师无法停泊，只好停靠在一百多公里外的长江，运兵运粮都不方便。而且“环祁皆山也”，从军事地理的角度看，湘军大营驻扎于斯，特像瓮中待捉的鳖。一旦太平军把大道封锁包围，那么总督衙门将会受灭顶之灾，曾国藩就只能等着被捉了。
因此，曾国藩身边的诸多幕僚对他进驻祁门都大加阻止，一致劝他前往相隔不远但更利于攻守、进退自如的东流。其得意弟子李鸿章更是直接建议：“祁门地形如在釜底，殆兵家之所谓绝地，不如及早移军，庶几进退裕如。”
但是，皇上已经知道了曾国藩驻扎祁门的事情，如果轻易改变，既有欺蒙之嫌，对于两江总督至高无上的威严也是一种损害，而且大敌当前，忽移大帐，恐扰乱军心，断不可立即移师他处，因而虽然曾国藩也深感此地甚险，却还是执意不动，坚守不移。对于幕僚们不停的劝告，他甚至有些恼怒：“诸君如胆怯，可各散去。”幕僚们也不好再劝，只能听他的。
曾国藩集结在祁门附近的部队，有鲍超一军六千人，朱品隆和唐义训部两千人，杨镇魁部一千人，以及从湖南调来的张运兰部四千人，共计一万三千余人，兵力远少于在皖南的太平军。而此时在他身边的仅有三千人，因此，祁门大营中的人免不了一夕三惊。
曾国藩仔细研究后发现，要保祈门，必先守住祈门东面的徽州城。只要守住徽州，就扼住了陆路的咽喉，太平军不能从官道来袭，可保祈门安稳无虞。于是曾国藩派了自己颇为信任的李元度去守徽州。
李元度和曾国藩的交情不一般。曾国藩组建湘军跟太平军作战的初期遭受多次打击的时候，李元度就一直伴其左右。从咸丰四年到咸丰十年这六年是曾国藩一生中的低谷时期，身陷困境，但李元度始终不离不弃，与曾国藩一起吃苦，度过了这段艰难岁月。
对于当时长期陷在困境里的曾国藩来说，李元度的这种支持与忠诚比什么都要可贵，因此，曾国藩对李元度是非常感激的。李元度很有才华，特别擅长诗词曲赋与对对子，有“神对李”之称。他所写的《国朝先正事略》，曾国藩评价道：“当时的学者之中没有一个人能写出这样的巨着，这部书一定会风行海内，传之不朽。”曾国藩是非常欣赏和信任李元度的。
但偏偏是这个曾国藩最信任的李元度，冒进蛮干，好大喜功，守城不到一天，就把徽州丢了！
八月二十五日，太平军十余万人把徽州城围得严严实实，并趁夜色对徽州城发起猛攻。李元度眼看无法守住徽州城，便只好带着一帮残兵败将逃离了徽州城。羞惧交并之下，竟不敢回祁门复命，而在外游荡一个多月。曾国藩闻讯大惊，忧恨交加，整晚难以成眠。既恨李元度的不争气，更忧祈门将会陷入危困之中。他知道，又一次危险来了。
徽州被攻陷后，兵分三路的十几万太平军长驱直入，直扑祁门大营，祁门因此断了粮草，并且与外界失去了联系。当时祈门大营只有两千多名守兵守卫，另有一万多官兵都是打了败仗而退下来的。外无援兵可求，内无守兵可派，两江总督成了真正的瓮中之鳖，情势异常凶险，几无活命的可能。
除了有城边的榉根岭和羊栈岭两座山岭可以赖以防卫之外，祈门已经没有其他的屏障了。此两岭离县城极近，如果这两个地方被攻破，那么祁门也就守不住了。
曾国藩在总督衙门，经常能够真真切切地听到从榉根岭和羊栈岭上传来的枪炮声。太平军的救援部队又把前来援救的各路部队完全挡在外围，因此曾国藩感到十分焦急。好在守卫榉根岭和羊栈岭的张运兰部依靠所占据的地理优势拼死抵抗，所以，太平军一时之间还不能把这两个地方攻下来。而一旦突破这两个守地，祈门也就不存在了。
曾国藩身边的幕僚，劝他尽快从祁门撤退出去，太平军大军已经攻到离祈门二十里远的山岭前。但此时此刻，一个两江总督又怎能从战场上逃走呢？
曾国藩身上那种不怕死、不怕输的劲头又来了，死又如何？为国尽忠，死得其所，逃走才是真正的有辱声名，贻笑千年。这样一想，曾国藩反倒安定下来，每天还是按部就班地办公，不过是暗暗准备好了宝剑，只等祈门营破就举剑殉国。
但是，曾国藩命不该绝，正当最危急之时，湘军另一首领左宗棠于江西景德镇一带大败太平军，威胁着围祁门太平军的后路，迫使其撤围而去，同时爱将鲍超带领大军赶到，于二十日、二十一日大破太平军，把太平军从羊栈岭赶了出去。祈门之围顿解！
曾国藩在祁门驻扎了十个月，其间凶险万状，屡遭败绩；曾国藩在家书中用“奇险万状，风波迭起”形容这段时间的凶险。他在日记中写道：“是以忧灼特甚，夜竟不能成寐，口枯舌燥，心如火炙，殊不知生之可乐，死之可悲矣。”但他坚守不退，直到最后一刻。
这一次，虽然算不上大败，最终是绝地反击，反败为胜，解了困危，但曾国藩不仅坚守到最后一刻，而且再次决心以死尽忠，可见他绝不是贪生怕死之徒。为国捐躯、尽忠报国、舍生取义，在他看来正如“战死沙场”、“马革裹尸”一样，理所当然。
